Aeribacillus sp. A364 suşunun genomi̇k düzeyde fonksiyonel anotasyonuve endüstri̇yel sekonder metaboli̇t potansi̇yeli̇ni̇n in silico analizi
Genomic-level functional annotation and in silico analysis of industrial secondary metabolite potential of aeribacillus sp. strain A364
- Tez No: 994200
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BAŞAR KARACA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Biyoteknoloji, Biyoloji, Microbiology, Biotechnology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, Filogenetik, Karşılaştırmalı genomik, Bioinformatics, Phylogenetic, Comparative genomics
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Termofilik bakteriler, sahip oldukları metabolik çeşitlilik ve yüksek sıcaklıklara dayanıklı enzimleri sayesinde endüstriyel ve biyoteknolojik uygulamalarda önemli bir potansiyele sahiptir. Bu çalışmada, Aeribacillus sp. A364 izolatının tür düzeyinde tanımlanması ve fonksiyonel genomik kapasitesinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Öncelikle, izolatın tür teşhisi 16S rRNA gen analizi ile yapılmış ve Aeribacillus composti A364 olarak belirlenmiştir. Ardından filogenomik analizler gerçekleştirilmiş; ortalama nükleotit benzerliği (ANI), dijital DNA–DNA hibritizasyonu (dDDH), ortalama amino asit benzerliği (AAI) ve korunan protein yüzdesi (POCP) hesaplanarak filogenetik konumu ortaya konmuştur. Hibrit genom dizileme stratejisi ile elde edilen veriler de novo montaj sonrası anotasyon sürecine alınmış ve genom bütünlüğü ile kalite kontrol analizleri yapılmıştır. Ayrıca A364 genomu, A. composti KCTC 33824T, Aeribacillus pallidus KCTC 3564T ve Halolactibacillus halophilus DSM 17073T ile karşılaştırmalı olarak incelenmiştir. Elde edilen bulgular, A364 izolatının antimikrobiyal peptit, terpenoid ve vitamin biyosentez yollarını içeren genetik kapasiteye sahip olduğunu göstermiştir. Özellikle B1, B2, biyotin, piridoksal-P ve molibdopterin kofaktörü (Moco) biyosentezine ilişkin genlerin varlığı, bu bakterinin biyoteknolojik açıdan değerli metabolitler üretebilme potansiyelini ortaya koymuştur. Sonuç olarak, A. composti A364 izolatı; biyoremediasyon, endüstriyel enzim üretimi ve yeni biyolojik aktif bileşiklerin keşfi açısından umut vadeden bir mikroorganizma olarak değerlendirilmektedir.
Özet (Çeviri)
Thermophilic bacteria possess significant potential for industrial and biotechnological applications due to their metabolic diversity and heat-resistant enzymes. This study aimed to identify the Aeribacillus sp. A364 strain at the species level and evaluate its functional genomic capacity. First, the species identification of the strain was performed using 16S rRNA gene analysis, which determined it to be Aeribacillus composti A364. Subsequently, phylogenomic analyses were conducted; the phylogenetic position was determined by calculating the average nucleotide identity (ANI), digital DNA–DNA hybridization (dDDH), average amino acid identity (AAI), and percentage of conserved proteins (POCP). Data obtained using a hybrid genome sequencing strategy were annotated after de novo assembly, and genome integrity and quality control analyses were performed. The A364 genome was also compared with A. composti KCTC 33824T, Aeribacillus pallidus KCTC 3564T, and Halolactibacillus halophilus DSM 17073T. The results showed that the A364 strain has the genetic capacity for antimicrobial peptide, terpenoid, and vitamin biosynthesis pathways. Notably, the presence of genes related to the biosynthesis of B1, B2, biotin, pyridoxal phosphate, and the molybdopterin cofactor (Moco) indicates the potential of this bacterium to produce biotechnologically valuable metabolites. Therefore, the A. composti A364 strain is considered a promising microorganism for bioremediation, industrial enzyme production, and the discovery of new biologically active compounds.
Benzer Tezler
- Kars şeker fabrikasındaki bakterilerin çeşitliliğin tanımlanması, karakterizasyonu ve hidrolaz enzim üretebilme potansiyelerinin belirlenmesi
Determination of bacterial diversity, characterization and production potentials of hydrolase enzymes in Kars sugar factory
ÜNAL ALKAŞİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
MikrobiyolojiKafkas ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ORHAN ULUÇAY
- Bacillus sp. suşlarından izole edilen asidik, alkali, termostabil amilaz ve pullulanaz enzimlerinin üretimi, karakterizasyonu ve biyoteknolojik kullanım olanaklarının araştırılması
The investigation of the production, characterization and biotechnological usage possibilities of the acidic, alkaline, thermostable amylase and pullulanase enzymes isolated from Bacillus sp.
NİHAN ARABACI
- Kütinaz üreticisi mikroorganizmaların izolasyonu, saflaştırılması, karakterizasyonu ve plastiklerin biyobozunurluğundaki etkisinin araştırılması
Isolation, purification, characterization of cutinase producing microorganisms and investigation of the effect on biodegradability of plastics
SERMİN YILDIRIM
Doktora
Türkçe
2026
MikrobiyolojiBursa Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAMDİ ÖĞÜT
- Investigation of antibiotic resistance, bacteriocin and enzyme production of haloversatile bacteria in salt used for skin preservation, controlling with an antimicrobial substance
Deri korumasında kullanılan tuzda bulunan haloversatile bakterilerin antibiyotik direnci, bakteriyosin ve enzim üretiminin araştırılması, bir antimikrobiyal madde ile kontrolü
HAIDER SABAH ABDULHUSEIN ABDULHUSEIN
Doktora
İngilizce
2023
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. PINAR ÇAĞLAYAN
- Çeşitli tek yıllık bitkilerden izole edilmiş olan endofitbakterilerde siderofor üretim potansiyelleri
Siderophore production potentials in endophyte bacteria isolated from various annual plants
ŞİLAN ATBAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
ZiraatVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BİLGİN TAŞKIN