Parmak darı gen kaynaklarının retrotranspozan kullanarak moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of finger millet gene resources using retrotransposers
- Tez No: 971673
- Danışmanlar: DOÇ. DR. DİLEK TEKDAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Mersin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Parmak darı (Eleusine coracana (L.) Gaertn.) çoğunlukla tahılı için yetiştirilen bir tahıl otudur ve birçok Afrika ve Güney Asya ülkesinde temel gıda maddesi olarak kullanılmaktadır. Parmak darı Hindistan, ABD ve İrlanda da dâhil olmak üzere birçok yerde yem bitkisi olarak yetiştirilmektedir. Mükemmel saman sağlamanın yanısıra sığır, koyun ve keçiler için yeşil yem olarak kullanımı bulunmaktadır. iPBS moleküler markörleri diğer markörlere oranla daha düşük maliyetle yüksek verimli sonuçlar elde edilmesi bakımından günümüzde tercih edilmektedir. Literatür taramaları sonucunda parmak darı gen kaynakları ticari değeri olan bitkiler olmasına rağmen bu bitki genotipleri arasındaki çeşitliliğin iPBS-retrotranspozon markörleri yardımı ile tespit edildiği detaylı bir çalışmaya rastlanmamıştır. Bu çalışmanın amacını iPBS-retrotranspozon markörleri kullanılarak parmak darı gen kaynakları arasındaki genetik çeşitliliğin belirlemesi ve genotipler arasındaki çeşitliliğin nedenlerini araştırılması oluşturmaktadır. Bu çalışmada, 96 parmak darı genotipinin genetik çeşitliliğini ve popülasyon yapısını değerlendirmek için 11 iPBS-retrotranspozon markörü kullanılmıştır. Elde edilen bulgulara göre, 11 iPBS-retrotranspozon markörü primer başına ortalama 10,5 bant ile %100 polimorfizm gösteren, hepsi polimorfik olan 116 puanlanabilir bant üretmiştir. Etkili alellerin ortalama sayısı (Ne) 1,55 olarak belirlenmiştir. Çalışmada kullanılan 96 parmak darı genotipleri arasındaki genetik uzaklık tahminleri, genetik akrabalıklarında önemli farklılıklar olduğunu ortaya koymuştur. Hindistan8 ve Hindistan9 arasında 0,017'lik minimum genetik uzaklık gözlemlenmiştir. Bu, bu iki genotipin genetik olarak benzer olduğunu ve ortak bir kökene sahip olabileceğini göstermektedir. Buna karşılık, Uganda8 ve Hindistan21 arasında maksimum genetik uzaklık (0,97) bulunmuştur. STRUCTURE analizi 96 parmak darı genotipini iki ana popülasyona (Pop A ve Pop B) ayırmıştır ve her iki kümede Afrika (Uganda, Kenya, Tanzanya, Güney Afrika) ve Güney Asya'dan (Hindistan, Pakistan, Nepal) genotipler yer almıştır. 96 parmak darısı örneğinin komşu birleştirme dendrogramı iki ana küme ortaya koymuştur: Grup A (72 genotip) ve Grup B (24 genotip). Grup B, çoğunlukla Hint kökenli örneklerden oluşmakta olup nispeten homojen bir alt popülasyonu yansıtmaktadır. Buna karşılık, Grup A, Afrika ve Güney Asya kökenli örnekleri birleştirerek daha çeşitli bir yapıya sahiptir. Grup A ayrıca iki alt gruba ayrılmıştır: A1 ve A2. Alt grup A2, yalnızca Hint kökenli örneklerden oluşmaktadır. Literatür bilgilerine göre, sunulan bu tez çalışması parmak darıda iPBS markörlerinin kullanıldığı ilk rapor olma özelliğindedir. Bu nedenle, bu tez çalışmasından elde edilen bulguların literatürdeki bu eksikliği giderecek özellikte olduğu düşünülmekte olup bu yönü ile de oldukça özgün niteliktedir.
Özet (Çeviri)
Finger millet (Eleusine coracana (L.) Gaertn.) is a cereal grass grown primarily for its grain and is a staple food in many African and South Asian countries. Finger millet is cultivated as a forage crop in many countries, including India, the United States, and Ireland. In addition to providing excellent hay, it is also used as green fodder for cattle, sheep, and goats. iPBS molecular markers are currently preferred because they provide high-yield results at lower cost than other markers. While finger millet germplasm is a commercially valuable plant, no detailed study has been found to identify the diversity among these plant genotypes using iPBS-retrotransposon markers. This study aims to determine the genetic diversity among finger millet germplasm using iPBS-retrotransposon markers and to investigate the causes of this diversity among genotypes. This study used 11 iPBS-retrotransposon markers to assess the genetic diversity and population structure of 96 finger millet genotypes. The findings showed that the 11 iPBS-retrotransposon markers produced 116 polymorphic scorable bands, with an average of 10.5 bands per primer, indicating 100% polymorphism. The average number of effective alleles (Ne) was determined to be 1.55. Genetic distance estimates among the 96 finger millet genotypes used in the study revealed significant differences in their genetic relatedness. A minimum genetic distance of 0.017 was observed between India8 and India9, indicating that these two genotypes are genetically similar and may have a common origin. In contrast, the maximum genetic distance (0.97) was found between Uganda8 and India21. STRUCTURE analysis separated 96 finger millet genotypes into two main populations (Pop A and Pop B), and both clusters included genotypes from Africa (Uganda, Kenya, Tanzania, South Africa) and South Asia (India, Pakistan, Nepal). A neighbor-joining dendrogram of the 96 finger millet samples revealed two main clusters: Group A (72 genotypes) and Group B (24 genotypes). Group B consists mainly of samples of Indian origin, reflecting a relatively homogeneous subpopulation. In contrast, Group A has a more diverse structure, combining samples of African and South Asian origin. Group A is further divided into two subgroups: A1 and A2. Subgroup A2 consists exclusively of samples of Indian origin. According to the literature, this thesis is the first report using iPBS markers in finger millet. Therefore, it is thought that the findings obtained from this thesis will fill this gap in the literature and are quite original in this respect.
Benzer Tezler
- Doğu Avrupa gelişmeleri -Türkiye'ye etkileri-
Başlık çevirisi yok
MEHMET ERDEM
Yüksek Lisans
Türkçe
1993
Uluslararası İlişkilerİstanbul ÜniversitesiUluslararası İlişkiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BENER KARAKARTAL
- Şizofrenide minör fiziksel anomalilerin sıklığı ve çeşitliliği
The frequency and type of minor physical anomalies in schizophrene
BÜŞRA EMİRCAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
PsikiyatriSağlık Bilimleri ÜniversitesiRuh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. BAHRİ İNCE
- Dundar acropectoral sendromunun moleküler patogenezi: Tüm genom dizileme analizi ve fonksiyonel çalışmalar
Molecular pathogenesis of dundar acropectoral syndrome: Whole genome sequence analysis and functional studies
LEYLA NUR YILMAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
GenetikErciyes ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUNİS DÜNDAR
- Değişik turunçgil anaçlarının klemantın mandarınınde meyve verim ve kalitesine etkileri
Başlık çevirisi yok
AHMET DOVAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖNDER TUZCU