Kızılırmak'ta plesiomonas shigelloides varlığının ve izolatların antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi
Presence of plesiomonas shigelloides in kizilirmak river and determination of antibiotic resistance profiles of isolates
- Tez No: 947789
- Danışmanlar: DOÇ. DR. GİZEM ÇUFAOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kırıkkale Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Veterinerlik Gıda Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 40
Özet
Su kaynaklı hastalıklar, gelişmekte olan ülkelerde başta olmak üzere dünya nüfusunun yarısından fazlasını etkileyen ciddi bir halk sağlığı problemidir. Zoonotik potansiyele sahip ve çevresel kaynaklarda yaygın olarak bulunan bir bakteri türü olan Plesiomonas shigelloides, başlıca kontamine su ve gıda yoluyla insanlara bulaşarak gastroenterit başta olmak üzere ciddi ekstraintestinal enfeksiyonlara neden olabilmektedir. Diğer antibiyotik dirençli patojenlerde olduğu gibi antibiyotiklere karşı gelişen direnç, su kaynaklı bakteriyel ajanlara yönelik tedavi yaklaşımlarını da güçleştirmekte ve toplum sağlığı üzerinde artan bir tehdit oluşturmaktadır. Türkiye'de sularda varlığı genellikle göz ardı edilen P. shigelloides, zoonotik potansiyeli ve antibiyotik direnç geliştirme kapasitesi nedeniyle çevresel izleme çalışmalarında dikkate alınması gereken bir ajan olarak değerlendirilmektedir. Türkiye'nin üçüncü en uzun akarsuyu olan Kızılırmak Nehri'nin mikrobiyal kontaminasyonu nehrin etkilediği geniş coğrafi alanları risk altına sokabileceğinden, bu su kaynağında P. shigelloides varlığının ve antibiyotik direnç özelliklerinin araştırılması, halk sağlığı açısından öneme sahiptir. Bu tez çalışmasında, Ankara-Kalecik ilçe sınırları içerisinde Kızılırmak boyunca yer alan farklı noktalardan alınan su numunelerinde Plesiomonas shigelloides'in varlığının araştırılması, izole edilen suşların moleküler identifikasyonunu, fenotipik antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi ve ERIC-PCR yöntemiyle filogenetik ilişkilerin ortaya konması amaçlanmıştır. Bu kapsamda, tarım ve hayvancılık faaliyetlerinin yoğun olarak yürütüldüğü, ırmak kıyısında yer alan yedi farklı köyün belirli bölgelerinden, Haziran-Ekim 2023 tarihleri arasında aylık periyotlarla toplam 78 adet su örneği toplanmıştır. Alınan su örnekleri zengileştirme işleminden sonra İnositol Green Bile Agar (IBGA) ve Hectoen Agar (HA) besi yerlerine ekim yapılmıştır. Şüpheli koloniler izole edilerek MALDI-TOF MS ve PCR ile doğrulanmıştır. İzolatların genetik çeşitliliği ERIC-PCR yöntemi ile incelenmiş ve filogenetik ağaç oluşturulmuştur. Antibiyotik duyarlılıkları ise EUCAST kılavuzlarına göre 13 farklı antibiyotik kullanılarak disk difüzyon yöntemiyle belirlenmiştir. Toplanan 78 su örneğinden 186 şüpheli izolat elde edilmiş ve bunların 60 tanesinin (%32,3) MALDI-TOF MS ve PCR analizleri sonucunda P. shigelloides olarak doğrulanmıştır. ERIC-PCR analizi sonucunda izolatların genetik benzerlik düzeyinin >%85 olduğu ve 3 ana grup (A, B, C) ile 14 alt grup ve 14 singleton oluşturduğu belirlenmiştir. Bazı izolatların farklı köylerden alınmasına rağmen klonal olarak benzer olduğu tespit edilmiştir. Antibiyotik duyarlılık testlerinde, izolatların %86,6'sının (52/60) test edilen tüm antibiyotiklere duyarlı olduğu bulundu. Sadece 6 izolatta çeşitli antibiyotiklere karşı direnç veya artan maruziyete duyarlılık saptanmıştır. Bir izolat (Pl. Gök 10-3) ise amoksisilin-klavulonik asit, trimetoprim-sülfametaksazol, imipenem ve meropenem antibiyotiklerine direnç göstererek çoklu antibiyotik dirençli (MDR) olarak sınıflandırılmıştır. Çalışma sonucunda, Ankara Kalecik bölgesindeki Kızılırmak sularında P. shigelloides varlığı tespit edilmiştir. İzolatlar arasında yüksek genetik benzerlik ve klonal yayılım gözlenmiş, bu da bakterinin su sistemi içinde yayılabildiğini göstermiştir. İzolatların büyük çoğunluğu test edilen antibiyotiklere duyarlı olmakla birlikte, az sayıda izolatta direnç ve bir izolatta çoklu antibiyotik direnci saptanması, bölgede düşük düzeyde de olsa antibiyotik direnci potansiyelinin bulunduğuna işaret etmektedir. Özellikle karbapenemlere karşı direnç tespit edilmesi, halk sağlığı açısından dikkat çekicidir. Bu bulgular, su kaynaklarının düzenli mikrobiyolojik ve antibiyotik direnci açısından izlenmesinin önemini vurgulamaktadır.
