Investigation of drug resistance dynamics in cetuximab-resistant nci-h508 and oxaliplatin-resistant sw480 colorectal cancer cell lines under continuous and intermittent drug treatment using cellular dna barcoding technology
Sürekli ve aralıklı ilaç tedavisi altında cetuksimab-dirençli ncı-h508 ve oksaliplatin-dirençli sw480 kolorektal kanser hücre hatlarında ilaç direnci dinamiklerinin hücresel dna barkodlama teknolojisi kullanılarak incelenmesi
- Tez No: 974562
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AHMET ACAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Biyoloji, Genetics, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kolorektal kanser tedavisinde önemli ilerlemeler kaydedilmiş olmasına rağmen, ilaç direncinin ortaya çıkması, etkili tedavi sonuçlarının önünde hâlâ büyük bir engel teşkil etmektedir. Anti-kanser ilaç tedavileri, tümör hücre popülasyonları üzerinde seçici baskı yaratarak dirençli klonların hayatta kalmasına ve çoğalmasına olanak tanır. Önceki çalışmalar, farklı ilaç tedavi rejimlerinin, ilaç direnci sürecini şekillendiren farklı evrimsel baskılar uygulayabileceğini göstermiştir. Bu tez, kolorektal kanser hücre hatlarında aralıklı veya sürekli tedavi rejimleri altında edinilmiş tedavi direncinin dinamiklerini araştırmayı amaçlamıştır. Direnç süreci boyunca klonal dinamikleri ortaya koymak için Hücresel DNA Barkodlama teknolojisi kullanılmıştır. Oxaliplatin-dirençli barkodlanmış SW480 ve cetuximab-dirençli barkodlanmış NCI-H508 hücre popülasyonları, her iki tedavi rejiminde de ilaç direnci modelleri olarak oluşturulmuştur. NCI-H508 ve SW480 dirençli popülasyonlarının her iki tedavi grubundaki klonal davranışı, barkod analizi ile birlikte amplikon dizileme yöntemi kullanılarak değerlendirilmiş; barkodlar büyüme dinamiklerine göre“Sensitive”,“Pre-existing”veya“De Novo”olarak sınıflandırılmıştır. Bunu takiben, ilaç-dirençli SW480 ve NCI-H508 popülasyonlarının potansiyel terapötik zafiyetlerini belirlemek amacıyla, yaygın olarak kullanılan kolorektal kanser tedavilerinden oluşan 50 bileşenli bir ilaç kütüphanesi kullanılarak ikincil ilaç taramaları gerçekleştirilmiştir. Genel olarak, bu çalışma, tedavi rejimine dayalı ilaç direnci klonal dinamiklerini incelemeyi ve potansiyel terapötik fırsatları belirlemeyi, nihai olarak ise daha etkili tedavi stratejilerine rehberlik etmeyi hedeflemiştir.
Özet (Çeviri)
Despite significant advancements in colorectal cancer treatment, the emergence of drug resistance remains a significant challenge to effective therapeutic outcomes. Anti-cancer drug treatments exert selective pressure on tumor cell populations, enabling the survival and expansion of resistant clones. Previous studies have shown that different drug treatment regimens can impose distinct evolutionary pressures, shaping the drug resistance process. This thesis aimed to investigate the dynamics of acquired therapy resistance in colorectal cancer cell lines under either intermittent or continuous treatment regimens. Cellular DNA Barcoding technology was employed to uncover the clonal dynamics throughout the resistance process. Oxaliplatin-resistant barcoded SW480 and cetuximab-resistant barcoded NCI-H508 cell populations were established under both treatment regimens as models of drug resistance. Clonal behavior in both treatment groups of the NCI-H508 and SW480 resistant populations was assessed using amplicon sequencing followed by barcode analysis, with barcodes classified as“Sensitive”,“Pre-existing”, or“De Novo”based on their growth dynamics. Subsequently, secondary drug screenings were conducted using a 50-compound drug library consisting of commonly used colorectal cancer therapeutics to identify potential therapeutic vulnerabilities of the drug-resistant SW480 and NCI-H508 populations. Overall, this study aimed to explore treatment regimen–based clonal dynamics of drug resistance and to identify potential therapeutic opportunities, with the ultimate goal of guiding more effective treatment strategies.
Benzer Tezler
- Investigation of drug resistance mechanisms for antiandrogen prostate cancer drug enzalutamide using molecular dynamics simulations
Moleküler dinamı̇k simulasyonları kullanarak prostat kanserı̇nde kullanılan enzalutamı̇d ilacına karşı gelı̇şen ı̇laç dı̇renç mekanı̇zmasının araştırılması
BEHZAD ASLANI AVILAQ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiBilişim Uygulamaları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEFER BADAY
- Investigation of the potential of antibiofilm effective agents to overcome drug resistance developed in hepatocellular carcinoma
Hepatosellüler karsinomda gelişen ilaç direncinin aşılması için antibiyofilm etkili ajanların potansiyellerinin araştırılması
NİSA BALTACI
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
GenetikKadir Has ÜniversitesiMühendislik Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
YRD. DOÇ. DR. EBRU BİLGET GÜVEN
- Investigation of beta-lactamase ligand binding in vivo and in silico
Beta-laktamaz ligand bağlanmasının hücre içinde ve hesaplamalı olarak incelenmesi
PINAR KANLIKILIÇER
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
BiyoteknolojiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Bölümü
PROF. AMABLE HORTAÇSU
YRD. DOÇ. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ
- Investigation of docetaxel and doxorubicin resistance in MCF-7 breast carcinoma cell line
MCF-7 meme kanseri hücre hattında dosetaksel ve doksorubisin dirençliliğinin incelenmesi
ÖZLEM DARCANSOY İŞERİ
Doktora
İngilizce
2009
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
PROF. DR. FİKRET ARPACI
PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ
- Computational investigation of allostery in dihydroorotate dehydrogenase(DHODH)
Dihidroorotat dehidrojenaz'da (DHODH) allosterinin hesaplamalı incelenmesi
HATİCE TUĞBA BAYER
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Biyomühendislikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ARZU UYAR