Klinik örneklerden izole edilen Stenotrophomonas maltophilia suşlarının antibiyotik direnç genlerinin, biyofilm oluşumunun ve klonal ilişkinin araştırılması
Investigation of antibiotic resistance genes, biofilm formation and clonal relationship of Stenotrophomonas maltophilia strains isolated from clinical specimens
- Tez No: 963911
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AHMET ÇALIŞKAN
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Stenotrophomonas maltophilia, TMP-SMX direnci, biyofilm, klonal ilişki, Stenotrophomonas maltophilia, TMP-SMX resistance, biofilm, clonal relationship
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Pamukkale Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Stenotrophomonas maltophilia gram negatif bakteriler arasında önemli patojenlerden biri olan zorunlu aerob, fermente olmayan bir bakteridir. Özellikle hastanede yatan, bağışıklık sistemi baskılanmış, kanser hastalarında ve kistik fibrozlu hastalarda giderek daha fazla bildirilen bir fırsatçı patojen olarak önümüze çıkmaktadır. Biyotik (epitelyal mukoza dokuları) ve abiyotik (tıbbi cihazlar) yüzeylere yapışma ve biyofilm geliştirme yeteneği, S. maltophilia'nın virülansında rol oynayan önemli bir özelliğidir. S. maltophilia'nın, antibiyotiklere ve kemoterapik ajanlara karşı geniş doğal direnci nedeniyle tedavisi zordur ve tedavide kullanılan trimetoprim/sülfametoksazol (TMP-SMX)'e de giderek artan direnç oranları bildirilmiştir. S. maltophilia'da yeni antimikrobiyal direnç mekanizmalarının ortaya çıkması, bu organizmanın izolatlarının antimikrobiyal duyarlılık testlerinin izlenmesini ve raporlanmasını gerektirir. Bu çalışmada Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarına klinik birimlerden gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen S. maltophilia izolatlarının antibiyotik duyarlılıklarının yapılması, biyofilm oluşumu, biyofilm oluşumunda görev alan rmlA, rpfF ve TMP/SMX direncinde rol oynayan sul1, sul2 genlerinin araştırılması ve izolatların moleküler epidemiyolojisinin incelenmesi amaçlanmıştır. İzolatlar Phoenix ID/MIC (Becton Dickinson, ABD) otomatize identifikasyon sistemi veya MALDİTOF-MS Biotyper sistemiyle tanımlanmıştır. Çalışmaya dahil edilen suşların 39'u (%39) balgam, 26'sı (%26) solunum yolu, 16'sı (%16) kan dolaşımı, 14'ü (%14) yara, 4'ü (%4) idrar, 1 tanesi (%1) ise BOS örneğinden izole edilmiştir. İzolatların 53'ü (%53) çeşitli yoğun bakım ünitelerinden, 40'ı (%40) dahili birimlerden, 7'si (%7) cerrahi birimlerden gönderilmiştir. İzolatların antibiyotiklere duyarlılığı Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle yapılmış olup zon çapı değerlendirmeleri CLSI (The Clinical & Laboratory Standards Institute) sınır değerlerine göre yorumlanmıştır. Antibiyotik duyarlılık test sonuçlarına göre 100 S. maltophilia izolatının %90'ı TMP/SMX'e duyarlı, %92'si levofloksasine duyarlı, %53'ü minosikline duyarlıdır. Tüm izolatlar içinde 95'i (%95) sul1 negatif olarak saptanırken 5'i (%5) sul1 pozitif olarak bulunmuştur. Ayrıca izolatların tamamı sul2 geni için negatifti. Biyofilm oluşumu mikrotitrasyon plak yöntemi kullanılarak değerlendirilmiştir. İzolatların tamamında biyofilm oluşumu gözlenmiştir. Test edilen 100 izolatın 40'ı (%40) güçlü düzeyde, 32'si (%32) orta düzeyde, 28'i (%28) zayıf düzeyde biyofilm yapmıştır. Biyofilm yapımında etkisi olan rmlA ve rpfF genleri araştırılmıştır. Tüm izolatların içinde 91'i (%91) rmla açısından pozitifken 9'u (%9) negatif olarak bulundu. rpfF genine bakıldığında ise 44 (%44) izolat pozitif iken 56 (%56) izolat negatif olarak saptanmıştır. PFGE sonuçlarına göre 23 farklı küme 95 farklı PFGE tipi saptanmıştır. En büyük küme 17 izolatın olduğu Q kümesi olarak saptanmıştır. Diğer kümeler ise sırasıyla S (14 izolat), G (9 izolat), T (7 izolat) H (6 izolat), A (5 izolat), D, I, P, V (4 izolat), K, N, R (3 izolat), B, C, E, F, J, L, M (2 izolat) içermektedir. Yalnızca 3 kümede (O, U, W) birer üye bulunmaktadır. Q kümesindeki 17 izolatın 10'u YBÜ, 6'sı dahili, 1 tanesi ise cerrahi birimlerden gelmiştir. Q kümesindeki izolatların 7 tanesini balgam, 7 tanesini TA (trakeal aspirat), 2'sini yara, 1'ni kan örnekleri oluşturmuştur. Sul1 pozitif olan izolatların hepsi farklı kümelere dağılmıştır. PFGE tiplerine göre kümeleşme oranı %8 saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
