Geri Dön

Balıklarda vibrio enfeksiyonlarına karşı aşı geliştirilmesi: İn silico antijen analizi

Vaccine development against vibrio infections in fish: In silico antigen analysis

PDF İndir

  1. Tez No: 979526
  2. Yazar: YAĞMUR YILDIRIM EVCİM
  3. Danışmanlar: PROF. DR. KADİR SERDAR DİKER
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Aydın Adnan Menderes Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Veterinerlik Mikrobiyolojisi Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Amaç: Bu araştırma Vibrio patojenlerine karşı, in silico antijen analizi yapılarak uygun aşı suşlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Araştırmada kullanılacak Vibrio suşları ADÜ Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı kültür koleksiyonundan sağlanmıştır. Vibrio kültürü yapıldıktan sonra fenotipik ve virulans özellikleri belirlenmiştir. Fenotipik ve virulans özellikleri belirlenmiş belirlenmiş suşların sekans ve genom analizleri yapılmıştır. İn silico olarak antijenik bölgeler belirlenmiş ve aşı suşları olup olamayacakları değerlendirilmiştir. Bulgular: Bu çalışmada, Vibrio anguillarum, Vibrio parahaemolyticus ve Vibrio alginolyticus suşlarında yer alan bazı virülans genlerine ait antijenik özellikler in silico olarak değerlendirilmiştir. Referans suşlarla ADÜ Mikrobiyoloji Laboratuvarı'ndan izole edilen suşlara ait gen sekansları karşılaştırılmış, gen uzunlukları, dizin benzerlikleri ve B hücresi epitop içerikleri analiz edilmiştir. angR geninde referans suş 618 bp uzunluğundayken izolat suşta 1726 bp uzunluk gözlemlenmiştir. Referans suşta 19, izolat suşta 75 B hücresi epitopu tespit edilmiştir. Ortak epitop bulunmamıştır. Ancak angR'nin hücre içi regülatör olması, aşı adayı olarak değerlendirilmesini sınırlayabilir. fatA geninde her iki suşta da yaklaşık 2040 bp uzunluk belirlenmiştir. Referans suşta 48, izolat suşta 51 epitop saptanmıştır. Dış membranda yer alması nedeniyle aşı geliştirme açısından umut verici bir hedef olarak değerlendirilmiştir. fatB geni her iki suşta da 2050–2060 bp uzunluğunda olup referans suşta 35, izolat suşta 38 epitop belirlenmiştir. Ortak 17 epitop saptanmıştır. Dış membran proteini olması, onu önemli bir aşı adayı hâline getirmektedir. fatC geni yaklaşık 1190–1200 bp uzunluğunda olup referans suşta 27, izolat suşta 30 epitop belirlenmiştir. 13 ortak epitop tespit edilmiştir. Ancak fatC ile ilgili literatürdeki veriler sınırlıdır. empA geninde her iki suşta yaklaşık 1150–1160 bp uzunlukta genler gözlemlenmiştir. Referans suşta 22, izolat suşta 26 epitop tanımlanmış; 10 ortak epitop saptanmıştır. Metalloproteaz enzimi olması sebebiyle bağışıklıkla teması kuvvetlidir. flhA geni yaklaşık 2050 bp uzunluğundadır. Referans suşta 36, izolat suşta 44 epitop belirlenmiştir. İzolat suşun epitop zenginliği aşı adayı olarak potansiyelini artırmaktadır, ancak membran dışı lokalizasyonu sınırlayıcı olabilir. tdh1 geni 585 bp uzunluğunda olup referans suşta 14, izolat suşta 18 epitop belirlenmiştir. Toksik etkili hemolizin üretmesi nedeniyle önemli bir virülans faktörüdür. opaR geni 981 bp uzunluğundadır. Referans suşta 26, izolat suşta 29 epitop tanımlanmış; ancak bu genin hücre içi regülatör olması, bağışıklık sistemiyle temasını kısıtlamaktadır. toxR geni 837 bp uzunluğunda olup referans suşta 18, izolat suşta 25 epitop belirlenmiştir. 9 ortak epitop tespit edilmiştir. Hücre içi regülatör protein olması nedeniyle immünojenitesi sınırlı olabilir. ompA geni yaklaşık 1090 bp uzunluğunda olup referans suşta 34, izolat suşta 36 epitop belirlenmiştir. Ortak 14 epitop bulunmuştur. Dış membranda yer alması nedeniyle, immünojenik potansiyeli yüksektir.

