Cryphonectria parasitica mantarından yeni bir alkol oksidazın klonlanması ve heterolog ekspresyonu
Cloning and heterologous expression of a novel alcohol oxidase from the fungus cryphonectria parasitica
- Tez No: 961701
- Danışmanlar: DOÇ. DR. EMEL ORDU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Alkol oksidaz, Cryphonectria parasitica, Rekombinant ekspresyonu, Alcohol oxidase, Cryphonectria parasitica, Recombinant expression
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Alkol oksidazlar (AOX'ler), metanol oksidasyonu yoluyla formaldehit ve hidrojen peroksit üreten enzimler olup, biyoteknoloji, enerji, çevre ve sağlık gibi çeşitli endüstriyel alanlarda geniş bir uygulama yelpazesine sahip oksidoredüktaz grubundan enzimlerdir. Biyoyakıt üretiminde metanol bazlı süreçlerin optimizasyonunda, biyosensör teknolojilerinde alkol tespitinde, fermantasyon süreçlerinin izlenmesinde ve kâğıt endüstrisinde lignin bozunmasının kolaylaştırılmasında önemli roller üstlenmektedir. Ayrıca, atık su arıtımında toksik alkol bileşiklerinin biyodegradasyonunu sağlarken, farmasötik biyoteknolojik uygulamalarda da kritik bir bileşen olarak işlev görmektedir. AOX'lerin bitki-mantar etkileşimlerini kolaylaştırdığı, patojenik enfeksiyonlar sırasında yüksek düzeyde eksprese edildiği belirlenmiştir. Kestane ağaçlarında dal kanseri hastalığına neden olan C. parasitica yeni alkol oksidazların keşfi için uygun bir kaynaktır. Bu çalışmada C. parasitica mantarından izole edilen alkol oksidaz geninin heterolog ekspresyonu ile rekombinant alkol oksidaz enzimi elde edilmesi amaçlanmıştır. Gen spesifik primerler kullanılarak PCR aracılığıyla izole edilen 1782 baz çifti uzunluğundaki CpAOX geni pQE-2 vektörüne klonlanarak BL-21 CodonPlus, Rosetta (DE3) ve Origami (DE3) E. coli suşlarında uygun ekspresyon koşullarının araştırılması amacıyla değişik sıcaklıklarda eksprese edilmiştir. 23°C'de BL-21 CodonPlus suşu ile ekspresyon sonucunda en iyi protein üretimi miktarı elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Alcohol oxidases (AOXs) are enzymes belonging to the oxidoreductase group that produce formaldehyde and hydrogen peroxide through the oxidation of methanol. They possess a wide range of industrial applications in biotechnology, energy, environmental, and healthcare sectors. AOXs play significant roles in optimizing methanol-based processes for biofuel production, detecting alcohols in biosensor technologies, monitoring fermentation processes, and facilitating lignin degradation in the paper industry. Furthermore, they contribute to the biodegradation of toxic alcohol compounds in wastewater treatment and serve as critical components in pharmaceutical biotechnology applications. AOXs have also been shown to facilitate plant-fungal interactions and are highly expressed during pathogenic infections. Cryphonectria parasitica, the causative agent of chestnut blight, represents a promising source for the discovery of novel alcohol oxidases. In this study, the aim was to obtain a recombinant alcohol oxidase enzyme via heterologous expression of the alcohol oxidase gene isolated from C. parasitica. The 1782 bp-long CpAOX gene, isolated by PCR using gene-specific primers, was cloned into the pQE-2 vector and expressed in E. coli strains BL-21 CodonPlus, Rosetta (DE3), and Origami (DE3) under different temperature conditions to determine optimal expression. Protein concentrations were measured using the Bradford assay, and the most favorable expression was observed at 23°C in the BL-21 CodonPlus strain.
Benzer Tezler
- Kestane dal kanseri ile biyolojik mücadelede humik maddelerin patojenin hipovirulens oluşturmasına etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of humic substances on the formation of hypovirulence by the pathogen for biological control of chestnut branch cancer
BÜŞRA BALA
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
GenetikYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMEL ORDU
DR. GÜNSELİ KURT GÜR
- Cryphonectria parasitica'nın hipovirülent strainlerinin fenol ve kloroform kullanmaksızın dsRNA analizi ile belirlenmesi ve RT-PCR ile tanılanması
Determination of hypovirulence strains of Cryphonectria parasitica with dsRNA analysis by using non-phenol-chloform and their detection by RT-PCR
EDA MERSİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
ZiraatAdnan Menderes ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAP AÇIKGÖZ
- Kestane kanseri (Cryphonectria parasitica)'nin biyolojik mücadelesinde kullanılan hipovirülent izolatların uygulanmasında değişik yöntemlerin etkinliğinin araştırılması
Determination of the effectiveness of different methods used for the application of hypovirulent isolates for the biological control of chestnut canker (Cryphonectria parasitica)
DENİZ ÇAKAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
PatolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEÇİL AKILLI ŞİMŞEK
- Humik ve fulvik asitin Cryphonectria parasitica üzerinde hipovirülans oluşumuna etkisinin lakkaz enzimi kullanılarak araştırılması
Investigation of the effect of humic and fulvic acid on hypovirulence formation on Cryphonectria parasitica by using laccase enzyme
İREM ARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
ZiraatYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMİHA ERİŞEN
- Türkiye'nin farklı bölgelerinden elde edilen kestane kanseri etmeni Cryphonectria parasitica ve Cryphonectria hypovirus izolatlarının karakterizasyonu
Characterisation of Cryphonectria parasitica, the casual agent of chesnut blight, and Cryphonectria hypovirus isolates obtained from different regions of Turkey
DENİZ ÇAKAR
Doktora
Türkçe
2022
MikrobiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEÇİL AKILLI ŞİMŞEK