Glioblastoma multiformeli hastalarda transkriptom analizi
Transcriptome analysis of glioblastoma multiforma patients
- Tez No: 541966
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE NUR BUYRU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Biyoloji, Genetics, Biology
- Anahtar Kelimeler: Glioblastoma, RNA dizileme, üst düzenleyiciler, TGFB1, FAM180A, Dizi analizi-RNA, Genler, Mutasyon, RNA, Transforme edici büyüme faktörü-beta, Transkripsiyon-genetik, Glioblastoma, RNAseq, upstream regulators, TGFB1, FAM180A, Sequence analysis-RNA, Genes, Mutation, RNA, Transforming growth factor-beta, Transcription-genetic
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Ortalama sağ kalım süresi yaklaşık 12 ay olan glioblastoma, beyin tümörleri arasında en agresif ve en yaygın olandır. İnsan sitomegalovirüs enfeksiyonu, iyonize ışınlar, petrokimyasal maddeler, lastik maddesine maruz kalmak glioblastomada risk artışına neden olur. Temel kanser yolakları glioblastomada da değişim gösterse de, özel bir biyobelirteç bulunmamaktadır. Bu çalışmanın amacı, glioblastomada ifadesi farklılaşan genleri tespit etmektir. Tümör ve tümöre komşu olan normal beyin dokusu ameliyat sırasında İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesi Nöroşirurji AD'da gerçekleşen cerrahi operasyonlarda alınmış, tümör ve normal doku değerlendirmesi patoloji uzmanı tarafından yapılmıştır. RNA izolasyonu ve cDNA çevriminin ardından yeni nesil dizileme yapılacak 12 çift örneğin kütüphaneleri hazırlanmış, çoğaltma ve dizileme gerçekleştirilmiştir. 26 çift örnekte RT PZR yöntemi ile doğrulama yapılmıştır. RNA dizilemesi gerçekleşen 12 çift örneğin 3 çifti tümör- normal dokunun birbirine yakınlık göstermesi nedeniyle dışlanmıştır. 3062 anlamlı farklılaşmış ifade gösteren gen saptanarak ileri analizlere alınmıştır. IPA ile üst düzenleyiciler ve en çok değişiklik gösteren hedef genler, yolaklar tespit edilmiştir. Beyin dokusunda veya tümörde görevli olabilecek üst düzenleyici/hedef genler ve teknik doğrulama için seçilen 54 gen, RT PZR ile çalışılmıştır. Glioblastomada en çok değişim gösteren yolaklar arasında, Aksonal Rehberli Sinyal İletim Yolağı, GABA ve Glutamat reseptör sinyal iletim yolakları bulunmaktadır. Bu yolakların yanı sıra, tümör oluşumunda önemli etkiye sahip TGFB1, NUPR1, ANXA2 gibi temel düzenleyicilerin ifadesi değişmiştir. Glioblastoma yayılımında etkili, literatürde daha önceden belirtilmemiş olan hedef genlerden FAM180A ve DMBX1 genlerinin ifadesi artmıştır, KCNV1 geninin ise azalmıştır. İfadesi değişen ve çalışmamızda tespit edilen genlerin bir biyobelirteç adayı olabileceğini ve fonksiyonel çalışmalarla bu genlerin doğrulanması gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
Glioblastoma (GBM) is the most common and aggressive brain tumor malignancy with an average survival of approximately 12 months. Viruses like human cytomegalovirus, ionizing radiation, occupational exposure to rubber and petrochemical materials are associated with increased risk. To gain deeper insights into the molecular processes involved we aimed to detect differentially expressed genes in GBM. Fresh paired normal and tumor tissue samples were obtained from patients. Immunostaining was performed to validate the nature of both tissue groups. After RNA extraction and reverse transcription, we prepared libraries for 12 pairs of tumors. Emulsion PCR and were sequencing were performed. qRT PCR was performed in 26 tissue pairs for verification. Three of 12 pairs were excluded as a result of the PCA, as normal tissue from these patients showed tumor-like characteristics. 3,062 differentially expressed genes (p<0.001). Detection of the most significant pathways, upstream regulators and target genes in glioblastoma was done by IPA. A total 54 genes were selected as candidates for their possible role in tumor development or technical validation and analyzed in 26 pairs. The results of RT PCR were in agreement with NGS using Pearson Correlation. The pathways displaying most frequent changes were the Axonal Guidance Signaling, GABA and Glutamat receptor signaling pathways. Expression of known factors involved in glioblastoma formation as upstream regulators, such as ANXA2, TGFB1 and NUPR1. Besides these, DMBX1 and FAM180A were overexpressed and KCNV1 was downexpressed target genes in glioblastoma, which are not previously shown. We suggest that the genes detected in this study may provide candidate biomarkers in glioblastoma which warrants further investigation by functional tests.
Benzer Tezler
- Developing novel targeted therapies towards high grade glioma (HGG) by using omics data integration approaches
Omics veri entegrasyon yaklaşımlarını kullanarak yüksek dereceli gliomaya (HGG) yönelik yeni hedefli tedavilerin geliştirilmesi
FADİME ÖZTOPRAK
Doktora
İngilizce
2023
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiGenom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YAVUZ OKTAY
DOÇ. DR. ZERRİN IŞIK
- Glioblastoma multiformeli hastalarda sağkalımı etkileyen faktörler
The prognostic factors for patients with glioblastoma multiforme
GÜLNİHAL TUFAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
OnkolojiGazi Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SÜLEYMAN BÜYÜKBERBER
- Glioblastoma multiformeli olgularda total rezeksiyon sonrası uygulanan kemoterapinin etkileri
Başlık çevirisi yok
ENİS KURUOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2006
NöroşirürjiOndokuz Mayıs ÜniversitesiNöroşirürji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. FAHRETTİN ÇELİK
- Yinelemiş glioblastoma multiforme tanılı hastalarda bevacizumab tedavisinin sağkalıma katkısı
Contribution of bevacizumab treatment to the survival in the patients diagnosed with recurrent glioblastoma multiforme
MEHMET DOĞU CANOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
OnkolojiKocaeli ÜniversitesiRadyasyon Onkolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMİNE BİNNAZ SARPER
- Lokal ileri evre küçük hücreli dışı akciğer kanseri ve glioblastoma multiforme tanılı hastalarda uygulanan radyoterapiye tümör cevabının, eritrosit zarı NA+/K+-atpaz enzim (E.C.3.1.6.37) aktivitesi ile ilişkisinin değerlendirilmesi
The evaluati̇on of the relati̇onshi̇p wi̇th erythrocyte membrane NA+/K+-atpase enzyme(E.C.3.1.6.37) acti̇vi̇ty and tumor response to radi̇otherapy i̇n pati̇ents di̇agnosed wi̇th local advanced nonsmall cell lung cancer and gli̇oblastoma multi̇forme
ÇİĞDEM DAMLA ÇETİNKAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
BiyokimyaNecmettin Erbakan ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET GÜRBİLEK