Geri Dön

Negatif sinyal ve yalancı pozitif üreme sinyali veren otomatize kan kültür şişelerinde moleküler yöntemler ile bakteriyemi ve fungemi etkeni mikroorganizma varlığının araştırılması

Investigation of the presence of bacteremia and fungemia- related microorganisms with molecular methods in automated blood cultures with false positive and negative growth signals

PDF İndir

  1. Tez No: 907133
  2. Yazar: MERVE ERTÜRK MELEZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA ALTAY ATALAY
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Kan Kültürü, Yalancı pozitif sinyal, MALDI-TOF MS, PZR, Yeni Nesil Dizileme, Blood Culture, False positive signal, MALDI-TOF MS, PCR, Next Generation Sequencing
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Erciyes Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 113

Özet

Amaç: Dolaşım sistemi enfeksiyonlarında uygun antimikrobiyal tedaviye mümkün olan en kısa sürede başlanması morbidite ve mortaliteyi azaltmak için çok önemlidir. Ancak kan kültürlerinin geç sonuçlanması geniş spektrumlu ampirik tedavi başlanmasına ve dolayısıyla toksisiteye ve yan etkilerde artışa sebebiyet verir. Klinik çalışmalar; moleküler yöntemlerin patojen tanımlaması için daha hızlı ve daha duyarlı olduğunu ortaya koymaktadır. Bu çalışmada, BD BACTEC™ FX (BD Diagnostic Systems, ABD) otomatize kan kültür cihazında pozitif üreme sinyali veren ancak rutin mikrobiyolojik inceleme sonucunda üreme görülmeyen (yalancı pozitif) kan kültür şişelerinde ve negatif üreme sinyali veren kan kültür şişelerinde, MALDI-TOF MS, polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve yeni nesil dizileme (YND) yöntemleri ile bakteri ve mantar varlığının araştırılması hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda BD BACTEC™ FX Otomatize Kan Kültürü (OKK) cihazında pozitif üreme sinyali veren, ancak rutin mikrobiyolojik ekimler sonrasında üreme saptanmayan 80 yalancı pozitif OKK şişesi ve 30 negatif sinyal veren OKK şişesi kullanılmıştır. OKK şişelerinden direkt olarak alınan örnekler, %10'luk Tween® 80 eklenip çeşitli işlemlerden geçirildikten sonra MALDI-TOF MS (BD MALDI Biotyper® sirius, Bruker Daltonics, Almanya) ile çalışılmıştır. Şişelerde bakteri ve mantar DNA'sının varlığı bakteriyel 16S rRNA, fungal 28s rRNA, ITS gen bölgelerinin nükleik asit amplifikasyonu ve YND ile araştırılmıştır. Bulgular: Seksen örneğin dokuzunda mantar DNA'sı tespit edilmiş, hiçbir şişede bakteri DNA'sı saptanmamıştır. Yalancı pozitiflik oranı tüm şişeler