Arabidopsis thaliana'da normal büyüme ve abiyotik stres koşulları altında sro (sımılar to RCD one) gen ailesinin genom çapında tanımlanması ve ekspresyon profil analizi
Genome-wide identification and expression profiling of sro (similar to RCD one) gene family in arabidopsis thaliana under normal growth and abiotic stress conditions
- Tez No: 943658
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TİJEN DEMİRAL SERT, ÖĞR. GÖR. MUHAMMAD SAMEEULLAH
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Botanik, Biology, Botany
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Süleyman Demirel Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 123
Özet
Bitkilerin kuraklık, tuzluluk ve soğuk gibi abiyotik streslere karşı hayatta kalması, birçok genin farklı şekilde ifade edildiği karmaşık düzenleyici ağlara bağlıdır. SRO gen ailesi, transkripsiyon faktörleri ve düzenleyici proteinlerle etkileşerek bitki gelişimi ve stres yanıtlarında önemli roller üstlenmektedir. Bu çalışmada, Arabidopsis thaliana'da yer alan SRO gen ailesinin yapısal ve işlevsel özellikleri ile çevresel stres koşullarındaki ifadeleri kapsamlı bir şekilde analiz edilmiştir. Genomik veri tabanları kullanılarak yapılan analizlerde sekiz SRO geni tanımlanmış; bu genlerin genomik organizasyonları, korunmuş protein alanları ve filogenetik ilişkileri ortaya konmuştur. Özellikle PARP-benzeri ve RST gibi korunmuş alanlar, bu proteinlerin etkileşim ağlarında merkezi roller oynayabileceğini göstermektedir. Transkriptom verileri aracılığıyla yapılan ekspresyon analizleri, bu genlerin farklı gelişim evrelerinde ve kuraklık, tuzluluk, sıcaklık değişimleri, oksidatif stres, hormon uygulamaları ve mineral eksiklikleri gibi çeşitli çevresel stresler altında farklı ifade profillerine sahip olduğunu göstermiştir. Promotor analizleri, stres ve hormon yanıtıyla ilişkili birçok cis-düzenleyici elementin varlığını ortaya koymuştur. Protein etkileşim ağları ve fonksiyonel zenginleştirme analizleri, SRO proteinlerinin başta AP2/ERF, NAC ve bZIP ailesi transkripsiyon faktörleri olmak üzere birçok düzenleyici ile etkileşim potansiyeli taşıdığını ve bu proteinlerin stres yanıtlarında düzenleyici merkezler olabileceğini düşündürmektedir. Bu bulgular, SRO gen ailesinin çevresel stres toleransına katkı sağlayabilecek genetik hedefler olarak değerlendirilmesine olanak sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
Plants' survival under abiotic stresses such as drought, salinity, and cold depends on complex regulatory networks involving differential expression of numerous genes. The SRO gene family plays significant roles in plant development and stress responses through interactions with transcription factors and regulatory proteins. In this study, the structural and functional characteristics of the SRO gene family in Arabidopsis thaliana, as well as their expression profiles under environmental stress conditions, were comprehensively analyzed. Analyses performed using genomic databases identified eight SRO genes, and their genomic organization, conserved protein domains, and phylogenetic relationships were elucidated. Notably, the presence of conserved domains such as PARP-like and RST suggests that these proteins may serve central roles in protein interaction networks. Expression analyses based on transcriptomic data revealed that these genes exhibit distinct expression profiles across various developmental stages and under diverse environmental stress conditions, including drought, salinity, temperature fluctuations, oxidative stress, hormone treatments, and nutrient deficiencies. Promoter analyses revealed the presence of numerous cis-regulatory elements associated with stress and hormone responses. Protein interaction network modeling and functional enrichment analyses indicated that SRO proteins have the potential to interact with several key transcription factors, particularly those from the AP2/ERF, NAC, and bZIP families, suggesting that SROs may act as regulatory hubs in plant stress responses. These findings provide valuable insights into the potential of the SRO gene family as genetic targets for improving environmental stress tolerance in plants.
Benzer Tezler
- Salatalık ve kabak genomlarında ekspansin genlerinin belirlenmesi ve abiyotik stres koşulları altında gen ifade profillerinin değerlendirilmesi
Determination of expansin genes in cucumber and zucchini genomes and evaluation of gene expression profiles under abiotic stress conditions
BÜŞRA ARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiKastamonu ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YASEMİN ÇELİK ALTUNOĞLU
- Absisik asitin kadmiyum toksisitesine maruz bırakılan Arabidopsis thaliana sos5 mutantı üzerindeki etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of abcisic acid on Arabidopsis thaliana sos5 mutant exposed to cadmium toxicity
AYLİN KARAKURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiGümüşhane ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUBA ACET
- Evaluation of salt tolerance in STO transformed Arabidopsis thaliana and Nicotiana tabacum plants
STO geni aktarılmış Arabidopsis thaliana ve Nicotiana tabacum bitkilerinde tuz toleransının değerlendirilmesi
FEYZA SELÇUK
Doktora
İngilizce
2004
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
PROF.DR. MERAL YÜCEL
- Regulation of strigolactone biosynthetic genes in arabidopsis thaliana under phosphate starvation
Fosfat açliği altinda arabidopsis thaliana'da strigolakton biyosentez genlerinin regülasyonu
HASAN KEMAL KARABUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL MELİH TAŞKIN
- Analyses of promoters in Arabidopsis thaliana of 3 beta HSD and 5 beta POR genes isolated from digitalis species
Digitalis türlerinden izole edilecek 3 beta HSD ve 5 beta POR genlerine ait promotorların Arabidopsis thaliana'da analizi
NOREEN ASLAM
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyoteknolojiBolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EKREM GÜREL