Özet (Çeviri)

Objective: This study aimed to identify suitable vaccine strains against Vibrio pathogens through in silico antigen analysis. Material and Methods: The Vibrio strains used in the study were obtained from the culture collection of the Department of Microbiology, Faculty of Veterinary Medicine, Adnan Menderes University. Following Vibrio culturing, phenotypic and virulence characteristics were determined. Sequence and genome analyses were performed on the strains with identified phenotypic and virulence properties. Antigenic regions were determined in silico, and their potential as vaccine strains was evaluated." Results: In this study, the antigenic properties of certain virulence genes found in Vibrio anguillarum, Vibrio parahaemolyticus, and Vibrio alginolyticus strains were evaluated in silico. Gene sequences from reference strains and strains isolated from the ADU Department of Microbiology were compared in terms of gene lengths, sequence similarities, and B-cell epitope content. The angR gene was 618 bp in the reference strain, while it was 1726 bp in the isolate. A total of 19 B-cell epitopes were identified in the reference strain and 75 in the isolate. No common epitopes were detected. However, since angR is an intracellular regulator, its suitability as a vaccine candidate may be limited. The fatA gene was approximately 2040 bp in both strains. Forty-eight epitopes were identified in the reference strain and 51 in the isolate. Due to its localization in the outer membrane, it is considered a promising target for vaccine development. The fatB gene was about 2050–2060 bp in both strains, with 35 epitopes identified in the reference strain and 38 in the isolate. Seventeen shared epitopes were found. As an outer membrane protein, fatB is considered an important vaccine candidate. The fatC gene was approximately 1190–1200 bp long, with 27 and 30 epitopes identified in the reference and isolate strains, respectively. Thirteen common epitopes were detected. However, available literature on fatC is limited.The empA gene was about 1150–1160 bp in both strains, with 22 epitopes in the reference strain and 26 in the isolate; 10 shared epitopes were identified. As a metalloprotease enzyme, it is likely to have strong immunological interactions.The flhA gene was around 2050 bp long, with 36 and 44 epitopes identified in the reference and isolate strains, respectively. The higher epitope content of the isolate strain increases its potential as a vaccine candidate, although its intracellular or non-membrane localization may limit accessibility.The tdh1 gene was 585 bp in length, with 14 epitopes in the reference strain and 18 in the isolate. Since it encodes a hemolysin with toxic effects, it is considered a key virulence factor.The opaR gene was 981 bp long, with 26 epitopes in the reference strain and 29 in the isolate. However, as opaR is an intracellular regulator, its interaction with the immune system may be limited. The toxR gene was 837 bp in both strains, with 18 and 25 epitopes identified in the reference and isolate strains, respectively. Nine common epitopes were identified. As an intracellular regulatory protein, its immunogenicity may be limited. The ompA gene was approximately 1090 bp in length, with 34 epitopes in the reference strain and 36 in the isolate. Fourteen shared epitopes were found. Due to its outer membrane localization and high number of accessible epitopes, ompA shows strong immunogenic potential.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    584765

    Gökkuşağı alabalıkları (Oncorhynchus mykiss w,1792) için inaktif bakteriyel koruyucu aşıların geliştirilmesi ve geliştirilmiş aşıların etki sürelerinin belirlenmesi

    Development of preventive inactivated bacterial vaccines and to determine the effects time of developed vaccines for rainbow trout, (Oncorhynchus mykissw,1792)

    PINAR YILDIRIM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Su ÜrünleriIsparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi

    Su Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞEGÜL KUBİLAY

  2. Tez No

    17888

    Çipura (Sparus aurata L. 1758) yetiştiriciliğinde mevsimsel olarak görülen hastalık etkenlerinin tesbit ve tedavi yönteminin geliştirilmesi

    Başlık çevirisi yok

    ALİ AKIN CANDAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1991

    Su Ürünleriİstanbul Üniversitesi

    Su Ürünleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. HALUK ERGÜVEN

  3. Tez No

    501456

    Bazı tıbbi bitkisel ürünlerin In vıtro ve In vıvo antimikrobiyal etkileri üzerinde araştırmalar

    A study on antimicrobial effects of some medicinal plants product at In vitro and In vivo

    ÖZNUR GÖRMEZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Su ÜrünleriSüleyman Demirel Üniversitesi

    Su Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖZNUR DİLER

  4. Tez No

    360517

    Çay bitkisi (Camellia sinensis) tohumunun balık sağlığı alanında kullanımının araştırılması

    Investigation of the use of tea plant (Camellia sinensis) seed in fish health

    CENGİZ ÇİFTÇİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Balıkçılık TeknolojisiRecep Tayyip Erdoğan Üniversitesi

    Su Ürünleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ŞEVKİ KAYIŞ

  5. Tez No

    421005

    Kültür balıklarındaki vibrio anguillarum?un immunohistokimyasal yöntemlerle teşhisi

    Diagnosis of vibrio anguillarum by using immunohistochemical methods in cultured fish

    BUKET AYDIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Su Ürünleriİstanbul Üniversitesi

    Su Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TÜLAY AKAYLI

Geri Dön