Geri Dön

Investigation of the potential of antibiofilm effective agents to overcome drug resistance developed in hepatocellular carcinoma

Hepatosellüler karsinomda gelişen ilaç direncinin aşılması için antibiyofilm etkili ajanların potansiyellerinin araştırılması

PDF İndir

  1. Tez No: 960350
  2. Yazar: NİSA BALTACI
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. EBRU BİLGET GÜVEN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Onkoloji, Biology, Genetics, Oncology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Disiplinlerarası Mühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 133

Özet

Ölümle sonuçlanan dördüncü en yaygın kanser türü olan karaciğer kanseri, en yaygın tür olan hepatosellüler karsinoma (HCC) için sınırlı tedavilere sahiptir. FDA onaylı, multi-kinaz inhibitörü sorafenib, ileri HCC'nin tedavisinin ilk aşamasında en çok tercih edilen ilaçtır. Günümüzde hastalara, önemli radyolojik ilerleme gözlenene kadar sorafenib tedavisi almaları ve ardından sorafenib'i başka bir FDA onaylı multi-kinaz inhibitörü olan regorafenib ile birlikte kullanmaları önerilmektedir. Ne yazık ki hastaların yaklaşık %70'i sorafenibe karşı gelişen direnç nedeniyle bu tedaviden fayda görememektedir. Metastatik karaciğer kanseri üzerine yapılan çalışmalar, gastrointestinal sistemden yayılan bağırsak mikrobiyotasını tümörle ilişkilendirmiş ve bağırsaklardan karaciğere bakteriyel geçişi göstermiştir. Tümör mikroçevresinde varlıklarını gösterebilen bakteriler, hayatta kalmak ve çoğalmak için genellikle biyofilm tabakası içeren bir habitat yaratır ve tümör hücreleri de bundan faydalanarak gelişebilir. Böyle bir tabaka ile korunmak, bakterilerin metabolik aktivitelerini mümkün olduğunca azaltarak antibiyotiklerin etkilerinden uzaklaşmasını da kolaylaştırır. Bu tezde, bakterilerin hayatta kalma şanslarını arttırmak için oluşturdukları biyofilm, hem oluşum mekanizması hem de içeriği açısından ele alınmıştır. Biyofilm oluşum sürecine katkıda bulunan temel proteinlerin inhibisyonu için küçük moleküllerden oluşan bir kütüphane oluşturulmuştur. Yüksek bağlanma afinitesine sahip potansiyel inhibitör moleküllerinin antibiyofilm etkileri moleküler yerleştirme ile gözlemlenmiştir. Ayrıca, FDA onaylı kemoterapi ilaçları sorafenib ve regorafenib'e dirençli HCC hedef proteinleri seçilmiştir. Bakteriyel biyofilm hedef proteinlerle moleküler yerleştirme sonucu en iyi sonucu veren küçük moleküller, HCC dirençli hedef proteinlerle yeniden moleküler yerleştirme yapılarak moleküler dinamik simülasyonlarla gözlemlenmiştir. Bu tez, geliştirilecek en etkili kombinatoryal tedavinin mekanizmalarını incelemeyi hedeflemektedir.

Özet (Çeviri)

The fourth most common cancer that results in death, liver cancer, has limited treatments for its most common type, hepatocellular carcinoma (HCC). The FDA-approved, multi-kinase inhibitor sorafenib is the main preferred drug in the first stage of treatment of advanced HCC. Today, patients are recommended to receive sorafenib treatment until significant radiological progression is observed. Then, sorafenib is used together with another FDA-approved multi-kinase inhibitor, regorafenib. Unfortunately, nearly 70% of patients do not benefit from this treatment due to the resistance that develops against sorafenib. Studies on metastatic liver cancer have been able to associate the intestinal microbiota spreading through the gastrointestinal tract with the tumor and show the bacterial transmission from the intestines to the liver. The bacteria that can show their presence in the tumor microenvironment create a habitat, generally including a biofilm layer, to survive and multiply, which the tumor cells can also benefit from to prosper. Being protected by such a layer also makes it easier for bacteria to get away from the effects of antibiotics by reducing their metabolic activities as much as possible. In this thesis, the biofilm that bacteria form to increase their chances of survival is discussed in terms of its formation mechanism and content. A library of small molecules has been created to inhibit key proteins contributing to biofilm formation. The antibiofilm effects of potential inhibitor molecules with high binding affinity have been observed with molecular docking. In addition, HCC target proteins suggested to be involved in resistance to FDA-approved chemotherapy drugs, sorafenib and regorafenib, were selected. The best results from the library docked with bacterial biofilm target proteins were re-docked with HCC-resistant proteins. Then, molecular dynamics simulations were performed with these proteins. This thesis aims to examine the mechanisms of the most effective combinatorial treatment to be developed.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    734405

    Nitrik oksit donörü olarak s-nitrosoglutatyon sentezi ve antibiyofilm etkilerinin araştırılması

    Synthesis of s-nitrosoglutathione as a nitric oxide donor and investigation of antibiofilm effects

    ABDULLAH MASOOD KAMAL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyokimyaSelçuk Üniversitesi

    Tıbbi Laboratuvar Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ FATİH SEVGİ

  2. Tez No

    488322

    İmidazolyum bazlı iyonik sıvıların antimikrobiyal potansiyellerinin incelenmesi

    Investigation of the antimicrobial potential of imidazolium-based ionic liquids

    ALİ NİYAZİ DUMAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Eczacılık ve FarmakolojiEge Üniversitesi

    Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATMA YURT ONARAN

  3. Tez No

    845944

    Çoğul dirençli acinetobacter baumannii izolatlarına etkili antibiyotikler ile bitki etken maddelerinin In Vitro sinerjistik etkileşimlerinin araştırılması

    Investigation of In-Vitro synergistic interactions of antibiotics and plant active ingredients effective on multi-drug resistant acinetobacter baumannii isolates

    RUKİYE ASLAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiSivas Cumhuriyet Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET ALİM

  4. Tez No

    752584

    Toprak örneklerinden izole edilen bacillus SP. metabolitlerinin antibakteriyel, antibiyofilm ve anti-quorum sensing aktivitelerinin araştırılması

    Investigation on the antibacterial, antibiofilm, and anti-quorum sensing activities of the metabolites of bacillus SP. isolated from soil samples

    GAMZE BENLİ YARDIMCI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi

    Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MÜJDE ERYILMAZ

  5. Tez No

    909542

    Çevresel örneklerden izole edilen antibiyotik dirençli escherichia coli'ye özgü litik bakteriyofajların E. coli biyofilmlerinin eradikasyonunda etkinliğinin araştırılması

    Investigation of the efficiency of antibiotic-resistant E coli-specific lytic bacteriophages isolated from environmental samples in eradication of biofilm of E. coli

    DURSUN ALP GÜNDOĞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Veteriner HekimliğiErciyes Üniversitesi

    Veteriner Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim dalı

    PROF. DR. ZAFER GÖNÜLALAN

Geri Dön