Karkamış Baraj Gölünde yetiştirilen alabalıklardan aeromonas bakterilerinin izolasyonu ve litik bakteriyofajlarının araştırılması
Isolation of aeromonas bacteria from trouts grown in Karkamış Dam Lake and investigation of lithic bacteriophages of aeromonas
- Tez No: 942139
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MUHAMMED YAŞAR DÖRTBUDAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Su Ürünleri, Microbiology, Aquatic Products
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Harran Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 79
Özet
Bu tez çalışmasında amaç, Karkamış Baraj Gölü'nde yetiştirilen ve hastalık semptomları göstererek ölen alabalıklardan Aeromonas türlerini izole etmek ve çevresel örneklerden bu türlere spesifik litik bakteriyofaj varlığını araştırmaktır. Bu çalışmada Şanlıurfa iline bağlı farklı konumlardaki 4 farklı çiftlikten farklı zaman periyotlarında, bakteriyel izolasyon için toplam 96 ölü gökkuşağı alabalığı ile bakteriyofaj izolasyonu için su ve bentos örnekleri toplandı. Balıklara uygulanan nekropsi sonrasında, deri lezyonları ve balıkların çeşitli organlarına ait 138 inceleme örneğinden klasik bakteriyel izolasyon ve identifikasyon yöntemiyle Aeromonas'ların izolasyonu için ekimler yapıldı. Elde edilen izolatların doğrulama analizleri MALDİ-TOF ile gerçekleştirildi. Balıklardan 18 adet Aeromonas etkeni izole edildi. Bu etkenlerin altısının Aeromonas veronii, dördünün Aeromonas hydrophila, dördünün Aeromonas sobria, ikisinin Aeromonas ichthiosmia, birinin Aeromonas caviae ve birinin de Aeromonas bestiarum olduğu tespit edildi. Bakteriyofajların tespiti için alınan su ve bentos örneklerine ön zenginleştirme işlemi uygulanarak şüpheli süspansiyonlar hazırlandı. Bu süspansiyonlardan elde edilen izolatlar ile spot-test yapılarak bakteriyofaj içeriği yönünden araştırıldı. Bir adet çiftlikten elde edilen Aeromonas hydrophila bakterisine karşı litik aktivite gösteren 1 adet faj belirlenerek izole edildi. İzole edilen faj çift tabaka agar yöntemiyle saflaştırıldı, besiyerinde konakçısıyla çoğaltıldıktan sonra faj titresi 6.40 x 108 Pfu/ml olarak belirlendi. Optimal MOI değeri 0.1 bulundu. Faj, pH 3-11 ve sıcaklık 4-60°C aralıklarında test edildi. Fajın pH 5-9 ve sıcaklığın 4-40°C arasındaki test ortamlarında stabil olduğu tespit edildi. Bakteriyofaj morfolojik inceleme amacıyla geçirimli elektron mikroskobunda (TEM) görüntülendi. Fajın Siphoviridae familyasına ait olabileceği morfolojik olarak belirlendi. Fajın moleküler analiziyle, daha önce tanımlanarak gen banka bilgileri girilen Aeromonas'ların T7-Ah ve PZL-Ah152 fajlarına genetik olarak çok yakın bir faj olduğu görüldü. Sonuç olarak Şanlıurfa bölgesinde Karkamış barajında üretim faaliyetleri gösteren balık çiftliklerinde Aeromonas etkenlerinin enfeksiyonlara sebep olduğu, etkenlerle birlikte bakteriyofajlarının da izole edilebileceği görüldü. Hastalıklardan korunma için gerekli tedbirlerin alınabileceği ve bakteriyofajların koruma ve tedavide kullanılabilirliğiyle ilgili ileri çalışmaların yapılması gerektiği kanaatine varıldı. ANAHTAR KELİMELER: izolasyon, enfeksiyon, Aeromonas, bakteriyofaj, balık
Özet (Çeviri)
The aim of this thesis was to isolate Aeromonas species from rainbow trout reared in Karkamış reservoir that died with disease symptoms and to investigate the presence of specific lytic bacteriophages from environmental samples. In this study, a total of 96 dead rainbow trout and the water-benthos samples were collected from 4 different farms in different locations in Şanlıurfa province at different time periods for bacterial isolation and bacteriophage isolation respectively. After necropsy, 138 examination samples of skin lesions and various organs of the fish were cultured for the isolation of Aeromonas by classical bacterial isolation and identification method. Confirmatory analysis of the isolates obtained was performed by MALDI-TOF MS. Eighteen Aeromonas agents were isolated from fish. Six of these agents were Aeromonas veronii, four were Aeromonas hydrophila, four were Aermonas sobria, two were Aeromonas ichthiosmia, one was Aeromonas caviae and one was Aeromonas bestiarum. Suspicious suspensions were prepared by pre-enrichment of water and benthos samples taken for the detection of bacteriophages. These suspensions were spottested with the isolates obtained and investigated for bacteriophage content. One phage showing lytic activity against Aeromonas hydrophila bacteria obtained from one farm was identified and isolated. The isolated phage was purified by double layer agar method, and the phage titer was determined as 6.40 x 108 Pfu/ml after multiplication with its host in the medium. The optimal MOI value was found to be 0.1 The phage was tested at pH 4-11 and temperature 4-60 °C. The phage was found to be stable in test media with pH 5-9 and temperature 4-40 °C. The bacteriophage was imaged by transmission electron microscopy (TEM) for morphological examination. It was morphologically determined that the phage may belong to the Siphoviridae family. Molecular analysis of the phage revealed that the phage was genetically very similar to the Aeromonas T7-Ah and PZL-Ah152 phages, which were previously identified and entered into GenBank. As a result, it was observed that Aeromonas agents cause infections in fish farms in Karkamış dam in Şanlıurfa region and bacteriophages can be isolated together with the agents. It was concluded that necessary precautions can be taken for the prevention of diseases and further studies should be carried out on the use of bacteriophages in protection and treatment. KEYWORDS: isolation, infection, Aeromonas, bacteriophage, fish
Benzer Tezler
- Karkamış baraj gölü fitoplankton tür kompozisyonunun belirlenmesi
Determination of phytoplankton species composition of Karkamis dam lake
AHMET SESLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Su ÜrünleriMunzur ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. BANU KUTLU
DOÇ. DR. FERAY SÖNMEZ
- Karkamış baraj gölünün fizikokimyasal parametrelerinin araştırılması
Investigation of physicochemical parameters of Karkamis dam lake
RIDVAN TEPE
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Su ÜrünleriMunzur ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BANU KUTLU
- Cladophora sp. ile spirulina sp. ve karişimlarinin mercimek (Lens culinaris Medik.)gelişimi üzerine etkisi
Cladophora sp. and spirulina sp. the effect of lens (Lensculinaris Medik.) onthe development of lensand blended
ELİF DOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiHarran ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULCENAP CEVHERİ
- Karkamış Baraj Gölü'ndeki gökkuşağı alabalığı işletmelerinde bakteriyofajların izolasyonu, moleküler karakterizasyonu ve bakteriyofaj tedavisinin balıklara deneysel uygulaması
Isolation and molecular characterization of bacteriophages in rainbow trout farms in Karkamış Reservoir and an experimental application of bacteriophage treatment to rainbow trout
OĞUZHAN KUZUCU
Doktora
Türkçe
2023
Su ÜrünleriKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MİKAİL ÖZCAN
- Karkamış Baraj Gölü alanında bulunan levallois çekirdeklerin tekno-tipolojik analizi
Techno-typological analysis of levallois cores found in the field of Carchemish Dam
BUKET BABATAŞ