Systems biomedicine and network biology approaches to unveil prognostic biomarkers and candidate repositioned therapeutics for endometriosis
Endometriozis için sistem biyotıp ve ağ biyolojisi yaklaşımları ile prognostik biyobelirteçlerin ve yeniden konumlandırılmış terapötik adayların belirlenmesi
- Tez No: 960835
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ BÜŞRA AYDIN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Konya Gıda ve Tarım Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 114
Özet
Endometriozis, dünya genelinde yaygın olarak görülen ve kesin bir tıbbi tedavisi bulunmayan jinekolojik bir hastalıktır. Klinik olarak, dismenore, disparoni ve kronik pelvik ağrı gibi semptomlar genellikle hormonal tedaviler ve non-steroidal anti-inflamatuar ilaçlar (NSAID'ler) ile yönetilirken, tanı ve tedavide altın standart laparoskopidir. Hastalığın patogenezi tam olarak aydınlatılamamış olsa da retrograd menstruasyon gibi çeşitli teoriler öne sürülmüştür. Bu çalışma, endometriozisten etkilenen bireyler için sonuçları iyileştirmeye yönelik yeni bir terapötik yaklaşımı araştırmayı amaçlamaktadır. Altı farklı endometriyal dokuya ait transkriptom düzeyindeki gen ekspresyonu verileri Gene Expression Omnibus (GEO) veritabanından elde edilmiş ve farklı şekilde ifade edilen genlerin (DEG'ler) belirlenmesi amacıyla GEO2R aracı kullanılarak analiz edilmiştir. DEG'ler etrafında, transkripsiyon faktörleri (TF'ler), protein-protein etkileşimleri (PPI'lar), ve miRNA'ları içeren üç katmanlı bir biyolojik ağ Cytoscape programı kullanılarak oluşturulmuştur. İmza niteliğindeki hub genlerin ekspresyon seviyeleri, in silico ilaç yeniden konumlandırma analizleri için girdi olarak kullanılmıştır. Tarama yapılan 50 yeniden konumlandırılmış ilaç adayı arasından flutikazon propiyonat, pirimetamin ve manumisin A isimli üç ilaç potansiyel tedavi adayı olarak öne çıkmıştır. Bu ilaçlarla hub proteinler arasındaki etkileşimler moleküler kenetlenme analiziyle doğrulanmıştır. Ayrıca, imza hub genlerin prognostik değeri temel bileşen analizi (PCA) ve sağkalım analizi ile değerlendirilmiştir.
Özet (Çeviri)
Endometriosis is a prevalent gynecological disorder worldwide with no definitive medical cure. Clinically, symptoms such as dysmenorrhea, dyspareunia, and chronic pelvic pain are typically managed using hormonal therapies and non-steroidal anti-inflammatory drugs (NSAIDs), while laparoscopy remains the gold standard for diagnosis and treatment. Although its pathogenesis is not fully understood, several theories, including retrograde menstruation, have been proposed. This study aims to explore a novel therapeutic approach to improve outcomes for individuals affected by endometriosis. Transcriptome-level gene expression data from six endometrial tissue datasets were obtained from the Gene Expression Omnibus (GEO) and analyzed using the GEO2R tool to identify differentially expressed genes (DEGs). A three-layered biological network—comprising transcription factors (TFs), protein–protein interactions (PPIs), and microRNAs (miRNAs)—was constructed around the DEGs via Cytoscape. Expression levels of signature hub genes were used as input for in silico drug repositioning. Out of 50 screened candidate repositioned drugs, three drugs—fluticasone propionate, pyrimethamine, and manumycin A—showed potential as therapeutic candidates. Molecular docking analysis was employed to validate the interactions between hub proteins and these drug candidates. Furthermore, the prognostic value of the signature hub genes was assessed using principal component analysis (PCA) and survival analysis.
Benzer Tezler
- Systems biomedicine and pharmacology approaches for drug repositioning to uncover candidate anti-cancer drugs
Aday kanser karşıtı ilaçların bulunması için sistem biyotıp ve farmakolojisi yaklaşımı ile ilaç repozisyonu
BESTE TURANLI
Doktora
İngilizce
2018
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
- Systems biomedicine approaches in renal cell carcinomas to identify subtype-specific molecular signatures and potential therapeutics
Alt tipe özgü moleküler işaretçileri ve potansiyel terapötikleri tanımlamak için renal hücreli karsinomlarda sistem biyotıp yaklaşımları
AYŞEGÜL ÇALIŞKAN İŞCAN
Doktora
İngilizce
2022
BiyoistatistikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
- Reconstruction of tissue-specific protein-protein interaction sub-networks to improve prediction accuracy of bioinformatics tools
Biyoinformatik araçların tahmin doğruluğunu geliştirmek için dokuya özgü protein-protein etkileşim ağlarının oluşturulması
NİLÜFER ÇAKIR
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
- Yara örtücü ve benzeri uygulamalarda kullanılmak üzere biyopolimerik filmler geliştirilmesi
Biopolymers; as a wound dressing and similar applications, production and properties
NİL ERGE AKKAYA YILDIRIMLI
- Farklı çapraz bağlayıcılarla hazırlanmış poliakrilamit ve poli(2-hidroksietil metakrilat) hidrojellerinin sentezi ve karakterizasyonu
Synthesis and characterization of poly(acrylamide) and poly(2-hydroxyethyl methacrylate) hydrogels prepared with different crosslinkers
MEZİYET ÇETİK ERKOL
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
KimyaÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SEMA EKİCİ
