Geri Dön

Tüberküloz dışı mikobakteri türlerinin matriks destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyonu-uçuş zamanı kütle spektrometresi ile sıvı besiyerinden tanımlanmasında üç farklı protokolün karşılaştırılması

Comparison of three di̇fferent protocols for matrixassisted laser desorption/ionization-time of flight massspectrometry identification of non-tuberculous mycobacteri̇aisolated from liquid culture

PDF İndir

  1. Tez No: 896195
  2. Yazar: NEZİHAT DESEN BÜYÜKSOY
  3. Danışmanlar: PROF. DR. NURAN ESEN, DOÇ. DR. ÖZGÜR APPAK
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 73

Özet

Tüberküloz dışı mikobakteriler (TDM), çevresel ve fırsatçı mikroorganizmalardır. Uzun süre kontaminant olarak değerlendirilmiş ve klinik açıdan önemsiz oldukları düşünülmüştür. Ancak günümüzde dünya çapında TDM enfeksiyonları hem sağlıklı hem de immunsuprese popülasyonda artış göstermektedir. Tür düzeyinde tanımlanmaları, epidemiyolojinin belirlenmesi, enfeksiyon etkeni-kontaminasyon ayrımının yapılması ve tedavinin belirlenmesi açısından önemlidir. MALDI-TOF MS tür düzeyinde tanımlamada, düşük maliyetli, kolay uygulanabilir, hızlı ve rutin laboratuvar iş akışına entegre edilebilir bir yöntemdir. Bu amaçla, 2018-2024 yılları arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı Mikobakteriyoloji Birimi'ne gönderilen balgam, bronş lavaj, bronkoalveolar lavaj (BAL), beyin omurilik sıvısı (BOS), lenf nodu ve doku biyopsi örneklerinden üretilen ve GenoType Mycobacterium CM/AS (Hain Lifescience/Almanya) kiti ile MGIT besiyerinden tür düzeyinde tanımlanarak stoklanan 51 TDM izolatı çalışmaya dahil edildi. MycoEx protokolü, Mesureur ve arkadaşlarının tanımladığı 'matriks çözücü solüsyon yöntemi' protokolü ve Temporal ve arkadaşlarının tanımladığı 'dondurma temelli ekstraksiyon protokolü' ile dört M. intracellulare, altı M. avium spp. intracellulare, bir M. avium, beş M. chelonae, sekiz M. abscessus, üç M. kansasii, beş M. lentiflavum, beş M. simiae, dört M. gordonae, on M. fortuitum MALDI-TOF MS yöntemi ile çalışıldı. Yöntemlerin inaktivasyon basamağının etkinliği LJ besiyerindeki üremelere bakarak değerlendirildi. 51 izolatın MycoEx protokolü ile 40'ı (%78,43), matriks çözücü solüsyon protokolü ile 18'i (%35,29), dondurma çözme protokolü ile 12'si (%23,52) GenoType Mycobacterium CM/AS testiyle uyumlu tanımlandı. MycoEx protokolü ile inaktive edilen altı, dondurma-çözme yöntemi ile inaktive edilen beş izolatın üremeyi kontrol amacıyla ekim yapılan Löwenstein-Jensen (LJ) besiyerlerinde üreme oldu ve inaktivasyonun başarısızlığı olarak değerlendirildi. MycoEx protokolü üç yöntem içerisinde tanımlama başarısı en yüksek yöntem oldu. MALDI-TOF MS ile tanımlama kolay, maliyet etkin ve hızlı bir yöntemdir. Ancak yöntemin inaktivasyon basamağının laboratuvara göre standardize edilmesi ve aralıklı kontrolü gerekmektedir. Rutin iş akışında MALDI-TOF MS yönteminin kullanımının avantaj sağlayacağı düşünülmektedir.

Özet (Çeviri)

Non-tuberculous mycobacteria (NTM) are environmental and opportunistic microorganisms. For a long time it was regarded as contaminant and considered to have no clinical significance. NTM infections have now shown an increasing prevalence worldwide among both healthy and immunosuppressed populations. Accurate species-level identification is crucial for epidemiological studies, distinguishing between pathogens and contaminants, and guiding treatment decisions. Matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) is a cost-effective, easy to perform, rapid, and a convenient method for the routine laboratory workflows for species-level identification. A total of 51 NTM isolates, collected from sputum, bronchoalveolar lavage (BAL), cerebrospinal fluid (CSF), lymph node, and tissue biopsy samples submitted to the Central Laboratory Mycobacteriology Unit of Dokuz Eylül University Hospital between 2018 and 2024, were included in the study. These isolates were identified to the species level using the GenoType Mycobacterium CM/AS kit (Hain Lifescience, Germany) and were stored accordingly. Three protocols were evaluated: the MycoEx protocol, the 'matrix solvent solution' protocol described by Mesureur et al., the 'freeze-thaw extraction' protocol described by Temporal et al. Four M. intracellulare, six M. avium spp. intracellulare, one M. avium, five M. chelonae, eight M. abscessus, three M. kansasii, five M. lentiflavum, five M. simiae, four M. gordonae, and ten M. fortuitum isolates are identified with MALDI-TOF MS. The effectiveness of the inactivation step was assessed by observing growth on Lowenstein-Jensen (LJ) medium. Among the 51 isolates, MycoEx protocol, solvent solution protocol, and freeze-thaw protocol were identified respectively 40 (%78,43), 18 (%35,29), 12 (%23,52) concordant with the GenoType Mycobacterium CM/AS test. Six isolates inactivated by the MycoEx protocol and five by the freeze-thaw method showed growth on LJ medium, are not well inactivated. The MycoEx protocol demonstrated the highest identification success rate among the three methods tested. MALDI-TOF MS provides a straightforward, cost-effective, and rapid method for identification; however, standardization of the inactivation step according to laboratory settings and periodic quality control are essential. Implementation of MALDI-TOF MS in routine workflows is expected to offer significant advantages.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    131781

    Hasta örneklerinden izole edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin moleküler yöntemlerle tanımlanması

    Başlık çevirisi yok

    ORHAN BEDİR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    MikrobiyolojiGATA

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALİ ALBAY

  2. Tez No

    340937

    Klinik örneklerden izole edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dizi analizi ile tanımlanması

    Identification of non-tuberculous mycobacteria isolated from clinical specimens by sequence analysis

    SELÇUK TÜRKEL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    MikrobiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE AYDAN ÖZKÜTÜK

  3. Tez No

    687411

    Mikrobiyolojik olarak tüberküloz (TB) ve tüberküloz dışı mikobakteri (NTB) tanımlanmış olgularda klinik ve radyolojik bulgular

    Clinical and radiological findings in microbiologically defined cases of tübercülosis(TB) and non-tümercülosis mycobacteria(NTM)

    HATİCE ARZU UÇAR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Göğüs HastalıklarıAdnan Menderes Üniversitesi

    Göğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET POLATLI

  4. Tez No

    656985

    Solunum yolu örneklerinden izole edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin PCR-RFLP yöntemi ile tanımlanması

    Identification of non-tuberculous mycobacteria isolated from respiratory specimens by PR-RFLPC method

    ŞERİHAN KÜBRA EMİKOĞLU CERİT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    MikrobiyolojiAdıyaman Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLNUR TARHAN

  5. Tez No

    282567

    Tüberküloz dışı mikobakteri (TDM) etkenlerinin tür düzeyinde tanımlanması

    Species level identification of non-tuberculous mycobacteria

    ÖZGÜR APPAK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    MikrobiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURAN ESEN

Geri Dön