Özet (Çeviri)
Waterborne diseases represent a serious public health issue affecting more than half of the global population, particularly in developing countries. Plesiomonas shigelloides, a bacterial species with zoonotic potential and widespread presence in environmental sources, can infect humans primarily through contaminated water and food, leading to gastroenteritis and various severe extraintestinal infections. As with other antibiotic-resistant pathogens, the development of resistance in P. shigelloides complicates treatment strategies for waterborne bacterial agents and poses an increasing threat to public health. In Türkiye, the presence of P. shigelloides in aquatic environments is often overlooked, despite its potential for zoonotic transmission and resistance development. Therefore, this organism should be included in environmental surveillance programs. The potential microbial contamination of the Kızılırmak River, Türkiye's third longest river, poses a risk not only to local communities but also to a broad geographic area influenced by its flow. Accordingly, investigating the presence and characteristics of P. shigelloides in this water body holds significant public health importance. This thesis aimed to investigate the presence of Plesiomonas shigelloides in water samples collected from various locations along the Kızılırmak River within the administrative boundaries of Kalecik district (Ankara, Türkiye); to perform molecular identification of isolated strains; to determine their phenotypic antibiotic resistance profiles; and to examine phylogenetic relationships using the ERIC-PCR method. In this context, a total of 78 water samples were collected at monthly intervals between June and October 2023 from specific sites in seven different villages located along the river, where agricultural and livestock activities are intensively practiced.. The water samples were enriched and then inoculated onto Inositol Green Bile Agar (IBGA) and Hectoen Agar (HA) media. Suspicious colonies were isolated and confirmed by MALDI-TOF MS and PCR. Genetic diversity of the isolates was assessed by ERIC-PCR, and a phylogenetic tree was constructed. Antibiotic susceptibility testing was performed using the disk diffusion method in accordance with EUCAST guidelines, employing 13 different antibiotics. From the 78 water samples, 186 presumptive isolates were obtained, 60 of which (32.3%) were confirmed as P. shigelloides by both MALDI-TOF MS and PCR. ERIC-PCR analysis revealed a genetic similarity level greater than 85% among the isolates, identifying three major groups (A, B, C), 14 subgroups, and 14 singleton profiles. Notably, clonally similar isolates were detected across different villages, indicating the potential for bacterial dissemination within the water system. Antibiotic susceptibility tests showed that 86.6% (52/60) of the isolates were susceptible to all tested antibiotics. Resistance or intermediate susceptibility was detected in only six isolates, and one isolate (Pl. Gök 10-3) was classified as multidrug-resistant (MDR) due to resistance to amoxicillin-clavulanic acid, trimethoprim-sulfamethoxazole, imipenem, and meropenem. As a result of this study, the presence of P. shigelloides in Kızılırmak River waters within the Kalecik region of Ankara was confirmed. High genetic similarity and clonal dissemination among isolates indicated that the bacterium can spread within the river system. Although most isolates were susceptible to antibiotics, the detection of resistance in a few isolates, including one MDR strain, suggests the presence of a low but notable potential for antibiotic resistance in the region. Particularly, the identification of resistance to carbapenems is a matter of concern for public health. These findings highlight the necessity for routine microbiological and antimicrobial resistance monitoring of surface water sources.
Benzer Tezler
- Kızılırmak'ta yaşayan bazı balık çeşitlerinde selenyum türlemesi
Selenium speciation in some fish species living in Kizilirmak
MERVE YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
KimyaÇankırı Karatekin ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. MELİKE BİLGİ
- Anyonik deterjan kirliliği olan sularda deterjan degrade eden bakterilerin değerlendirilmesi
Assessment of detergent degrading bacteria in waters polluted with anionic detergent
LALE GÖKSU
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyolojiKırıkkale ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYSUN ERGENE
DOÇ. DR. BÜLENT İÇGEN
- Kaynağından Sivas'a kadar Kızılırmak'ta sertlik ve tuzluluk yapan etkenler ve çözüm yolları
Başlık çevirisi yok
H. YILMAZ SÖNMEZ
- Kızılırmak ve yeşilırmak havza karakteristiklerinin belirlenmesi ve su kalitesinin değerlendirilmesi
Determination of kizilirmak and yeşilirmak basin characteristics and evaluation of water quality
BİLGE AYDIN ER
Doktora
Türkçe
2023
Çevre MühendisliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YÜKSEL ARDALI
PROF. DR. BAŞAK TAŞELİ
- Yukarı Kızılırmak havzasında yaşayan bazı balık türlerinin metazoan parazit faunası ve ekolojik faktörlere göre dağılımı
Metazoan parasite fauna of some fish species living in Upper Kizilirmak basin and distrubition according to ecological factors
MAHİR YILDIRIM