Schizosaccharomyces pombe'de bir otofaji modelinin oluşturulması
Construction of an autophagy model in Schizosaccharomyces pombe
- Tez No: 920664
- Danışmanlar: PROF. DR. BEDİA PALABIYIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoteknoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 70
Özet
Otofaji, besin açlığı da dahil olmak üzere çeşitli çevresel değişikliklerin algılanması ile tetiklenir. Otofaji sırasında, organeller de dahil olmak üzere sitoplazmik bileşenler otofagozomlar içinde tutulur ve lizozom-vakuol füzyonu oluşumunu takiben parçalanır. S. pombe, otofajik süreçlerin moleküler mekanizmalarını anlamak için sıkça kullanılan bir modeldir. Bu çalışmada, fisyon mayası Schizosaccharomyces pombe'de nmt1 promotörü kontrolünde GFP etiketli Atg8'in anlatımının gerçekleştirilmesi ile bir otofaji modeli oluşturuldu. Bu kapsamda, öncelikle S. pombe atg8 geni pSGP573 plazmidinde klonlandı. Elde edilen VS01 (nmt promotörü kontrolünde GFP::atg8 genleri anlatım yapar) rekombinant plazmidi S. pombe ED666 ırkına transfer edildi. Oluşturulan otofaji modelinde (VS01/ED666) azot açlığı koşulunda floresan mikroskopta yeşil floresan ışımanın izlenmesi ile GFP::atg8 proteinlerinin varlığını doğrulandı. Ayrıca, bu yeşil renkli ışımaların sitosolde halka şeklinde oluşumlar halinde gözlenmesi, fagozom oluşumunlarına işaret etmiştir. Eş zamanlı olarak, vakuol mebranına bağlanarak kırmızı ışıma veren MM4 vakuol boyası uygulaması ile de vakuoller izlenmiştir. Sonuçta, yeşil renkli yapıların fagozom olduğu, floresan mikroskobunda kırmızı renkli vakuol ve yeşil renkli fagozom oluşumlarının çakışması (sarı renk) ile doğrulanmıştır. Tez kapsamında oluşturulan S. pombe otofaji modelinin çeşitli çevresel faktörlerin tetiklediği otofajinin sinyalizasyon dahil moleküler mekanizmalarının anlaşılmasına yönelik çalışmalarda kullanılabileceği öngörülmektedir.
Özet (Çeviri)
Autophagy is triggered by the detection of various environmental changes, including nutrient starvation. During autophagy, cytoplasmic components, including organelles, are enclosed in autophagosomes and subsequently degraded following lysosome-vacuole fusion. Schizosaccharomyces pombe is commonly used as a model organism to understand the molecular mechanisms of autophagic processes. In this study, an autophagy model was created by expressing GFP-tagged Atg8 under the control of the nmt1 promoter in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe. To achieve this, the S. pombe atg8 gene was first cloned into the pSGP573 plasmid. The resulting recombinant plasmid, VS01 (which expresses GFP::atg8 under the control of the nmt promoter), was then transferred to the S. pombe ED666 strain. In the created autophagy model (VS01/ED666), the presence of GFP::atg8 proteins was confirmed by observing green fluorescent signals under a fluorescence microscope during nitrogen starvation conditions. Additionally, the green fluorescence was observed as ring-like formations in the cytoplasm, indicating the formation of phagosomes. Simultaneously, vacuoles were observed using the MM4 vacuole dye, which emits red fluorescence when bound to the vacuolar membrane. As a result, the green structures were confirmed to be phagosomes, with the overlap of red vacuoles and green phagosomes in the fluorescence microscope (yellow fluorescence) further validating this conclusion. It is anticipated that the S. pombe autophagy model developed in this thesis can be used in studies aimed at understanding the molecular mechanisms and signaling pathways of autophagy triggered by various environmental factors.
Benzer Tezler
- Schizosaccharomyces pombe'de FAP1 proteininin apoptozdaki etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of FAP1 protein on apoptosis in schizosaccharomyces pombe
İREM KARAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEDİA PALABIYIK
- Schizosaccharomyces pombe'de endoplazmik retikulum stresinin hücresel etkilerinin araştırılması
Investigation of cellular effects of endoplasmic reticulum stress in Schizosaccharomyces pombe
NEZAHAT GÖKÇE ÖZSAMUR
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEDİA PALABIYIK
- Schizosaccharomyces pombede endoplazmik retikulum stresi ile apoptoz arasındaki ilişki
The relationship between endoplasmic reticulum stress and apoptosis in Schizosaccharomyces pombe
İLAYDA ÖZARABACI
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERCAN ARICAN
- Schizosaccharomyces pombe'de heksoz taşıyıcılarının anlatım düzeylerinin araştırılması
Investigation of expression levels of hexose transporters in Schizosaccharomyces pombe
ÜMİT YAŞAR KINA
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEDİA PALABIYIK
- Schizosaccharomyces pombe'de oksidatif stres yanıtı ile glukoz baskılaması ilişkisinin genom boyutunda araştırılması
Investigation of the relationship between glucose repression and oxidative stress response on genome-wide in Schizosaccharomyces pombe
KADİR GÖKHAN SÜSLÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BEDİA GEMİCİ PALABIYIK