Geri Dön

ClPB geninin meme kanserlerindeki ifadesi, hasta sağ kalimina etkisi ve genetik/epigenetik regülasyonu

Expressıon of the CLPB gene ın breast cancers, ıts ımpact on patıent survıval and genetıc/epıgenetıc regulatıon

PDF İndir

  1. Tez No: 994400
  2. Yazar: SENA SÖNMEZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. TOLGA ACUN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Epigenetik, Epigenetic
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Dünya çapında kadınlarda en çok görülen kanser çeşidi meme kanseridir. Kemoterapi direnci meme kanseri tedavisinde sık karşılaşılan bir sorundur. Bu doğrultuda tanı ve tedaviye doğru yaklaşım sağlayabilmek için biyobelirteçlerin, anti-kanser ilaçların ve yeni hedef genlerin belirlenmesi oldukça önemlidir. CLPB geni, daha önce yapılan çalışmalarda kanserle ilişkilendirilmiştir. Anti-apoptotik özellik gösteren CLPB proteini, lösemi hücrelerinde ilaç direnci geliştirmiştir ve ayrıca hücre büyümesini destekleyici etkiler de göstermiştir. Melanoma hücrelerinde ise CLPB ifadesinin baskılanması, proliferasyon, invazyon ve migrasyon süreçlerini inhibe etmiştir. Bu çalışmada, meme kanseriyle henüz ilişkilendirilmediğini bildiğimiz ATPase AAA süper ailesine ait CLPB geninin meme kanserindeki ifade seviyeleri ve genetik/epigenetik alterasyonları araştırıldı. Meme kanseri hastalarında CLPB geninin ifade düzeyleri ve prognostik özellikleri, UALCAN ve bc-GenExMiner in-silico araçları kullanılarak analiz edildi. CLPB genine ait mRNA ifade seviyeleri, normal meme dokusu ile tüm meme kanseri alt tipleri karşılaştırıldığında, meme kanseri alt tipleri anlamlı olarak yukarı regüle edilmiştir. Yüksek CLPB ifadesi, üç farklı sağ kalım türü olan tam sağ kalım (OS), hastalıksız sağ kalım (DFS) ve uzak metastazsız sağ kalım (DMFS) ile olumsuz ilişkilidir. CLPB ifadesinin yüksek olması, bazal benzeri, luminal A ve HER2 pozitif alt tiplerinde sağ kalımı olumsuz etkilemektedir. CLPB geninin mRNA ifadesi, farklı alt tiplere sahip meme kanseri hücre hatlarında Multiplex-Semi-Q-RT-PCR ve Q-RT-PCR yöntemleri ile incelenmiştir. Meme kanseri hastalarında somatik mutasyon ve kopya sayısı varyasyonlarının (CNV) insidansı düşüktür. CLPB geninin promotor bölgesi hem tümör örneklerinde hem de hücre hatlarında, sırasıyla UALCAN ve COBRA (kombine bisülfit restriksiyon analizi) ile yapılan analizlerde hipometile bulunmuştur. CLPB genini meme kanserinde potansiyel bir tedavi hedefi ve biyobelirteç adayı olarak öneriyoruz. Meme kanserinde yüksek CLPB ifadesi ve olumsuz sağ kalım sonuçlarına ilişkin bulgularımız, bu genin melanoma ve lösemide gösterilen onkogenik rolüyle uyumludur. Genetik alterasyonlar CLPB'nin regülasyonuna ve/veya işlevine katkıda bulunmuyor gibi görünse de promotor hipometilasyonu, meme kanserinde yüksek ifadesinin nedenlerinden biri olabilir.

