Computational analysis of MIR-21 and MIR-126 in atherosclerosis
Aterosklerozda MIR-21 ve MIR-126'nın hesaplamalı analizi
- Tez No: 989349
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÇİĞDEM SEZER ZHMUROV
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Ateroskleroz, kardiyovasküler ölümlerin başlıca nedenidir; buna karşın erken evre için güvenilir biyobelirteçler sınırlıdır. Dolaşımdaki mikroRNA'lar (miRNA) umut vericidir ancak matris ve yöntem farklılıkları nedeniyle çalışmalar arasında tutarsızlıklar görülür. Bu çalışma, miR-21 ve miR-126'yı değerlendirmek amacıyla üç GEO verisetini (GSE28858, GSE53675, GSE31568) standart bir boru hattı (GEO2R → KEGG → STRING) ile yeniden analiz etti. Bulgular matrise bağımlıydı: miR-21 serumda (+2.20 log₂FC) ve tam kanda (+1.70) kontrollerde daha yüksekti; trombositlerde hastalarda hafif ama biyolojik olarak önemsiz bir artış vardı (−0.02). miR-126 tam kanda hastalarda belirgin şekilde daha yüksekti (−3.06 log₂FC; ~8 kat), serumda değişmedi ve trombositlerde hafif yüksekti. Bu örüntüler bazı plazma/serum meta-analizlerinden ayrışsa da trombosit aktivasyonu, endotelyal stres ve ön-analitik etmenler dikkate alındığında biyolojik olarak tutarlıdır. Tekli belirteçler matrisler arasında güvenilir değildir; çoklu miRNA panelleri ve standart protokoller gereklidir. Bu yaklaşım, açık verilerle klinik açıdan anlamlı hipotezlerin üretilebileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Atherosclerosis remains the leading cause of cardiovascular death, yet reliable early biomarkers are lacking. Circulating microRNAs (miRNAs) are promising but often yield inconsistent results across studies due to matrix and methodological variability. This study re-analyzed three GEO datasets (GSE28858, GSE53675, GSE31568) using a standardized GEO2R → KEGG → STRING pipeline to evaluate miR-21 and miR-126. Results were matrix-dependent: miR-21 was higher in controls in serum (+2.20 log₂FC) and whole blood (+1.70), with a negligible patient-higher signal in platelets (−0.02). miR-126 was markedly higher in patients in whole blood (−3.06 log₂FC; ≈ 8-fold), unchanged in serum, and slightly higher in platelets. Although these patterns differ from many plasma/serums meta-analyses, they are biologically plausible given platelet activation, endothelial stress, and pre-analytical factors. Single markers were unreliable across matrices; multi-miRNA panels and standardized protocols are warranted. The pipeline illustrates how open datasets can generate clinically relevant hypotheses in resource-limited settings.
Benzer Tezler
- Seralarda doğal havalandırma etkinliğinin sayısal yöntemler kullanılarak modellenmesi
Analysis of ventilation efficiency in a naturally vented greenhouse using numerical methods
YALÇIN TOPAÇOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YAKUP ERHAN BÖKE
- Piridin türevi içeren bazı geçiş metal komplekslerinin sentezi, elektronik yapı hesaplamaları ve α-glukozidaz inhibisyonları
Synthesis, electronic structure calculations, and α-glucosidase inhibitions of some transition metal complexes containing pyridine derivatives
ÖZGEN ÖZGE
Doktora
Türkçe
2025
Fizik ve Fizik MühendisliğiSakarya ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DAVUT AVCI
- Organik tabanlı güneş hücrelerinde kullanılabilecek ftalosiyaninlerin hesapsal olarak araştırılması, tasarımı ve sentezi
Design, computational screening and synthesis of novel phthalocyanines as organic based solar cell materials
MERAL ARI
- Çok katlı perde-çerçeve yapıların deprem yükleri altında dinamik analizi
Dynamic analysis of multistory walled-framed structures under load of the earthquake
HÜSEYİN ASLANBAŞ
- Kıyıboyu katı madde modelleriyle Doğu Karadeniz bölgesinde kıyı çizgisi değişimlerinin incelenmesi
Investigation of the shorline change at the black sea region with longshore sediment transport models
MUSTAFA ŞAŞAL