Generating an Orthogonal tRNA Suppressor of Pyrococcus horikoshii in Escherichia coli
Escherichia coli'de Pyrococcus horikoshii'nin Ortogonal tRNA Baskılayıcısının Oluşturulması
- Tez No: 934059
- Danışmanlar: PROF. DR. XAVIER GOMIS-RÜTH
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Pompeu University Fabra (UPF)
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Sağlık Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 20
Özet
Geçtiğimiz yirmi yılda E. coli'deki genetik kodu genişletmek için farklı teknikler kullanılmıştır. Kanonik olmayan amino asitleri (NCAA'lar) bir rekombinant proteinin belirli pozisyonlarına dahil etmek için kullanılan tekniklerden biri, amber durdurma kodonunun bir ortogonal aminoasil-tRNA sentetaz/tRNA baskılayıcı çifti (aaRS/tRNAcua) ile kombinasyonudur. E. coli'de belirli pozisyonlara 150'den fazla NCAA'yı dahil etmek için farklı ortogonal çiftler başarıyla kullanılmıştır. Projenin amacı, E. coli'deki lösine benzer NCAA'yı dahil etmek üzere Pyrococcus horikoshii'nin lösilRS/LeutRNAcua'sının (phleucylRS/phLeutRNAcua) ortogonal bir çiftini oluşturmaktır. Bu nedenle ilk amaç, phleucylRS'nin ortogonal olup olmadığını belirlemek ve E. coli'de (phleutRNAcua) P. horikoshii'nin ortogonal bir tRNA baskılayıcısını oluşturmaktır. Grubumuzun önceki çalışmaları, phleutRNAcua'nın E. coli LeuRS tarafından yüklenebileceğini ve bunun bizim amacımız için kullanılamayacağını öne sürdüğünü göstermiştir. Sonuç olarak, ortogonal bir phleutRNAcua gereklidir. Ortogonal bir phleutRNAcua mutantını bulmak için bir phleutRNAcua mutant kütüphanesi oluşturulmuştur. Mutant kütüphanenin negatif seçimi, toksik barnaz genindeki amber kodonunun baskılanması kullanılarak yapılmıştır. Hayatta kalan koloniler ya ortogonal ya da işlevsel olmayan baskılayıcı phleutRNAcua içermektedir, dolayısıyla amber durdurma kodonunun E. coli'de phLeuRS ekspresyonuyla bir kloramfenikol (Cm) direnç genine dönüştürülmesi testi olarak düşünüldüğünde pozitif seçimle daha fazla test edilmeleri gerekmektedir. Sonuç olarak E. coli'de phleutRNAcua'nın pozitif seçimi için gerekli olan amber kodonlu ve phLeuRS'li Cm direncini içeren vektör yapımı yapılmıştır. Projenin bir sonraki adımı, daha sonra NCAA'ların dahil edilmesi için kullanılabilecek phleutRNAcua mutantlarını tanımlamak amacıyla bu yeni yapıyı kullanmak olacaktır.
Özet (Çeviri)
Over the past two decades, different techniques have been used to expand the genetic code in E. coli. One of the techniques used to incorporate noncanonical amino acids (NCAAs) in specific positions of a recombinant protein is the combination of the amber stop codon with an orthogonal aminoacyl-tRNA synthetase/tRNA suppressor pair (aaRS/tRNAcua). Different orthogonal pairs have been successfully used to incorporate more than 150 NCAAs in specific positions in E. coli. The project aims to generate an orthogonal pair of the leucylRS/LeutRNAcua of Pyrococcus horikoshii (phleucylRS/phLeutRNAcua) to incorporate NCAA similar to leucine in E. coli. Therefore, the first goal is to determine if the phleucylRS is orthogonal and to generate an orthogonal tRNA suppressor of P. horikoshii in E. coli (phleutRNAcua). Previous studies from our group demonstrate that the phleutRNAcua, can be charged by E. coli LeuRS, suggesting that it cannot be used for our purpose. Consequently, an orthogonal phleutRNAcua is required. A phleutRNAcua mutant library has been generated to find an orthogonal phleutRNAcua mutant. Negative selection of the mutant library was done using suppression of amber codon in the toxic barnase gene. The survivor colonies contain either orthogonal or nonfunctional suppressor phleutRNAcua, thus, they must be further tested by positive selection, through the test of the amber stop codon into a chloramphenicol (Cm) resistance gene with the expression of the phLeuRS in E. coli. Consequently, constructing a vector containing Cm resistance with amber codons and the phLeuRS was made which is required for the positive selection of the phleutRNAcua in E. coli. The project's next step will be to use this new construct to identify the mutants of phleutRNAcua that can be used later for NCAAs incorporation.
Benzer Tezler
- The transformation of higher education by means of techno-parks: Case of Turkey
Yüksek öğretimin dönüşümü: Teknoparklar-Türkiye örneği
GAMZE SART
Doktora
İngilizce
2013
Eğitim ve ÖğretimBoğaziçi ÜniversitesiEğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA GÖK
- Çalışanların iş tatminini etkileyen faktörlerin belirlenmesi: Eğitim sektörü örneği
Factors affecting the determination of employee job satisfaction: The case of education sector
SONER YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
İşletmeGaziosmanpaşa Üniversitesiİşletme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN KARKACIER
- Deneysel spinal kord travma modelinde rituksimabın nöroprotektif etkisinin immünhistokimyasal ve elektron mikroskobik yöntemlerle incelenmesi
The neuroprotective effects of rituximab in experimental spinal cord injury model: an immunohistochemical and electronmicroscopic study
GÜNER MENEKŞE
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
NöroşirürjiSağlık BakanlığıBeyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
UZMAN ERGÜN DAĞLIOĞLU
- Dı tradîsyona dengbêjıya kurdî de şakıro (jıyan û berhem)
Kürt dengbejlik geleneğinde dengbej şakıro (hayatı ve eserleri)
SERDAR ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Kürtçe
2014
Halk Bilimi (Folklor)Mardin Artuklu ÜniversitesiKürt Dili ve Kültürü Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HAYRULLAH ACAR
- Koroner arter hastalığında serum resistin düzeylerinin incelenmesi
Evaluation of serum resistin levels in coronary artery disease
ELİF KILIÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2009
BiyokimyaSağlık BakanlığıBiyokimya ve Klinik Biyokimya Ana Bilim Dalı
DR. NEZAKET EREN