Özet (Çeviri)

Breast cancer is the most common type of cancer among women worldwide. Chemotherapy resistance is a frequently encountered problem in the treatment of breast cancer. In this context, the identification of biomarkers, anti-cancer drugs, and novel target genes is of great importance in order to achieve an appropriate approach to diagnosis and treatment. The CLPB gene has been associated with cancer in previous studies. The CLPB protein, which exhibits anti-apoptotic properties, has been shown to induce drug resistance in leukemia cells and to promote cell growth. In melanoma cells, suppression of CLPB expression has been reported to inhibit proliferation, invasion, and migration processes. In this study, the expression levels and genetic/epigenetic alterations of the CLPB gene, a member of the ATPase AAA superfamily that has not yet been associated with breast cancer to our knowledge, were investigated in breast cancer. The expression levels and prognostic features of the CLPB gene in breast cancer patients were analyzed using the in silico tools UALCAN and bc-GenExMiner. When CLPB mRNA expression levels were compared between normal breast tissue and all breast cancer subtypes, CLPB expression was found to be significantly upregulated in breast cancer subtypes. High CLPB expression was negatively associated with three different survival outcomes: overall survival (OS), disease-free survival (DFS), and distant metastasis-free survival (DMFS). Elevated CLPB expression negatively impacts survival in basal-like, luminal A, and HER2-positive subtypes. The mRNA expression of the CLPB gene was examined in breast cancer cell lines representing different subtypes using multiplex semi-quantitative RT-PCR and quantitative RT-PCR methods. The incidence of somatic mutations and copy number variations (CNVs) of the CLPB gene in breast cancer patients was found to be low. The promoter region of the CLPB gene was found to be hypomethylated in both tumor samples and cell lines, as determined by analyses performed using UALCAN and COBRA (combined bisulfite restriction analysis), respectively. We propose the CLPB gene as a potential therapeutic target and biomarker candidate in breast cancer. Our findings demonstrating the association between high CLPB expression and unfavorable survival outcomes in breast cancer are consistent with the oncogenic role of this gene previously reported in melanoma and leukemia. Although genetic alterations do not appear to contribute to the regulation and/or function of CLPB, promoter hypomethylation may be one of the reasons for its high expression in breast cancer.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    839146

    Kronik nötropeni hastalarının tanı ve izlemindeki klinik ve laboratuvar verilerinin incelenmesi

    Retrospective examination of clinical and laboratory data in the diagnosis and follow-up of chronic neutropenia patients

    UĞUR ERKİN ZEYTİNOĞLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    HematolojiHacettepe Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞULE ÜNAL CANGÜL

  2. Tez No

    928427

    Epetraborole antibiyotiği ve escherichia coli ilişkisinin omik yaklaşımlarla araştırılması

    Investigation of the relationship between epetraborole antibiotic and escherichia coli by omics approaches

    ANARA BABAYEVA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyolojiMuğla Sıtkı Koçman Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BEKİR ÇÖL

  3. Tez No

    334615

    Metamorfik kayaçlardaki zirkon mineralinin kristal yapısı ve metamorfizma koşullarının etkisi: Pütürge metamorfiti örneği

    Crystal structure of zircon mineral in the metamorphic rocks and metamorphism effect: Pütürge metamorphite samples

    CİHAT ATEŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Jeoloji MühendisliğiFırat Üniversitesi

    Jeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. AYŞE DİDEM KILIÇ

  4. Tez No

    84445

    Eskişehir şebeke sularında klorür, bromür, iyodür, nitrat, nitrit, amonyum iyonlarının ve arsenik, kadmiyum, alüminyum, krom, kurşun, bakır, çinko derişimlerinin saptanması

    Determination of the concentrations of chloride, bromide, iodine, nitrate, nitrite, amonium, ions and arsenic, cadmium, aluminium, chromium, lead, copper, zinc in the tap waters of Eskişehir

    İNCİ AKKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    KimyaEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. TEMİR ALİ DEMİR

  5. Tez No

    152974

    Elektrik ark ocağı baca tozlarının sinterleme özellikleri ve plazma kaplama değerlendirilmesi

    Sintering properties of electric arc furnace and its utilisation in plasma coating

    BURHAN DİNÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    Metalurji MühendisliğiSakarya Üniversitesi

    Metalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    Y.DOÇ.DR. RECEP ARTIR

Geri Dön