Kras G12D mutasyonunun inhibisyonuna yönelik bitkisel biyoaktif moleküllerin ın-silico analizleri
In-silico analyses of plant-derived bioactive molecules targeting kras G12D mutation
- Tez No: 947613
- Danışmanlar: DOÇ. DR. VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoteknoloji, Biochemistry, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
KRAS G12D mutasyonu, özellikle pankreas kanseri başta olmak üzere çeşitli kanser türlerinde hücre proliferasyonu ve tümör gelişimini tetikleyen önemli bir onkogen mutasyonudur. Mutasyona uğramış KRAS proteininin inhibisyonu, kanser tedavisinde kritik bir hedef olarak değerlendirilmektedir. Günümüzde MRTX1133 gibi inhibitörler bulunsa da, mevcut tedavilerin etkinlik ve güvenlik sınırlamaları, yeni moleküllerin keşfini gerekli kılmaktadır. Bu tez çalışmasında, bitkisel kaynaklı biyoaktif moleküllerin KRAS G12D inhibisyon potansiyeli, kapsamlı bir in-silico analizle değerlendirilmiştir. Literatür ve Dr. Duke veritabanı taramaları sonucu elde edilen ~1000 molekül, Lipinski kuralları ve farmakokinetik özelliklerine göre filtrelenmiş, 424 aday seçilmiştir. Bu moleküllerin 2D/3D görselleştirmeleri hazırlanmış, geometri optimizasyonu ve QSAR hesaplamaları Spartan yazılımıyla gerçekleştirilmiştir. Seçilen moleküller, AutoDock Vina ile KRAS G12D proteini üzerinde moleküler kenetlenme analizine tabi tutulmuş; bağlanma enerjileri kaydedilmiş ve BIOVIA Discovery Studio aracılığıyla etkileşim haritaları oluşturulmuştur. Referans olarak kullanılan MRTX1133 ile karşılaştırmalı değerlendirmeler yapılmıştır. Sonuçlar, bazı bitkisel moleküllerin hem yüksek bağlanma afinitesi hem de uygun fizikokimyasal özellikleriyle, potansiyel KRAS G12D inhibitörleri olabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
The KRAS G12D mutation is a significant oncogenic alteration that triggers cell proliferation and tumor development, particularly in pancreatic cancer and various other cancer types. Inhibition of the mutated KRAS protein is considered a critical target in cancer therapy. Although inhibitors such as MRTX1133 have shown promise, the limitations of current treatments in terms of efficacy and safety highlight the need for the discovery of new candidate molecules. In this thesis, the inhibitory potential of plant-derived bioactive compounds against the KRAS G12D mutation was evaluated through a comprehensive in-silico analysis. Approximately 1000 molecules identified through literature review and the Dr. Duke phytochemical database were filtered based on Lipinski's rules and pharmacokinetic properties, resulting in 424 candidate compounds. These molecules were structurally visualized in 2D and 3D, and subjected to geometry optimization and QSAR calculations using Spartan software. The selected compounds were analyzed through molecular docking studies with the KRAS G12D protein using AutoDock Vina. Binding energies were recorded, and interaction maps were generated with BIOVIA Discovery Studio. The results were comparatively evaluated with the known reference inhibitor MRTX1133. The findings indicated that certain plant-derived molecules exhibit high binding affinity and favorable physicochemical properties, suggesting their potential as KRAS G12D inhibitors.
Benzer Tezler
- Target-based inhibitor discovery: Computational strategies and analog inhibitors against KRAS mutants
Hedefe yönelik inhibitör keşfi: Mutant KRAS'lara yönelik hesaplamalı stratejiler ve analog inhibitörler
ECEM TURHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
Biyomühendislikİstanbul Medeniyet ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SALİHA ECE ACUNER ZORLUUYSAL
- Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Mordoğan bahçe bitkileri işletmesi topraklarının makro ve mikro element statüsü üzerinde araştırmalar
Macro and micro nutrient status of horticultural center's soils of agricultural facultry
AHMET ÇAM
- İçme suyu filtrelerinin geri yıkanmasında en uygun gözeneklilik tayini
Optimum porosity of granular water filters during backwashing
MUSTAFA TURAN
- Silindirik geometrideki bir ısıtıcıya dik akış halinde kritik ısı akısının incelenmesi
Başlık çevirisi yok
SALİM ÖZÇELEBİ
