Identıfıcatıon of the genomıc regıons assocıated wıth the orobanche (orobanche cumana wall.) and downy mıldew (plasmopara halstedii (farl.) berlese & de toni) resıstance ın sunflower (helianthus annuus l.) usıng gwas
Ayçi̇çeği̇nde (helianthus annuus l.) orobanş (orobanche cumana wall.) ve mi̇ldi̇yö (plasmopara halstedii (farl.) berlese & de toni) direnci ile i̇li̇şki̇li̇ genomi̇k bölgelerin gwas kullanilarak tanimlanmasi
- Tez No: 1001201
- Danışmanlar: PROF. DR. MUHAMMET ŞAKİROĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Adana Alparslan Türkeş Bilim ve Teknoloji Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Ayçiçeği (Helianthus annuus L.), üretimi Ukrayna, Rusya, Arjantin, Türkiye, Romanya ve ABD'de yoğunlaşmış, dünya çapında en çok yetiştirilen üçüncü yağlı tohumdur. Ayçiçeğine olan küresel talepten dolayı ayçiçeği yetiştiriciliği artmaktadır. Bununla birlikte, ayçiçeği üretimi abiyotik ve biyotik stres faktörlerinden etkilenmektedir. Özellikle parazitik bitki Orobanş ve fungus hastalığı mildiyö, ayçiçeği üretiminde ciddi kayıplara neden olabilecek iki önemli biyotik stres faktörüdür. Bu iki problemle başa çıkmak için kimyasal, mekanik, biyolojik, kültürel vb. gibi çeşitli kontrol yöntemleri kullanılmaktadır. Her iki hastalığında hızla yaygınlaşması nedeniyle, geleneksel yöntemler sürdürülebilir ve çevre dostu çözümler sunmakta yetersiz kalmaktadır. Bu nedenle, Orobanş ve mildiyö hastalığına karşı uzun vadeli dayanıklılık elde etmek için, dayanıklılığın genetik temellerini belirlemek ve bunları ıslah programlarına dahil etmek amacıyla klasik ıslah ve genomik yaklaşımların kombinasyonlarının kullanılması gerekmektedir. Genom çapında ilişkilendirme çalışmaları (GWAS), mahsullerde ilgi çekici özellikleri kontrol eden genom bölgelerini tespit etmek için güçlü yöntemlerdir ve Orobanş ve mildiyö'yü kontrol eden genom bölgelerinin belirlenmesinde yaygın olarak kullanılmamıştır. Bu çalışmada, Orobanş ve mildiyö'ye karşı direnç durumu ve her iki hastalığa karşı direnci kontrol eden genom bölgelerinin belirlenmesine yönelik GWAS yaklaşımı kullanılmıştır. Her iki biyotik faktöre direnç ile ilgili olduğu belirlenen farklı genomik bölgeler bulunmuş olup GWAS sonrası analizlerle aday genler bulunmuştur. Bu aday genlerin teyidi ve ıslah çalışmalarında kullanımı için yeni çalışmaların hayata geçirilmesi önerilmektedir.
Özet (Çeviri)
Sunflower (Helianthus annuus L.) is the third most widely grown oilseed worldwide, the production concentrated in Ukraine, Russia, Argentina, Türkiye, Romania, and USA. Due to global demand for sunflowers, there is an increase in cultivation of sunflowers. Nonetheless, sunflower production is affected by abiotic and biotic stress factors. Particularly, the parasite plant orobanche and fungus downy mildew are the two major biotic stress factors that could cause serious losses in sunflower production. Various control methods such as chemical, mechanical, biological, cultural, etc. are used to cope with these two problems. Due to the speed proliferation of the two, the traditional methods are insufficient to provide sustainable and environmentally friendly solutions. Therefore, it is necessary to use combinations of classical breeding and genomic approaches to identify genetic bases of resistance and incorporate these into breeding programs to achieve long-term resistance to orobanche and downy mildew. Genome-wide association studies (GWAS) are powerful methods to detect genomic regions controlling the traits of interest in crops and have not been used extensively for identification of genomic regions controlling orobanche and downy mildew. In this study, the genomic regions associated with the resistance to orobanche, and downy mildew were assessed using GWAS approach and several regions were detected. Post GWAS analyses revealed several candidate genes including LOC110865598 for orobanche and LOC110917551 for mildew. Further studies could be performed to confirm the candidate genes and incorporate these into breeding programs.
Benzer Tezler
- Yeni nesil dizileme yöntemiyle solid tümör örneklerinde kanserle ilişkili genlere ait patojenik varyantların belirlenmesi ve hastalıkla olan ilişkisinin araştırılması
Identification of pathogenic variants in cancer-associated genes and investigation of their relationship with the disease in solid tumor samples using Next-Generation Sequencing(NGS) method
CANSU ÖĞE
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
GenetikKocaeli ÜniversitesiTıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NACİ ÇİNE
- A novel tool for the identification of locus-specific chromatin proteins
Lokusa özgü kromatin proteinleri tamınlanması için yeni bir araç
ANNA OGMEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. NEŞET CEVDET TOLGA EMRE
- The quest for better cancer therapies:Identification of transcription factor involvement in ATP7B regulation via dCas9-Apex2 (Caspex), TOX4 as a potential regulator of Cisplatin resistance
Cisplatin direncini aşma arayışı: ATP7B düzenlemesinde transkripsiyon faktörlerinin dCas9-Apex2 (Caspex) aracılığıyla belirlenmesi ve cisplatin direncinde bir düzenleyici olarak TOX4'ün tanımlanması
BATUHAN ALTAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEYDA AÇILAN AYHAN
DOÇ. DR. NATHAN ALLAN LACK
- Serebral kortikal gelişim malformasyonları ile ilgili olabilecek aday gen ve bölgelerin belirlenmesi
Identifiction of candidate genes and regions associated with malformation of serebral cortical development
SİNEM AĞILKAYA
Doktora
Türkçe
2014
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SULTAN CİNGÖZ
- Sağlıklı ve ishalli kedi ve köpeklerden Clostridioides difficile izolasyonu, elde edilen izolatların antibakteriyel duyarlılıkları ve genomik karakterizasyonları
Isolation of Clostridioides difficile from healthy and diarrheic cats and dogs, antibacterial susceptibilities and genomic characterizations of the isolates obtained
DOĞANCAN YARIM
Doktora
Türkçe
2025
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiVeterinerlik Mikrobiyolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEÇİL ABAY