Characterization of the MOH1 protein in the yeast model
MOH1 proteininin maya modelinde karakterizasyonu
- Tez No: 897385
- Danışmanlar: PROF. DR. MESUT MUYAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Kanser Genetiği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 98
Özet
Dolaşımdaki birincil östrojen hormonu olan 17βöstradiol (E2), birçok dokunun fizyolojisi ve patofizyolojisinde önemli roller oynar. Dokulardaki hücre fonksiyonlarının E2ye yanıt olarak düzenlenmesi birincil olarak bir transkripsiyon faktörü olan östrojen reseptör (ER) alfa tarafından gerçekleştirilir. E2ye Duyarlı genlerin ve protein ürünlerinin belirlenmesi, prognostik araçların veya terapötik hedeflerin geliştirilmesi için kritik öneme sahip olabilir. Önceki çalışmalarımız, YPEL2nin östrojene duyarlı bir gen olduğunu ortaya çıkarmıştır. YPEL2, benzer yapısal ve fonksiyonel özelliklere sahip YPEL proteinlerini kodlayan yüksek oranda korunmuş sekans homolojisine sahip, YPEL ailesinin bir üyesidir. Bu benzerlik, diğer YPELlerin varlığında YPEL2nin işlevsel özelliklerinin tayin edilmesini zorlaştırmaktadır. Buna rağmen, indüklenebilir bir ekspresyon sistemi kullanarak YPEL2nin oksidatif strese dahil olan proteinlerle etkileşime girdiğini gösterdik. Ancak YPEL2nin etkilerini hangi mekanizma üzerinden gerçekleştirdiği belirsizdir. Mayadaki tek YPEL homoloğu MOH1dir. Bu, maya tamamlama yaklaşımlarını kullanarak YPEL2 fonksiyonlarını YPELlerden bağımsız olarak analiz etme fırsatı sağlar. Moh1pnin fonksiyonları üzerine gerçekleştirdiğim yüksek lisans çalışmalarım, mekanizmaları bilinmemekle birlikte, MOH1in hücrenin strese tepkisine katkıda bulunarak hücrenin hayatta kalmasını etkilediğini önermektedir. Bu çalışmada, MOH1 silinmiş maya suşu moh1∆yi kullanarak Moh1pye fonksiyonlar atfetmeyi ve Moh1p'nin hücre morfolojisi, biyomoleküler kompozisyon ve transkriptomik profil üzerindeki etkisini değerlendirmeyi amaçladım. Taramalı elektron mikroskobu çalışmalarımız moh1∆nin hücre duvarındaki yapısal değişiklikleri göstermektedir. FTIR ve RNA sekanslama çalışmalarımız, lipid ve protein metabolizmalarında ve stres yanıtlarında yer alan proteinleri kodlayan genlerin ifadesindeki değişikliklerden kaynaklanan dramatik lipid ve protein modifikasyonlarını ortaya koymaktadır.
Özet (Çeviri)
The primary circulating estrogen hormone, 17βestradiol (E2), plays important roles in the physiology and pathophysiology of many tissues. The regulation of cell functions in tissues in response to E2 is mediated primarily by estrogen receptor (ER) alpha, a transcription factor. Identifying E2responsive genes and protein products could be critical for developing prognostic tools or therapeutic targets. Our previous studies revealed that YPEL2 is an estrogen-responsive gene, which is a member of a YPEL family, YPEL1 YPEL5, with highly conserved sequence homology encoding YPEL proteins with similar structural and functional features. This similarity renders deciphering the functional features of YPEL2 in the presence of other YPELs difficult. Nevertheless, using an inducible expression system we showed that YPEL2 interacts with proteins involved in oxidative stress. However, the mechanism by which YPEL2 exerts its effects is unclear. In yeast, there is one YPEL homolog, MOH1. This provides an opportunity to analyze YPEL2 functions independently of YPELs using yeast complementation approaches. Although mechanisms are unknown, my MSc studies on Moh1p functions suggested that MOH1 contributes to stress responses affecting cell survival. In this study, I aimed to attribute functions to Moh1p using the MOH1 deleted yeast strain, moh1∆, and assess its effect on cell morphology, biomolecular composition, and transcriptomic profile. Our scanning electron microscopy studies indicate structural alterations in the cell wall of moh1∆. Fourier Transform Infrared Spectroscopy and RNA sequencing reveal dramatic lipid and protein modifications resulting from differentially expressed genes that encode proteins involved in lipid and protein metabolisms and stress responses.
Benzer Tezler
- Protein characterization of human YPEL2 and YPEL homolog yeast MOH1
İnsan YPEL2 ve YPEL homoloğu maya MOH1 proteinlerinin karakterizasyonu
ÇAĞLA ECE OLGUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUT MUYAN
- Characterization of the Küçük Menderes River basin aquifer system
Küçük Menderes Nehri Havzası akifer sisteminin karakterizasyonu
KORAY KAMİL YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
Jeoloji MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiJeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN YAZICIGİL
- Çam kozalağının pirolizi ile elde edilen biyokömürün karakterizasyonu ve sulu çözeltilerden kongo kırmızısının gideriminde adsorpsiyon özelliklerinin incelenmesi
Characterization of the biochar obtained by pyrolysis of pine cones and investigation of adsorption properties in the removal of congo red from aqueous solutions
CEREN ALTUNCAN KESEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Kimya MühendisliğiHitit ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NİHAN KAYA
- Characterization of the shape memory behavior of high strength nitihfpd shape memory alloys
Yüksek mukavemetli nitihfpd şekil hafızali alaşımların şekil hafıza davranışlarının karakterizasyonu
GÜHER PELİN TOKER
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Makine MühendisliğiUniversity of KentuckyMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALUK KARACA
- Türkiye'de cinsel saldırı vakalarında en çok kullanılan lubrikantların karakterize edilmesi ve lubrikant kütüphanesinin oluşturulması
Characterization of the most widely used lubricants in sexual assault cases in Turkey and creation of a lubricant library
SEVİM GİZEM GÜÇDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Adli TıpÜsküdar ÜniversitesiAdli Bilimler Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA ÜNSAL SAPAN