Kuraklık ve tuz stresi altındaki phaseolus vulgaris L'e ait set domain gen ailesinin omik yaklaşımlar ile ifade seviyelerinin belirlenmesi
Determination of expression levels of the set domain gene family belonging to phaseolus vulgaris L. under drought and salt stress using omic aproaches
- Tez No: 994480
- Danışmanlar: PROF. DR. EMRE İLHAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Biyoloji, Agriculture, Biology
- Anahtar Kelimeler: Phaseolus vulgaris, SET domain gen ailesi, abiyotik stres, domain, intron, Phaseolus vulgaris, SET domain gene family, abiotic stress, domain, intron
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erzurum Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
SET domain gen ailesi, histon metiltransferaz genleri olarak bilinen ve kromatin yapısının epigenetik düzenlenmesinde görev yapan önemli gen ailelerinden biridir. Korunmuş bir SET domaini içeren proteinler tarafından, histon kuyruklarında bulunan lizin kalıntılarının metilasyonu katalize edilmektedir. Yapılan literatür taramalarına göre, Phaseolus vulgaris'in SET domain gen ailesi için yapılan genom çaplı analiz çalışmalarının olmadığı tespit edilmiştir. Bu çalışmada, tuz ve kuraklık stres faktörlerine maruz bırakılan fasulye yapraklarında SET domain genlerinin ifade profillerinin değerlendirilmesi ve omik yaklaşımlar aracılığıyla SET domain gen ailesi üyelerinin genom çaplı analizlerinin yapılması amaçlanmıştır. Yapılan çalışma sonucunda, Phaseolus vulgaris genomunda 11 farklı kromozom üzerinde yer alan 49 SET domain geni tespit edilmiştir. P. vulgaris, Glycine max, Arabidopsis thaliana ve Hordeum vulgare türlerinden SET domain proteinleri kullanılarak filogenetik analiz yapılmıştır. P. vulgaris ve G. max türlerinin SET proteinlerinin evrimsel süreçte daha yakın ilişki gösterdiği saptanmıştır. Seçilen 10 Phvul-SET geni üzerinde RT-qPCR çalışmaları yapılarak ifade seviyeleri tuz ve kuraklık uygulamaları altında incelenmiştir. Phvul-SET-34 ve Phvul-SET-36 genlerinin tuz ve kuraklık stresine karşı aşırı ifade edilmesi ile elde edilen sonuçlar bu genin kuraklık stresine karşı yanıtta görev aldığını doğrulamıştır. Bu çalışmadan elde edilen bulguların, tuz ve kuraklık streslerine yanıt olarak Phvul-SET-34 ve Phvul-SET-36 genlerinin rolü ile ilgili literatürdeki mevcut bilgi boşluğunu doldurması beklenmektedir ve fonksiyonel çalışmalarla doğrulanması gerekebilir.
Özet (Çeviri)
The SET domain gene family is one of the important gene families known as histone methyltransferase genes, which are involved in the epigenetic regulation of chromatin structure. Proteins containing a conserved SET domain catalyze the methylation of lysine residues located in histone tails. According to the literature review, no genome-wide analysis studies have been conducted for the SET domain gene family of Phaseolus vulgaris. This study aimed to evaluate the expression profiles of SET domain genes in bean leaves exposed to salt and drought stress factors and to perform genome-wide analyses of SET domain gene family members using omics approaches. As a result of the study, 49 SET domain genes located on 11 different chromosomes were identified in the Phaseolus vulgaris genome. Phylogenetic analysis was performed using SET domain proteins from P. vulgaris, Glycine max, Arabidopsis thaliana, and Hordeum vulgare species. It was determined that the SET proteins of P. vulgaris and G. max species showed closer evolutionary relationships. Expression levels of 10 selected Phvul-SET genes were investigated under salt and drought conditions using RT-qPCR studies. Results obtained by overexpressing Phvul-SET-34 and Phvul-SET-36 genes in response to salt and drought stress confirmed that these genes play a role in the response to drought stress. The findings of this study are expected to fill the existing knowledge gap in the literature regarding the role of Phvul-SET-34 and Phvul-SET-36 genes in response to salt and drought stresses, and may require confirmation through functional studies.
Benzer Tezler
- Tuz ve kuraklık stresi altında geliştirilmiş farklı fasulye (Phaseolus vulgaris L.) çeşitlerinde lea-3 geni mRNA ifade seviyelerinin kantitatif real-tıme pcr yöntemiyle incelenmesi
Screening of lea-3 gene mRNA expression levels using with quantitative real-time pcr in different beans (Phaseolus vulgaris L.) subjected to salt and drought stress
İLKER BÜYÜK
- Tuz ve kuraklık koşulları altında fasulye genotiplerinde CHS gen ailesinin genom çaplı karakterizasyonu
Genome wide identification of chalcone synthase gene family under drought and salt stress in phaseolus Vulgaris L.
MURAT ISIYEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiErzurum Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMRE İLHAN
- Fasulye (Phaseolus vurgaris L.) genotiplerinde kuraklık ve tuz stresi koşullarında melatonin uygulamasının epigenetik değerlendirilmesi
Epigenetic evaluation of melatonin application in drought and salt stress conditions in bean (Phaseolus vulgaris L.) genotypes
RECEP AYDINYURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiErzurum Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMRE İLHAN
- Melatonin uygulanan fasulye genotiplerinde kuraklık ve tuz stresleri altında sabath gen ailesinin karakterizasyonu ve genom çaplı analizi
Genome wide analysis and characterization of sabath gene family in phaseolus vulgaris genotypes subject to melatonin under drought and salinity stresses
AHMED SİDAR AYGÖREN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyoteknolojiErzurum Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMRE İLHAN
- Fasulyede GPAT gen ailesinin karakterizasyonu ve kuraklık stresi altında PvGPAT1 geninin transgenik yaklaşımla fonksiyonunun belirlenmesi
Characterization of the GPAT gene family in bean and determination of the function of the PvGPAT1 gene under drought stress with a transgenic approach
AYŞE GÜL KASAPOĞLU
Doktora
Türkçe
2024
BiyoteknolojiErzurum Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMRE İLHAN