içinde %0,2 olarak bulunmuştur. Fungal PZR sonucu pozitif numunelerin hasta bilgileri, en yüksek bağıl bollukla saptanan cins/tür, tanıları ve enfeksiyon parametrelerine ilişkin veriler Tablo 1'de verilmiştir. OKK şişelerinden direkt olarak çalışılan MALDI-TOF MS yöntemi ile hiçbir mikroorganizma saptanmamıştır. Tablo 1. Fungal PZR sonucu pozitif numunelerin hasta bilgileri, en yüksek bağıl bollukla saptanan cins/tür, tanıları ve enfeksiyon parametrelerine ilişkin veriler Hasta No Yaş Cinsiyet Servis Mikroorganizma Tanı WBC (4,8-10,7 x 10.000 /µl) CRP (0-5 mg/L) 14 13 E PNS Aspergillus melleus Epilepsi 10,77 30,37 16 1 K PHOS Amorphotheca resinae Adrenal bez malign neoplazmı 6,66 2,21 17 7 E PHOS Alternaria conjuncta Beyin malign neoplazmı 14,43 61,5 20 7 K PHOS Eremomyces bilateralis Ewing sarkomu 0,5 104,74 23 40 K EHS Pseudomicrostroma glucosiphilum Diabetes Mellitus 11,75 26,41 33 1 K YDYBU Aspergillus melleus Akut üst solunum yolu enfeksiyonu 11,92 43,9 34 73 E GCYBU Alternaria infectoria Pankreas Ca 6,67 26,48 53 3 E PHOS Aspergillus steynii Nöroblastom 3,41 58,11 80 74 E BSCYBU Alternaria infectoria İntrakraniyal hemoraji 26,2 197 E: Erkek; K: Kadın; PNS: Pediatri Nöroloji Servisi; PHOS: Pediatri Hematoloji Onkolojisi Servisi; YDYBU: Yenidoğan Yoğum Bakım Ünitesi; GCYBU: Genel Cerrahi Yoğun Bakım Ünitesi; BSCYBU: Beyin Sinir Cerrahi Yoğun Bakım Ünitesi; EHS: Enfeksiyon Hastalıkları Servisi Sonuç: Kandaki lökosit miktarının yüksek olması, asidoz, hiperkapni, kültür şişesinin kanla aşırı doldurulması, antibiyotik kullanımı nedeniyle L-forma dönüşen bakteriler, yavaş ve zor üreyen ya da kültürü yapılamayan mikroorganizmalar, anaerop mikroorganizmalar ve mikroorganizma DNA'ları ile kontamine olmuş kültür şişelerinin yalancı pozitif sinyal nedenleri arasında olabileceği bildirilmiştir. Çalışmamızda, kan kültür şişelerinin üretimi aşamasında doğada bulunabilen ve patojen olmayan küf DNA'ları ile kontaminasyonu sonucu DNA parçalarının şişelerde bulunmasının pozitif sinyal sebebi olabileceği düşünülmüş olmakla birlikte doğada bulunan hemen her mantar türünün duyarlı konakta invazif mantar enfeksiyonuna neden olabilme potansiyeline sahip olabileceği de unutulmamalıdır. Bu nedenle, yalancı pozitif sinyal veren kan kültürü şişelerinden yapılan kültür ekimlerinin inkübasyon süresinin uzatılmasının küf mantarlarını saptamada faydalı olacağı, ancak antifungal tedaviye başlamadan önce de dikkatli bir klinik değerlendirme yapılması gerektiği sonucuna varılmıştır.

