Arkeolojik bulgularda bakteriyel antik DNA araştırılması
Investigating ancient bacterial DNA in archaeological findings
- Tez No: 951357
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YUSUF ALBAYRAK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Arkeoloji, Mikrobiyoloji, Archeology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Ankara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi
- Enstitü: Sosyal Bilimler Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Arkeoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 78
Özet
Bu tezde, Şanlıurfa Soğmatar ve İzmir Myrina antik kentlerinden temin edilen kemik ve diş örneklerinde antik bakteriyel DNA izolasyonu gerçekleştirilmiş, metagenomik analizler ile antik mikrobiyal topluluk yapıları değerlendirilmiştir. Elde edilen kemik ve diş materyalleri her biri 10'ar örnekten oluşan ikisi kemik, ikisi diş olmak üzere toplam dört örnek havuzu oluşturuldu ve 1. Havuz Kemik - Myrina - 4504, 2. Havuz Kemik – Soğmatar 4505, 3. Havuz Diş -Soğmatar -4506, 4. Havuz Diş - Soğmatar -4507 olarak isimlerndirildi. Bu havuzlardan her birinden ikişer numune olacak şekilde toplam 8 farklı çalışma numunesi oluşturularak analizler için antik DNA izolasyonları yapıldı. Daha sonra yüksek verimli dizileme tabanlı metagenomik analiz uygulandı. Veriler, OTU düzeyinde sınıflandırıldı. 1. Havuz örneklerinden özellikle Actinomycetota, Pseudomonadota, Acidobacteriota, Chloroflexota,Methylomirabilota. 2. Havuz örneklerinden, Actinomycetota, Pseudomonadota, Acidobacteriota, Methylomirabilota, Patescibacteria, GAL15, Chloroflexota 3. Havuz örneklerinden Actinomycetota, Pseudomonadota, Acidobacteriota, Chloroflexota, Methylomirabilota, Patescibacteria, Planctomycetota, Gemmatimonadota. 4. Havuz örneklerinden Actinomycetota, Pseudomonadota, Acidobacteriota, Gemmatimonadota, Nitrospirota, Chloroflexota, Methylomirabilota olarak tanımlanan OTU'lar tespit edildi. Elde edilen bulgular, diş örneklerinde kemiklere kıyasla DNA korunumunun ve mikrobiyal çeşitliliğin daha iyi olduğunu, tespit edilen mikrobiyal profillerin ise hem antik ağız florasını hem de gömüldükleri çevrenin etkilerini yansıtabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
In this thesis, it was aimed to obtain ancient bacterial DNA from bone and tooth samples recovered from the excavations of the Şanlıurfa Soğmatar Ancient City and the İzmir Myrina Ancient City and to evaluate the results. The collected bone and tooth materials were grouped into four separate sample pools, each consisting of 10 samples: Pool 1 Bone - Myrina - 4504, Pool 2 Bone - Soğmatar - 4505, Pool 3 Tooth - Soğmatar - 4506, and Pool 4 Tooth - Soğmatar - 4507. From each pool, two samples were selected to form a total of eight working samples, and ancient DNA isolations were performed for analysis. Subsequently, high-throughput sequencing-based metagenomic analysis was applied, and the data were classified at the OTU level. In Pool 1 samples, OTUs identified included Actinomycetota, Pseudomonadota, Acidobacteriota, Chloroflexota, and Methylomirabilota. Pool 2 samples revealed the presence of Actinomycetota, Pseudomonadota, Acidobacteriota, Methylomirabilota, Patescibacteria, GAL15, and Chloroflexota. Pool 3 samples included Actinomycetota, Pseudomonadota, Acidobacteriota, Chloroflexota, Methylomirabilota, Patescibacteria, Planctomycetota, and Gemmatimonadota. Finally, Pool 4 samples were found to contain Actinomycetota, Pseudomonadota, Acidobacteriota, Gemmatimonadota, Nitrospirota, Chloroflexota, and Methylomirabilota. As a result, the presence of richer and more diverse microbial communities in the tooth samples suggested that teeth are more suitable than bones in terms of DNA preservation, and the observed microbial profiles may carry traces of both the ancient oral microbiota and the environment in which the individuals were buried.
Benzer Tezler
- Ay Hanum Hellenistik Dönem heykeltraşlık eserleri
The sculpture workes of ai Khanoum in the Hellenistic Period
HADI BAHARANGIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
ArkeolojiSelçuk ÜniversitesiArkeoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SUHAL SAĞLAN
- Çivi yazılı metinlerde renklerin kullanımı
Use of colors in cuneiform texts
ŞERİFE KOÇYİĞİT
Doktora
Türkçe
2025
Eski Çağ Dilleri ve KültürleriErciyes ÜniversitesiTarih Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN ALİ ŞAHİN
- MÖ 3. bin de orta Fırat havzasında ölü gömme uygulamaları ışığında kültür bölgeleri, toplum yapısı ve inanç analizi
Culture areas, social structure and belief analyses in the light of burial practices in the 3rd Millennium BC in the Middle Euphrates basin
ÖZLEM EKİNBAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
ArkeolojiKocaeli ÜniversitesiArkeoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE TUBA ÖKSE
- 3D scanner implementation for shiny surfaces using color invariants
Renk değişmezleri kullanarak parlak yüzeyler için üç boyutlu tarayıcı gerçeklenmesi
RIFAT BENVENİSTE
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiYeditepe ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CEM ÜNSALAN
- Heykel sanatında data sanat
Modelling with data art
MURAT TÜVÖR
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Güzel SanatlarAtatürk ÜniversitesiHeykel Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA BULAT