Stenotrophomonas maltophilia is an obligate aerobic, non-fermentative bacterium and one of the important Gram-negative pathogens. It has emerged as an increasingly reported opportunistic pathogen, particularly in hospitalized, immunocompromised patients, cancer patients, and individuals with cystic fibrosis. The ability to adhere to both biotic (epithelial mucosal tissues) and abiotic (medical device) surfaces and to form biofilms is a key virulence factor of S. maltophilia. Due to its broad intrinsic resistance to antibiotics and chemotherapeutic agents, it is difficult to treat, and increasing resistance rates to the commonly used treatment agent trimethoprim-sulfamethoxazole (TMP-SMX) have been reported. The emergence of new antimicrobial resistance mechanisms in S. maltophilia necessitates the monitoring and reporting of antimicrobial susceptibility testing of its isolates. In this study, it was aimed to determine the antibiotic susceptibilities, biofilm formation, the presence of biofilm-associated rmlA and rpfF genes, TMP/SMX resistance-related sul1 and sul2 genes, and to investigate the molecular epidemiology of S. maltophilia isolates obtained from various clinical specimens sent to the Medical Microbiology Laboratory of Pamukkale University Faculty of Medicine Research and Training Hospital. Isolates were identified using the Phoenix ID/MIC (Becton Dickinson, USA) automated identification system or the MALDI-TOF MS Biotyper system. Among the isolates included in the study, 39 (39%) were from sputum, 26 (26%) from respiratory tract samples, 16 (16%) from bloodstream infections, 14 (14%) from wound samples, 4 (4%) from urine, and 1 (1%) from cerebrospinal fluid (CSF). In terms of hospital departments, 53 (53%) of the isolates were from various intensive care units, 40 (40%) from internal medicine departments, and 7 (7%) from surgical units. Antibiotic susceptibility testing was performed using the Kirby-Bauer disk diffusion method, and zone diameters were interpreted according to the breakpoints of the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). According to the antibiotic susceptibility test results, 90% of the 100 S. maltophilia isolates were susceptible to TMP/SMX, 92% to levofloxacin, and 53% to minocycline. Among all isolates, 95 (95%) were negative for the sul1 gene, while 5 (5%) were positive. All isolates were negative for the sul2 gene. Biofilm formation was evaluated using the microtiter plate method. Biofilm formation was observed in all isolates: 40 (40%) showed strong biofilm formation, 32 (32%) moderate, and 28 (28%) weak. The biofilm-related rmlA and rpfF genes were also investigated. Of all isolates, 91 (91%) were positive for rmlA, while 9 (9%) were negative. Regarding the rpfF gene, 44 (44%) isolates were positive, and 56 (56%) were negative. According to PFGE results, 23 different clusters and 95 distinct PFGE types were identified. The largest cluster was cluster Q, consisting of 17 isolates. Other clusters were S (14 isolates), G (9 isolates), T (7 isolates), H (6 isolates), A (5 isolates); D, I, P, V (4 isolates each); K, N, R (3 isolates each); and B, C, E, F, J, L, M (2 isolates each). Only clusters O, U, and W had a single isolate. Among the 17 isolates in cluster Q, 10 were from ICUs, 6 from internal medicine departments, and 1 from a surgical unit. In terms of specimen type, the cluster Q isolates consisted of 7 from sputum, 7 from tracheal aspirates, 2 from wound samples, and 1 from a blood sample. All sul1 positive isolates were distributed among different clusters. The clustering rate based on PFGE types was found to be 8%.
Benzer Tezler
- Klinik örneklerden izole edilen stenotrophomonas maltophilia suşlarının antibiyotik direnç paternleri ve moleküler yöntemlerle tiplendirilmeleri
Başlık çevirisi yok
DOLUNAY GÜLMEZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. GÜLŞEN HASÇELİK
- Çeşitli klinik örneklerden izole edilen stenotrophomonas maltophılıa suşlarının değişik dezenfektanlara duyarlılıklarının incelenmesi
Disinfectant susceptiblity of stenotrophomonas maltophilia izolated from different samples
FİLİZ KAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
MikrobiyolojiGazi ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. M. NEDİM SULTAN
- Stenotrophomonas maltophilia suşlarının çeşitli klinik örneklerden izolasyonu ve antibiyotiklere duyarlılığı
The antibiotic susceptibility of stenotrophomonas maltophilia strains isolated from various clinical specimens
DİLEK DÜLGER
Doktora
Türkçe
2003
MikrobiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA BERKTAŞ
- Non-fermantatif gram negatif bakterilerde biyofilm oluşumu ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Biofilm formation of non fermantative gram negative bacteria and determination of antibiotic sensitivity
MUHAMMED FATİH TURSUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
MikrobiyolojiFırat ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜLAL AŞÇI TORAMAN
- Klinik örneklerden izole edilen Stenotrophomonas maltophilia kökenlerinde Trimetoprim-Sulfametoksazol (SXT) antibiyotik direnç genlerinin varlığının moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of Trimethoprim-Sulphametaxazole (SXT) resistance genes in Stenotrophomonas maltophilia isolates from clinical samples using molecular methods
ESRA ÖZKAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
MikrobiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FARUK AYDIN