Kırım Kongo Kanamalı Ateşi virüsünün saptanması ve kantitasyonu için dijital PCR tabanlı yöntem geliştirilmesi
The development of a digital PCR based method for detection and quantification of Crimean Congo Haemorrhagic Fever virus
- Tez No: 979417
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖMER KÜÇÜKBASMACI, DOÇ. DR. MERT AHMET KUŞKUCU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kırım-Kongo Kanamalı Ateşi Virüsü (KKKAV), zoonotik özellikleri ile birçok coğrafi bölgede endemik bir tehdit oluşturarak özellikle kırsal kesimlerde yaşayan topluluklar arasında ciddi sağlık riskleri taşımaktadır. Virüsün başlıca vektörü ve rezervuarı olan Hyalomma cinsi keneler, iklim değişikliği gibi çevresel faktörlerin etkisiyle son yıllarda yayılımını artırmış ve bunun sonucunda KKKAV, küresel düzeyde öncelikli halk sağlığı tehditlerinden biri haline geldi. Türkiye, hem vaka sayısı hem de ekonomik kayıplar açısından bu hastalıktan en fazla etkilenen ülkelerden biri olarak dikkat çekmektedir. KKKAV'nın tanı sürecinde, ticari olarak mevcut olan tanı kitlerinin sayısının sınırlı olması ve çoğunun CE-IVD kalite standartlarına uygun olmaması, tanı yöntemlerinin etkinliğini ciddi şekilde kısıtlamaktadır. Türkiye'de, virüs ile ilişkili vakaların sayısında son yıllarda gözlemlenen artış, hem ekonomik kayıplar hem de insan sağlığı üzerindeki olumsuz etkileri nedeniyle, KKKAV ile mücadeleye yönelik sağlam sağlık politikalarının geliştirilmesini zorunlu kılmaktadır. Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) Salgınları Önleme Eylem Planı gibi uluslararası çabalar, KKKAV gibi bulaşıcı hastalıkların tanı, tedavi ve aşı geliştirme süreçlerinde araştırma ve ürün geliştirmeyi hızlandırmayı amaçlamaktadır. KKKA için Ar-Ge Yol Haritasında; etkili tedavi yöntemleri ile tanıların geliştirilmesi hedeflenmiştir. Bu hedef doğrultusunda geliştirdiğimiz tez çalışmamız, tanı süreçlerini iyileştirmeyi amaçlamaktadır. Bu sebeple laboratuvarımızda genomik karakterizasyonu yapılan standart KKKA virüs kökeni kullanıldı, kültür süpernatantları üzerinde seri dilüsyonlar uygulandı; RT-PCR da denendi ve ortalama kopya sayısı belirlendi . Sonrasında dijital PCR (dPCR) sistemleri ile çalışıldı. Testlerin performansları kapsamlı bir şekilde değerlendirildi. Çalışmamız KKKAV'nın tanı süreçlerini iyileştirmek için önemli bir adım teşkil etmekte ve halk sağlığının korunmasında kritik bir rol oynamaktadır. Çalışmamız, geliştirerek valide ettiğimiz qRT-PCR sisteminin 250 kopya gibi bir hassasiyet ile kullanılabileceğini göstermektedir. Bu sistemlerin yaygın kullanımı, gelişimlerinin daha hızlı gerçekleşmesine olanak tanımaktadır. Dijital PCR sisteminin kopya sayısının RT-PCR ' a göre 1 log daha alt sınırda olması beklenen bir sonuçtur. Yine bu sistem de daha hassas olarak kullanılıyor olsa da ek cihaz gereksinimi nedeni ile şu an için genel kullanım yerine özel projelerde kullanımı daha yaygındır. Ek olarak her iki sistemin sonuçları karşılaştırıldığında kopya/ml olarak aralarındaki uyumun % 99.8 bulunması son derece umut vericidir. Ancak dPCR sisteminde negatif kontrollerde meydana gelen ışımalar dolayısıyla tek kopya düzeyinde tespit yapma hedefinin gerçekleştirilememesine neden olmuştur
Özet (Çeviri)
Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus (CCHFV) poses serious health risks, especially among communities living in rural areas, by posing an endemic threat in many geographical regions with its zoonotic properties. The main vector and reservoir of the virus, Hyalomma ticks, have increased their spread in recent years due to environmental factors such as climate change. As a result, Crimean Congo Hemorrhagic Fever (CCHF) has become one of the priority public health threats at the global level. Turkey stands out as one of the countries most affected by this disease in terms of both the number of cases and economic losses. For diagnosis of CCHFV, the limited number of commercially available diagnostic kits, most of which do not comply with CE-IVD quality standards seriously restrict the effectiveness of diagnostic methods. With the increase rate cases associated with the virus in Türkiye obligated the development of health policies to combat CCHFV due to both economic losses and negative effects on human health. International efforts such as the World Health Organization (WHO) Epidemic Prevention Action Plan aim to accelerate research and product development for the diagnosis, treatment and vaccine development processes of infectious diseases such as CCHFV. The Research and Development Roadmap for CCHFV focuses on developing effective treatment methods and diagnostics. With these objectives, our thesis strives to improve the diagnostic processes of CCHFV. With using the virus that has undergone genomic characterization in our lab, the dilutions of the cultured virus was used, followed by qRT-PCR for detecting the copy numbers. Then, specific dilutions were worked with digital PCR (dPCR) system. The performances of the each tests were assessed. Our study represents an important step in improving the diagnostic processes of CCHF and plays a critical role in protecting public health. Our study shows that the qRT-PCR system that we developed and validated can be used with a sensitivity of approximately 250 copies. The widespread usage of the systems allows for faster development. The copy number seen with dPCR system is expected to be 1 log lower than that of qRT-PCR. Although dPCR is more sensitive, the need for additional equipment hinders the usage in the non-special projects. However, when the results of both systems are compared, 99.8 % agreement score of copies/mL is promising. In dPCR system, the signal irridation of negative controls compromised the ability to detect targets at the single copy level
Benzer Tezler
- Kırım kongo kanamalı ateş hastalığında oksidatif, nitrozatif ve glikozatif stres düzeyleri
Oxidative, nitrosative and glucosative stress levels in crimean congo hemorrhagic fever
SERPİL ERŞAN
- Kırım-kongo kanamalı ateş hastalığı (KKKAH) virüsü glikoproteinlerine karşı geliştirilen hibridoma hatlarının stabilitelerinin belirlenmesi ve monoklonal antikorların nötralizan özelliklerinin araştırılması
Investigation of the hybridomas stabilities and neutralization capabilities of monoclonal antibodies developed against the glycoproteins of crimean-congo hemorrhagic fever virus (CCHFV)
DUYGU MERVE ÇALIŞKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYKUT ÖZDARENDELİ
- Kırım kongo kanamalı ateşi hastalığında ıl 28-B gen polimorfizmi
Il 28-B gene polymorphism at crimean-congo hemorrhagic fever disease
FEYZA YILDIZ AYTEKİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiGaziosmanpaşa ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜSEYİN ŞENER BARUT
- Kırım Kongo kanamalı ateşi virüsü nükleoproteini immünreaktif bölgesinin horseradish peroksidaz ile kimerik formda maya ve bakteri ifade sisteminde üretilmesi
Production of Crimean Congo hemorrhagic fever virus nucleoprotein immunoreactive region in chimeric form with horseradish peroxidase in yeast and bacterial expression systems
DİLEK MENEMENLİOĞLU
- Tokat ve çevresindeki sert kenelerde kırım kongo kanamalı ateşi virüsünün real tıme RT-PCR yöntemi ile teşhisi
Determination of crimean-congo haemorrhagic fever virus (CCHFV) in hard ticks in Tokat and vicinity
NESLİHAN MUTLUAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
BiyolojiGaziosmanpaşa ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞABAN TEKİN