Arkeolojik bulgularda bakteriyel antik DNA araştırılması
Investigating ancient bacterial DNA in archaeological findings
- Tez No: 951357
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YUSUF ALBAYRAK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Arkeoloji, Mikrobiyoloji, Archeology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Ankara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi
- Enstitü: Sosyal Bilimler Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Arkeoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tezde, Şanlıurfa Soğmatar ve İzmir Myrina antik kentlerinden temin edilen kemik ve diş örneklerinde antik bakteriyel DNA izolasyonu gerçekleştirilmiş, metagenomik analizler ile antik mikrobiyal topluluk yapıları değerlendirilmiştir. Elde edilen kemik ve diş materyalleri her biri 10'ar örnekten oluşan ikisi kemik, ikisi diş olmak üzere toplam dört örnek havuzu oluşturuldu ve 1. Havuz Kemik - Myrina - 4504, 2. Havuz Kemik – Soğmatar 4505, 3. Havuz Diş -Soğmatar -4506, 4. Havuz Diş - Soğmatar -4507 olarak isimlerndirildi. Bu havuzlardan her birinden ikişer numune olacak şekilde toplam 8 farklı çalışma numunesi oluşturularak analizler için antik DNA izolasyonları yapıldı. Daha sonra yüksek verimli dizileme tabanlı metagenomik analiz uygulandı. Veriler, OTU düzeyinde sınıflandırıldı. 1. Havuz örneklerinden özellikle Actinomycetota, Pseudomonadota, Acidobacteriota, Chloroflexota,Methylomirabilota. 2. Havuz örneklerinden, Actinomycetota, Pseudomonadota, Acidobacteriota, Methylomirabilota, Patescibacteria, GAL15, Chloroflexota 3. Havuz örneklerinden Actinomycetota, Pseudomonadota, Acidobacteriota, Chloroflexota, Methylomirabilota, Patescibacteria, Planctomycetota, Gemmatimonadota. 4. Havuz örneklerinden Actinomycetota, Pseudomonadota, Acidobacteriota, Gemmatimonadota, Nitrospirota, Chloroflexota, Methylomirabilota olarak tanımlanan OTU'lar tespit edildi. Elde edilen bulgular, diş örneklerinde kemiklere kıyasla DNA korunumunun ve mikrobiyal çeşitliliğin daha iyi olduğunu, tespit edilen mikrobiyal profillerin ise hem antik ağız florasını hem de gömüldükleri çevrenin etkilerini yansıtabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
In this thesis, it was aimed to obtain ancient bacterial DNA from bone and tooth samples recovered from the excavations of the Şanlıurfa Soğmatar Ancient City and the İzmir Myrina Ancient City and to evaluate the results. The collected bone and tooth materials were grouped into four separate sample pools, each consisting of 10 samples: Pool 1 Bone - Myrina - 4504, Pool 2 Bone - Soğmatar - 4505, Pool 3 Tooth - Soğmatar - 4506, and Pool 4 Tooth - Soğmatar - 4507. From each pool, two samples were selected to form a total of eight working samples, and ancient DNA isolations were performed for analysis. Subsequently, high-throughput sequencing-based metagenomic analysis was applied, and the data were classified at the OTU level. In Pool 1 samples, OTUs identified included Actinomycetota, Pseudomonadota, Acidobacteriota, Chloroflexota, and Methylomirabilota. Pool 2 samples revealed the presence of Actinomycetota, Pseudomonadota, Acidobacteriota, Methylomirabilota, Patescibacteria, GAL15, and Chloroflexota. Pool 3 samples included Actinomycetota, Pseudomonadota, Acidobacteriota, Chloroflexota, Methylomirabilota, Patescibacteria, Planctomycetota, and Gemmatimonadota. Finally, Pool 4 samples were found to contain Actinomycetota, Pseudomonadota, Acidobacteriota, Gemmatimonadota, Nitrospirota, Chloroflexota, and Methylomirabilota. As a result, the presence of richer and more diverse microbial communities in the tooth samples suggested that teeth are more suitable than bones in terms of DNA preservation, and the observed microbial profiles may carry traces of both the ancient oral microbiota and the environment in which the individuals were buried.
Benzer Tezler
- بررسی پالئوپاتولوژی مالاریای باستان و دیگر عوامل عفونی – انگلها و استخراج و آنالیز DNA در اسکلتهای حفاری شده به منظور تأیید وقوع این عوامل در سایت باستانی شهر سوخته قبل از میلاد (۱۸۰۰–۳۲۰۰)
MÖ 3200–1800 dönemine ait Şahr-e Sukhteh arkeolojik alanında kazılan iskeletlerde antik sıtma, enfeksiyon etkenleri ve parazitlerin paleopatolojik olarak incelenmesi; bu etkenlerin varlığını doğrulamak amacıyla DNA ekstraksiyonu ve analizinin yapılması.
NEGAR BIZHANI CAN
Doktora
Farsça
2023
ArkeolojiTehran Unıversıty Of Medıcal ScıencesParazitoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GHOLAMREZA MOWLAVİ
- Ay Hanum Hellenistik Dönem heykeltraşlık eserleri
The sculpture workes of ai Khanoum in the Hellenistic Period
HADI BAHARANGIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
ArkeolojiSelçuk ÜniversitesiArkeoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SUHAL SAĞLAN
- Ankara Çaldağı step florasında bulunan bazı familyalara ait bitkilerin polen morfolojilerinin araştırılması
The investigation of some families of the plant's pollen moiphologies which are on Çaldağı step flora of Ankara
HADİ ÇAKIR
- Homonoia (anlaşma) sikkeleri
Başlık çevirisi yok
ÖZDEMİR KORKMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
Arkeolojiİstanbul ÜniversitesiEskiçağ Tarihi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEZEHAT BAYDUR
- Manisa Arkeoloji Müzesi'ndeki erken fikellura türü buluntu grubu özellikleri
Başlık çevirisi yok
HANDE KÖKTEN