Investigation of SH2 domains of Spleen Tyrosine Kinase enzyme for targeting acute myeloid leukemia using both in silico and in vitro studies
Akut miyeloid lösemiyi hedeflemek için in silico ve in vitro çalışmalar kullanılarak Dalak Tirozin Kinaz enziminin SH2 alanının araştırılması
- Tez No: 977761
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ EMEL BAŞAK GENCER AKÇOK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biyomühendislik, Biochemistry, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Abdullah Gül Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Akut Miyeloid Lösemi (AML), genetik ve epigenetik anormalliklerle karakterize klonal bir malignitedir ve bu karmaşık hastalıkta potansiyel bir terapötik hedef olarak ortaya çıkan moleküllerden biri, amino terminalinde iki SH2 alanı ve bunu takip eden katalitik olarak aktif bir kinaz alanından oluşan Dalak Tirozin Kinaz'dır (Syk). Kansere yol açan anormal proteinlerin aktivasyonunu önlemek için kanser tedavi yöntemlerinde yapılan son çalışmalar, aktif kinaz alanlarına ek olarak SH2 alanlarının da önemli hedefler olduğunu ortaya koymuştur. Bu çalışmada, aday inhibitörler, COCONUT ve ENAMINE olmak üzere iki kütüphanenin taranmasıyla in silico çalışmalar yoluyla tanımlanmıştır. Daha sonra ENAMINE kütüphanesinden seçilen iki aday inhibitör (Z260816155 ve z2155444005) için in vitro bağlanma testleri yürütülmüş ve bağlanma, FRET teknolojisi ve Diferansiyel Taramalı Florimetri Testi (DSF) kullanılarak HEK293 hücrelerinde in vitro olarak doğrulanmıştır. Son olarak, amaç, AML hücrelerinde Syk'nin SH2 bölgelerini hedef alarak protein-protein etkileşimlerini inhibe etmenin biyolojik aktivitelerini araştırmaktır. Aday inhibitörler, THP-1 ve HL-60 hücrelerinde düşük mikromolar konsantrasyonlarda (1-25 µM) hücre canlılığını azaltmış ve kontrol hücrelerine kıyasla ilişkili bir şekilde apoptozu indükleyerek hücre döngüsünün durmasına neden olmuştur Ayrıca, TNF-α ve IL-1β gen ekspresyonunu modüle etmiş ve anti-apoptotik proteinler Bcl-2 ve Bcl-xL'yi etkili bir şekilde baskılamışlardır.
Özet (Çeviri)
Acute Myeloid Leukemia (AML) is a clonal malignancy characterized by genetic and epigenetic abnormalities and one molecule that has emerged as a potential therapeutic target in this complex disease is Spleen Tyrosine Kinase (Syk) which consists of two SH2 domains at its amino terminus followed by a catalytically active kinase domain. Recent studies in cancer treatment methods to prevent the activation of abnormal proteins that lead to cancer have revealed that SH2 domains are also important targets in addition to active kinase domains. In this study, candidate inhibitors were identified through in silico studies by screening two libraries, COCONUT and ENAMINE. In vitro binding tests were then conducted for two candidate inhibitors selected from the ENAMINE library (Z260816155 and z2155444005), and binding was confirmed in vitro in HEK293 cells using FRET technology and Differential Scanning Fluorimetry Assay (DSF). Finally, the aim was to investigate the biological activities of inhibiting protein-protein interactions by targeting the SH2 domains of Syk on AML cells. The candidate inhibitors used decreased cell viability at low micromolar concentrations (1-25 µM) in THP-1 and HL-60 cells and, in a correlated manner, induced apoptosis and caused cell cycle arrest cells compared to control cells. Furthermore, they modulated the gene expression of TNF-α and IL-1β and effectively suppressed the anti-apoptotic proteins Bcl-2 and Bcl-xL.
Benzer Tezler
- Investigation of the interaction between NFI and its potential interaction partner BRG1
NFI proteininin potansiyel etkileşim partneri olan BRG1 ile etkileşiminin araştırılması
SELİM TÜRKEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
YRD. DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR
- Expression, purification, and crystallization of recombinant human ABL1 kinase domain for x-ray crystallography-based structural studies
X-ışını Kristalografisine Dayalı Yapısal Çalışmalar İçin Rekombinant İnsan ABİ1 Kinaz Bölgesinin Ekspresyonu, Saflaştırılması ve Kristallendirilmesi
AYÇA İRGİT
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN DEMİRCİ
DOÇ. DR. HALİLİBRAHİM ÇİFTÇİ
- Tropomyosin reseptör kinaz b'ye (TRKB) karşi nötralizan monoklonal antikor üretilmesi
Generation of neutralizing monoclonal antibodies against tropomyosin receptor kinase b (TRKB)
GAMZE EDA YILDIRIM
- SMP is a rat orthologue of salt-inducible kinase 2
SMP: Tuz-indüklenebilir kinaz 2'nin sıçan ortoloğu
AVNİ UYSAL
- Geoteknik özelliklerin belirlenmesinde sismik ve penetrasyon deneylerinin karşılaştırılması
The Comparison of in-situ seismic and penetration test for the determination of geotechnical properties
RECEP İYİSAN
