Klinik örneklerden nadir olarak izole edilen ve tanımlanması zor mikroorganizmaların identifikasyonunda kütle spektrometrisi ile dizi analizi yönteminin uyumunun araştırılması
Investigation of compatibility of mass spectrometry and sequence analysis methods in identification of rarely isolated and difficult to identify microorganisms from clinical samples
- Tez No: 957745
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖZLEM AYDEMİR
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sakarya Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 92
Özet
GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada klinik örneklerden nadir olarak izole edilen, tanımlanması zor mikroorganizmaların identifikasyonunda kütle spektrometrisinin (KS) analitik ve pratik performansının değerlendirilmesi ve 16S rRNA dizi analizi yöntemi ile uyumunun araştırılması amaçlanmıştır. YÖNTEM: Çalışmaya klinik numunelerden izole edilen, nadir karşılaşılan, alışılmadık morfolojik/biyokimyasal özelliklere sahip, KS tarafından tanımlanmış 116 bakteriyel suş ile tanımlanamayan 10 suş olmak üzere 126 suş dahil edildi. Dondurularak (-80°C) saklanan suşlardan nükleik asit izolasyonu, 16S rRNA PCR, Sanger dizileme yapıldı. Dizileme ve BLAST analizi ile elde edilen benzerlik yüzdelerine göre 3 farklı tanımlama kriteri (TK) oluşturuldu ve KS sonuçları bu kriterlere göre karşılaştırıldı. BULGULAR: Kriterlere göre cins/tür düzeyinde uyumlu/uyumsuz suş oranları değişiklik gösterdi. Tür düzeyinde tanımlama için ≥%99, cins düzeyinde tanımlamada ≥%97 benzerlik oranı sınır değer kabul edildiğinde (TK 1); cins düzeyinde %73.8, tür düzeyinde %32.5 oranında uyum saptandı. Tür tanımlamada ≥%97, cins tanımlamada ≥%95 benzerlik oranı sınır değer kabul edildiğinde (TK 2); cins düzeyinde %77.7 tür düzeyinde %59.5 uyum saptandı. Tanımlama için herhangi bir sınır değer belirlenmediğinde (TK 3); cins düzeyinde %80.1, tür düzeyinde %65.1 uyum saptandı. Her üç kriterde de cins düzeyinde yanlış tanımlama oranı %10.3 idi. SONUÇ: Çalışmamızda üç farklı kriter oluşturularak sonuçlar değerlendirilmiş olup, bu yönüyle literatürde ilk çalışma olma özelliği taşımaktadır. KS ile dizileme uyum oranları TK1'de düşük olduğu; TK 2'de kısmen daha yüksek olduğu; TK 3'de ise en yüksek uyum oranlarının olduğu saptanmıştır. KS ve dizi analizi yöntemlerinin sağlıklı bir şekilde kıyaslanabilmesi için standart tanımlama kriterlerinin belirlenmesine ihtiyaç vardır. KS yöntemi ile birkaç dakika gibi çok kısa bir sürede bakterilerin tanımlanabilmesi büyük bir kolaylık sağlamaktadır. Dizileme yöntemlerinin pahalı ve zaman alıcı olması ile yoğun iş yükü gerektirmesi ve günlük rutin kullanıma girememesi gibi yönleri dikkate alındığında; sıklıkla izole edilen bakterilere ilaveten nadir saptanan, tanımlanması zor suşlarda da KS'nin kullanımı büyük yarar sağlamaktadır. Bu konuda daha kapsamlı araştırmalara ihtiyaç vardır.
Özet (Çeviri)
AIM: The aim of this study was to evaluate the analytical and practical performance of mass spectrometry (MS) in the identification of rarely isolated and difficult-to-identify microorganisms from clinical samples, and to investigate its concordance with 16S rRNA sequencing analysis. MATERIALS AND METHODS: The study included 126 bacterial strains from clinical samples, 116 identified by MS and 10 unidentified strains, with rare and unusual morphological/biochemical properties. Strains stored at -80°C underwent nucleic acid extraction and 16S rRNA Sanger sequencing. Based on the sequencing and BLAST analysis similarity percentages, three different identification criteria (IC) were established, and MS results were compared accordingly. RESULTS: The concordance rates of strains at genus and species levels varied according to the criteria. For species-level identification with ≥99% and genus-level with ≥97% similarity cut-off values were applied (IC1), concordance was 73.8% at genus level and 32.5% at species level. Using cut-off values of ≥97% for species and ≥95% for genus (IC2), concordance increased to 77.7% (genus) and 59.5% (species). Without any similarity cut-off values (IC3), concordance rates were 65.1% (species) and 80.1% (genus). Misidentification rate at genus level was 10.3% across all criteria. CONCLUSION: In our study, results were evaluated by creating three different criteria, and it's the first study in the literature in this respect. Sequencing concordance rates with MS were found to be low in IC1, moderately higher in IC2, and highest in IC3. To effectively compare MS and sequencing methods, it's necessary to determine standard definition criteria. The rapid bacterial identification capability of MS method provides great convenience. Given the drawbacks of sequencing—such as high cost, time consumption, intensive workload, and limited feasibility for routine use—MS provides substantial advantages not only for frequently isolated bacteria but also for rarely detected and difficult-to-identify strains. More comprehensive research is needed on this subject
Benzer Tezler
- Klinik örneklerden izole edilen mucorales takımı mantarların tür dağılımı ve antifungal duyarlılıklarının retrospektif olarak belirlenmesi
Retrospective determination of species distribution and antifungal susceptibility of mucorales fungi isolated from clinical specimens
AYŞEN İKKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
MikrobiyolojiBursa Uludağ ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEYZA ENER
- Farklı klinik örneklerden izole edilen Candida parapsilosis kompleks türlerinin genotipik olarak tanımlanması
Genotypic identification of the Candida parapsilosis complex species isolated from different clinical samples
ÖZLEM KARATAŞ
- Klinik örneklerden izole edilen candida, trichosporon, geotrichum ve rhodotorula kökenlerinin dna dizi analizi yöntemli ile tanımlanması
Identification of candida, trichosporon, geotrichum and rhodotorula strains that are isolated from the clinical samples by DNA sequencing analysis method
MERVE AYDIN
Doktora
Türkçe
2012
MikrobiyolojiGazi ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA KUŞTİMUR
- 2002-2011 yillari arasinda hastalardan i̇zole edi̇lmi̇ş nocardia türleri̇ni̇n biyoki̇myasal ve moleküler yöntemlerle tanimlanmasi
The identification of nocardia species isolated from patients between 2002-2011 by biochemical and molecular methods.
MAHMUT CELALETTİN UNER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE GÜLŞEN HASÇELİK
- Çoklu antibiyotik dirençli asinetobakter izolatlarında kolistin ile tigesiklin kombinasyonunda sinerji varlığı
Presence of synergistic effect of colistin and tigecycline on multidrug resistant acinetobacter isolates
İLKEM ACAR KAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıUfuk ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA TUNÇBİLEK