Kras G12D mutasyonunun inhibisyonuna yönelik bitkisel biyoaktif moleküllerin ın-silico analizleri
In-silico analyses of plant-derived bioactive molecules targeting kras G12D mutation
- Tez No: 947613
- Danışmanlar: DOÇ. DR. VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoteknoloji, Biochemistry, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
KRAS G12D mutasyonu, özellikle pankreas kanseri başta olmak üzere çeşitli kanser türlerinde hücre proliferasyonu ve tümör gelişimini tetikleyen önemli bir onkogen mutasyonudur. Mutasyona uğramış KRAS proteininin inhibisyonu, kanser tedavisinde kritik bir hedef olarak değerlendirilmektedir. Günümüzde MRTX1133 gibi inhibitörler bulunsa da, mevcut tedavilerin etkinlik ve güvenlik sınırlamaları, yeni moleküllerin keşfini gerekli kılmaktadır. Bu tez çalışmasında, bitkisel kaynaklı biyoaktif moleküllerin KRAS G12D inhibisyon potansiyeli, kapsamlı bir in-silico analizle değerlendirilmiştir. Literatür ve Dr. Duke veritabanı taramaları sonucu elde edilen ~1000 molekül, Lipinski kuralları ve farmakokinetik özelliklerine göre filtrelenmiş, 424 aday seçilmiştir. Bu moleküllerin 2D/3D görselleştirmeleri hazırlanmış, geometri optimizasyonu ve QSAR hesaplamaları Spartan yazılımıyla gerçekleştirilmiştir. Seçilen moleküller, AutoDock Vina ile KRAS G12D proteini üzerinde moleküler kenetlenme analizine tabi tutulmuş; bağlanma enerjileri kaydedilmiş ve BIOVIA Discovery Studio aracılığıyla etkileşim haritaları oluşturulmuştur. Referans olarak kullanılan MRTX1133 ile karşılaştırmalı değerlendirmeler yapılmıştır. Sonuçlar, bazı bitkisel moleküllerin hem yüksek bağlanma afinitesi hem de uygun fizikokimyasal özellikleriyle, potansiyel KRAS G12D inhibitörleri olabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
The KRAS G12D mutation is a significant oncogenic alteration that triggers cell proliferation and tumor development, particularly in pancreatic cancer and various other cancer types. Inhibition of the mutated KRAS protein is considered a critical target in cancer therapy. Although inhibitors such as MRTX1133 have shown promise, the limitations of current treatments in terms of efficacy and safety highlight the need for the discovery of new candidate molecules. In this thesis, the inhibitory potential of plant-derived bioactive compounds against the KRAS G12D mutation was evaluated through a comprehensive in-silico analysis. Approximately 1000 molecules identified through literature review and the Dr. Duke phytochemical database were filtered based on Lipinski's rules and pharmacokinetic properties, resulting in 424 candidate compounds. These molecules were structurally visualized in 2D and 3D, and subjected to geometry optimization and QSAR calculations using Spartan software. The selected compounds were analyzed through molecular docking studies with the KRAS G12D protein using AutoDock Vina. Binding energies were recorded, and interaction maps were generated with BIOVIA Discovery Studio. The results were comparatively evaluated with the known reference inhibitor MRTX1133. The findings indicated that certain plant-derived molecules exhibit high binding affinity and favorable physicochemical properties, suggesting their potential as KRAS G12D inhibitors.
Benzer Tezler
- RAS proteinlerini hedefleyen ilaçların gelişimindeki güncel durumun incelenmesi ve sanal tarama ile yeni inhibitör adaylarının belirlenmesi
Investigation of the current status of drugs targeting RAS proteins and identification of new inhibitor candidates by virtual screening
BİLGEN SAYIM GÜLERLER
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Biyomühendislikİstanbul Medeniyet ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SALİHA ECE ACUNER ZORLUUYSAL
- A comprehensive study of K-Ras protein and its oncogenic mutations: A dynamic point of view
K-Ras proteini ve onkojenik mutasyonları üzerine kapsamlı bir çalışma: Dinamik bir bakış açısı
SEZEN VATANSEVER
Doktora
İngilizce
2017
BiyofizikKoç ÜniversitesiBiyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURAK ERMAN
- Kolon adenokarsinomlarında KRAS mutasyon durumunun klinik veriler ile karşılaştırılması
Comparison of KRAS mutation status with clinical parameters in colon adenocarcinoma
BARIŞ BOYLU
- Ege bölgesi rektosigmoid kanserlerinde dominant K-RAS mutasyon tiplerinin belirlenmesi, ilgili mutasyonların protein fonksiyonu ve yanıtlarına etkisi
Determination of dominat K-RAS mutation type and the effect of determined mutations on protein function and response in Aegean region rectosigmoid cancers
YUSUF KAĞAN DAĞDEVİREN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
OnkolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YASEMİN BASKIN
- Östrojen ve progesteron reseptörü negatif meme kanserlerinde kras, braf ve pık3ca mutasyonlarının değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
ASLI NALDEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
PatolojiDüzce ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİNNUR ÖNAL
DR. ÖĞR. ÜYESİ SİNEM KANTARCIOĞLU COŞKUN