Geri Dön

Characterizing novel RNA editing sites in the 3'UTR of F11R in breast cancer

Meme kanserinde F11R geninin 3'UTR bölgesindeki yeni RNA düzenleme noktalarının karakterizasyonu

PDF İndir

  1. Tez No: 940405
  2. Yazar: DENİZ KARAGÖZOĞLU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyolojik Bilimler Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 112

Özet

ADAR enzimleri, epitranskriptomu şekillendiren önemli bir post-transkripsiyonel modifikasyonu adenosin-inosin (A-to-I) RNA düzenlemesini katalize eder. RNA'nın stabilitesini, splicing ve translasyonunu değiştirerek gen ekspresyonu üzerinde önemli bir etki yaratır ve dolayısıyla protein seviyelerini ve fonksiyonlarını etkiler. Anormal RNA düzenlemesinin kanser de dahil olmak üzere çeşitli hastalıklarla bağlantılı olduğu bilinmesine rağmen, RNA düzenleme olaylarının tam olarak aydınlatılması gerekmektedir. Bu çalışma, meme kanserinde rol oynayan F11R geninin 3′ untranslated region (UTR) bölgesindeki RNA düzenleme olaylarına odaklanmaktadır. TCGA meme kanseri verilerinden elde edilen in-silico tahminler kullanılarak meme kanserine özgü düzenleme bölgeleri tespit edilmiştir. F11R'in meme kanserlerinde farklılaşan mRNA ve protein ekspresyon seviyeleri göz önünde bulundurularak, bu çalışmada meme kanseri hücre modellerinde F11R RNA düzenlemesi incelenmiştir. Deneysel bulgularımız, F11R 3'UTR bölgesinde birden fazla RNA düzenleme noktasını ve ADAR1 enzimini bu düzenleme süreçlerinde önemli bir faktör olarak doğrulamıştır. Ayrıca, bu düzenleme bölgelerinin F11R protein seviyeleri üzerindeki potansiyel etkilerine dair ön veriler sunulmuştur. 3'UTR bölgelerinde RNA düzenlemesinin ortaya konulması, gen ekspresyonunun post-transkripsiyonel düzeyde nasıl düzenlendiğini daha iyi anlamamıza katkı sağlayabilir.

Özet (Çeviri)

ADAR enzymes catalyze adenosine-to-inosine (A-to-I) RNA editing, a crucial post-transcriptional modification that shapes the epitranscriptome. By changing RNA stability, splicing, and translation, this alteration substantially affects gene expression, which in turn affects protein levels and functions. Although dysregulated RNA editing has been connected to several conditions, including cancer, deciphering individual RNA editing cases is still needed. This study focuses on RNA editing events in the 3′ untranslated region (UTR) of F11R (Junctional Adhesion Molecule A (JAM-A)), a gene implicated in breast cancer. Leveraging in-silico predictions from TCGA breast cancer datasets, candidate editing sites were identified for F11R. Given the differential mRNA and protein expression of F11R across breast cancers, we examined RNA editing of F11R in breast cancer cell models. Our experimental results confirmed multiple RNA editing points on F11R 3'UTR and the involvement of ADAR1 in these editing events. We further provide initial insight into the functionality of these editing sites for F11R protein levels. Revealing RNA editing of 3'UTRs may help us better understand the post-transcriptional regulation of gene expression.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    478687

    Mapping intracellular immune responses against lentiviral vectors in natural killer cells using genome scale CRISPR knockout

    CRISPR genom susturma kütüphaneleri ile NK hücrelerde antiviral sinyal yolaklarının tespit edilmesi

    AYDAN SARAÇ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Allerji ve İmmünolojiSabancı Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. TOLGA SÜTLÜ

    DR. ABDULLAH KARADAĞ

  2. Tez No

    396425

    Development and application of novel machine learning approaches for RNA-seq data classification

    RNA dizileme verilerinin siniflandirilmasinda yeni makine öğrenimi yaklaşimlarinin geliştirilmesi ve uygulanmasi

    GÖKMEN ZARARSIZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyoistatistikHacettepe Üniversitesi

    Biyoistatistik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ERDEM KARABULUT

    DOÇ. DR. AHMET ÖZTÜRK

  3. Tez No

    695684

    Identifying isoform switches in breast cancer

    Meme kanserinde izoform değişikliklerinin tanımlanması

    ŞEVKİ ONUR HENDEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TOLGA CAN

  4. Tez No

    684477

    Investigation the functions of novel g-quadruplex structures in e. coli genome

    E. coli genomunda bulunan yeni g-quadruplex yapılarının fonksiyonlarının incelenmesi

    HÜSEYİN SAYGIN PORTAKAL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Biyomühendislikİzmir Ekonomi Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. OSMAN DOLUCA

  5. Tez No

    855037

    A fair division approach to understanding distribution principles in Islamic law of inheritance

    Adil paylaşım perspektifinden İslam miras hukuku paylaşım prensipleri

    BURAK DOĞAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Ekonomiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İktisat Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SİNAN ERTEMEL

Geri Dön