Özet (Çeviri)

Aim: Initiating appropriate antimicrobial treatment as soon as possible in circulatory system infections is very important to reduce morbidity and mortality. However, delayed results of blood cultures lead to the initiation of broad-spectrum empiric treatment and, therefore, to an increase in toxicity and side effects. Clinical studies; suggest that molecular methods are faster and more sensitive for pathogen identification. In this study, blood culture bottles that gave a positive growth signal in the BD BACTEC™ FX (BD Diagnostic Systems, ABD) automated blood culture device, but no growth was observed as a result of routine microbiological examination (false positive) and blood culture bottles that gave a negative growth signal were used. The aim was to investigate the presence of bacteria and fungi in these bottles using MALDI-TOF MS, polymerase chain reaction (PCR) and next generation sequencing (NGS) methods. Materials and Methods: In our study, 80 false-positive automated blood culture bottles that gave a positive growth signal in the BD BACTEC™ FX automated blood culture device, but no growth was detected after routine microbiological cultivation, and 30 automated blood culture bottles that gave a negative signal were used. Samples taken directly from automated blood culture bottles were studied with MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics, Germany) after adding 10% Tween® 80 and undergoing various processes. Bacterial and fungal DNA in the bottles was investigated by nucleic acid amplification and NGS analysis of bacterial 16S rRNA, fungal 28s rRNA and ITS gene regions. Results: Our study revealed a low positive rate of %0,2 in all bottles, providing reassurance about the reliability of our findings. Fungal DNA was detected in nine of the eighty samples, while no bacterial DNA was found in any of the bottles. Data regarding patient information, genus/species detected with the highest relative abundance, diagnoses and infection parameters of samples with positive fungal PCR results are given in Table 1. Notably, no microorganisms were detected by the MALDI-TOF MS method, which was studied directly from automated blood culture bottles. Table 1. Data regarding patient information, genus/species detected with the highest relative abundance, diagnoses and infection parameters of fungal PCR-positive samples Patient Number Age Gender Service Microorganism Diagnosis WBC (4,8-10,7 x 10.000 /µl) CRP (0-5 mg/L) 14 13 M PNS Aspergillus melleus Epilepsy 10,77 30,37 16 1 F PHOS Amorphotheca resinae Adrenal gland malignant neoplasm 6,66 2,21 17 7 M PHOS Alternaria conjuncta Brain malignant neoplasm 14,43 61,5 20 7 F PHOS Eremomyces bilateralis Ewing sarcoma 0,5 104,74 23 40 F IDS Pseudomicrostroma glucosiphilum Diabetes Mellitus 11,75 26,41 33 1 F NICU Aspergillus melleus Acute upper respiratory tract infection 11,92 43,9 34 73 M GSICU Alternaria infectoria Pancreatic Ca 6,67 26,48 53 3 M PHOS Aspergillus steynii Neuroblastoma 3,41 58,11 80 74 M BNSICU Alternaria infectoria Intracranial hemorrhage 26,2 197 M: Male; F: Female; PNS: Pediatric Neurology Service; PHOS: Pediatric Hematology Oncology Service; NICU: Neonatal Intensive Care Unit; GSICU: General Surgery Intensive Care Unit; BNSICU: Brain Nerve Surgery Intensive Care Unit; IDS: Infectious Diseases Service Conclusion: It has been reported that high amounts of leukocytes in the blood, acidosis, hypercapnia, overfilling of the culture bottle with blood, bacteria turning into L- form due to antibiotic use, microorganisms that grow slowly and difficulty or cannot be cultured, anaerobic microorganisms and culture bottles contaminated with microorganism DNAs may be among the causes of false positive signals. In our study, it was thought that the presence of DNA fragments in the bottles as a result of contamination with non-pathogenic mold DNAs that can be found in nature during the production of blood culture bottles may be a reason for a positive signal. However, it should not be forgotten that almost every fungal species found in nature may have the potential to cause invasive fungal infection in a susceptible patients. Therefore, it was concluded that prolonging the incubation period of cultures from blood culture bottles with false positive signals would be useful in detecting mold fungi, but a careful clinical evaluation should be performed before starting antifungal treatment.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    301293

    Klinik mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen kan kültürlerinin prospektif olarak değerlendirilmesi

    Prospective assesment of blood cultures which were sent to clinical microbiology laboratory

    SİBEL AYDIN BOLUKÇU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıklarıİstanbul Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. A.ATAHAN ÇAĞATAY

  2. Tez No

    441767

    Regulatory effect of transcriptional factors ComK and SinR on the expression of bacABCDEywfG operon in Bacillus subtilis

    Bacillus subtilis'de ComK Ve SinR Transkripsiyonel Faktörlerinin bacABCDEywfG Operonu Üzerine Etkisi

    ALI MOHAMMED NASSER HAIDER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYTEN KARATAŞ

  3. Tez No

    163477

    Şüpheli mikrokalsifikasyon içeren olguların MR mammografi ile değerlendirilmesi

    Başlık çevirisi yok

    ARTÜR SALMASLIOĞLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    Radyoloji ve Nükleer Tıpİstanbul Üniversitesi

    Radyodiagnostik Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. GÜLDEN ACUNAŞ

  4. Tez No

    91922

    Larinks kanserlerinde bilgisayarlı tomografi ile manyetik rezonans görüntüleme yönteminin tanı değeri

    Başlık çevirisi yok

    BEŞİR ERDOĞMUŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2000

    Radyoloji ve Nükleer TıpAtatürk Üniversitesi

    Radyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. SELAMİ SUMA

  5. Tez No

    318135

    Eratosthenes Denizaltı Dağı' nın jeofizik (gravite ve manyetik ) özelliklerinin incelenmesi

    Investigation into the geophysical (gravity and magnetic) properties of eratosthenes Seamount

    EZGİ ERBEK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    Jeofizik MühendisliğiSüleyman Demirel Üniversitesi

    Jeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. M. NURİ DOLMAZ

Geri Dön