Genom sekanslama yöntemi ile Türkiye denizlerinde dağılım gösteren istavrit türlerine özgü (Trachurus mediterraneus, Trachurus trachurus, Trachurus picturatus, Perciformes: Carangidae) SNP marker geliştirilmesi
Development of SNP markers with genome sequencing method for trachurus species (Trachurus mediterraneus, Trachurus trachurus, Trachurus picturatus, Perciformes: Carangidae) distributed in Turkish seas
- Tez No: 951458
- Danışmanlar: PROF. DR. SERKAN GÜL, PROF. DR. YUSUF BEKTAŞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Biyoloji, Genetics, Biology
- Anahtar Kelimeler: Polimeraz zincirleme reaksiyonu, Polymerase chain reaction
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Türkiye denizlerinde dağılım gösteren Trachurus türlerinin (Trachurus mediterraneus, Trachurus trachurus ve Trachurus picturatus) morfolojik olarak birbirinden ayırt edilmesindeki güçlük, türlerin karıştırılmasına ve hatalı tür adlarının kullanılmasına neden olmuştur. Bu durum tür tanımının yetersiz yapılmasından ve denizlerimizdeki bu türlerin karışık stok oluşturduklarına ilişkin yeterli bilimsel verinin olmayışından kaynaklanmaktadır. Tür düzeyindeki bu belirsizlik, balık stoklarının yanlış yönetim stratejileriyle ele alınmasına yol açmakta ve türlerin uzun vadeli sürdürülebilirliğini tehdit etmektedir. Bu bağlamda, söz konusu Trachurus türlerinin doğru şekilde tanımlanmasını sağlayacak, türe özgü SNP'lerin belirlenmesi ve bu SNP'lere yönelik moleküler markır geliştirilmesi büyük önem taşımaktadır. Çalışmamızda Trachurus türlerinin ayrımı için üç türün tüm genom dizi verisi alınmış ve specifik SNP lokuslar içeren gen bölgelerine göre tür içi primerler ve türler arası primer ve problar tasarlanmıştır. Tasarlanan primer-problarla tür ayrımı başarılı bir şekilde sağlanmıştır. Bu çalışmada, evrensel problara dayalı ve ara primer tetiklemeli qPCR (UPIP-qPCR) yaklaşımı kullanılarak geliştirilen primer-prob tasarımları, stok değerlendirme çalışmalarında üç istavrit türünün karışık halde bulunduğu bölgelerin ve stokların karışım oranlarının tespitinde kullanılabilecek yeni bir analitik yöntem olarak potansiyel taşımaktadır. Sonuç olarak, balık türlerinin güvenilir şekilde tanımlanması ve potansiyel hibridizasyon durumlarının saptanmasına yönelik genetik markır geliştirilmesi, ülkemizde sürdürülebilir balıkçılık yönetimi kapsamında oluşturulmuş yasal düzenlemeler için giderek daha fazla önem arz etmektedir. Bu çalışma, yalnızca Trachurus türleri için değil, benzer sorunların yaşandığı diğer türler için de referans niteliğinde olacaktır.
Özet (Çeviri)
The difficulty in morphologically distinguishing between Trachurus species (Trachurus mediterraneus, Trachurus trachurus, and Trachurus picturatus) found in Turkish seas has led to confusion between species and the use of incorrect species names. This situation stems from the inadequate definition of species and the lack of sufficient scientific data on the mixed stocks of these species in our seas. In this context, it is of great importance to identify species-specific SNPs and develop molecular markers for these SNPs, which will enable the correct identification of the Trachurus species in question. In our study, whole genome sequence data of three species were taken for the differentiation of Trachurus species and intraspecific primers and interspecific primers and probes were designed according to gene regions containing specific SNP loci. Species discrimination was successfully achieved with the designed primers and probes. The primer-probe designs developed in this study, based on universal probes and using the intermediate primer triggered qPCR (UPIP-qPCR) approach, have potential as a new analytical method that can be used in stock assessment studies to determine the regions where three mackerel species are mixed and the mixing ratios of the stocks. In conclusion, the development of genetic markers for the reliable identification of fish species and the detection of potential hybridization states is increasingly important for legal regulations established within the scope of sustainable fisheries management in our country. This study will serve as a reference not only for Trachurus species but also for other species with similar problems.
Benzer Tezler
- Kars yöresine ait kavılca buğdayının (triticum dicoccum schrank) yeni nesil sekanslama (NGS) yöntemi ile mitokondriyal DNA sekansının analizi
Analysis of the mitochondrial DNA sequence of kars kavilca wheat (triticum dicoccum schrank) using next-generation sequencing (NGS) method
MUHSİN MUHAMMET KARAÇAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyolojiKafkas ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DOĞAN İLHAN
DOÇ. DR. KAAN HÜRKAN
- Amyotrophic lateral sclerosis in Turkey: Studies on familial and Sporadic ALS using high-throughput genomic technologies
Türkiye?de amiyotrofik lateral skleroz: Ailesel ve Sporadik ALS?de yüksek-ölçekli genomik yöntemlerin uygulanması
ASLIHAN ÖZOĞUZ
Doktora
İngilizce
2010
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. NAZLI BAŞAK
- Trakya bölgesinden toplanmış Tuber excavatum örneklerinin konaklık ettiği RNA mikovirüslerinin tanımlanması ve moleküler olarak nitelendirilmesi
Identification and molecular characterization of RNA mycoviruses hosted by Tuber excavatum samples collected from Trakya region
ELİFNAZ BORA
- Batı Akdeniz Bölgesi'nde bulunan Tetranychidae türlerinin morfolojik ve moleküler tanılanması, Tetranychus urticae Koch, 1836 popülasyonları arasındaki genetik farklılıklarile endosimbiyontların belirlenmesi
Morphological and molecular identification of Tetranychidae species found in the West Mediterranean Region and determination of genetic differences between the populations of Tetranychus urticae Koch 1836 and endosymbionts
HİLAL ŞULE TOSUN
- Karaman, Konya ve Mersin illeri Thripidae (thysanoptera) türlerinin morfolojik ve moleküler karakterizasyonu
Morphological and molecular characterization of Thripidae (thysanoptera) species in Karaman, Konya and Mersin
İNCİ ŞAHİN
Doktora
Türkçe
2019
ZiraatSelçuk ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. LEVENT ÜNLÜ
DR. ÖĞR. ÜYESİ CENGİZ İKTEN