Decodıng translatıonal regulatıon under nutrıent-depleted condıtıons ın colorectal cancer cell lınes
Besin yoksunluğu koşullarında kolorektal kanser hücre hatlarında translasyonel regülasyonun aydınlatılması
- Tez No: 1001835
- Danışmanlar: PROF. DR. SREEPARNA BANERJEE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Biyoloji, Genetics, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Tümör hücreleri, çevrelerindeki dokuların sıklıkla temel besin maddelerinden yoksun kalması nedeniyle farklı metabolik koşullara sahip ortamlarda bulunur. Kanser hücrelerinin bu koşullarda hayatta kalabilmesi, sinyal yollarını ve protein sentez sistemlerini değiştirmelerini gerektirir. Araştırma, kolorektal kanser hücrelerinin, AMPK, mTOR, MAPK ve ISR sinyal yolları aracılığıyla translasyonel kontrolü içeren hücresel ve moleküler mekanizmalar yoluyla besin eksikliğine nasıl tepki verdiğini inceliyor. Çalışma, besin yoksunluğunun hücre büyümesini sınırladığını ancak klonojenik deneyler sırasında hücre sağkalımını etkilemediğini göstermek için farklı kolorektal kanser hücre hatlarını analiz ederek; hücre ölümüne yol açmayan bir stres durumunu gösteriyor. LoVo ve HCT-116 hücreleri, mekanistik çalışmaları için stres adaptasyon özellikleri gösterdikleri için ana hücre hatları olarak kullanılırken; besin limitlenmesinden hemen sonra mTORC1 sinyalinin bloke olduğunu, AMPK aktivasyonunun ise hızla gerçekleştiğini ve hücrelerin hücre döngüsü durma durumuna girdiğini göstermek için zaman serisi analizi kullandı. Çalışma, mTOR baskılanmasının ribozomal protein S6'nın fosforile kalmasını engellemediğini, bunun da mTOR'dan bağımsız yolların aktif olduğunu göstermeyi hedeflemektedir. Çalışma, farmakolojik inhibisyon yöntemlerini kullanarak, hücreler besin kıtlığı yaşadığında MAPK sinyal yollarının RPS6 fosforilasyonunda önemli bir rol oynadığını göstermiştir. Araştırma, fonksiyonel testler kullanarak, belirli proteinlerin sentezlenmeye devam etmesine rağmen hücre genelinde protein sentezinin azaldığını göstermiştir. ATF4 susturma deneylerinden elde edilen sonuçlar, ISR'nin, besin kıtlığı yaşandığında hücreleri hasardan koruyan transkripsiyonel yanıtları nasıl aktive ettiğini göstermiştir. Araştırma, kolorektal kanser hücrelerinin, MAPK ve ATF4 sinyal yollarını kullanarak elde ettikleri mTOR inhibisyonu ve protein sentezi düzenlemesinden ayrılma yoluyla sınırlı besin koşullarında hayatta kaldığını göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Tumor cells may vary in their metabolism due to changes in the availability of nutrients. The survival of cancer cells in these conditions requires them to modify signaling pathways. Protein translation is one of the pathways that is likely to be affected significantly with low nutrient availability, as the process is highly energy-intensive. Here, we examined the cellular and molecular mechanisms of how colorectal cancer cells respond to nutrient shortages within the context of protein translation. We evaluated different colorectal cancer cell lines and observed that nutrient deprivation universally limited cell division; however, the surviving cells were highly viable. We focused the study on LoVo and HCT-116 cells as both cell lines showed the activation of nutrient-sensing pathways, such as activation of AMP Kinase and inhibition of mTOR, within 2h of nutrient depletion. However, these cell lines also displayed continued activation of Ribosomal Protein S6 (RPS6), a key protein in the small ribosomal subunit and a target of mTOR in the nutrient-depleted cells. Pharmacological inhibition experiments showed that the MAPK pathway played a critical role in RPS6 phosphorylation when the cells experienced nutrient scarcity. Although global protein synthesis showed a decrease with nutrient depletion, specific proteins continued to be translated to ensure cell survival. One of the mechanisms was the activation of the Integrated Stress Response (ISR) protein ATF4, which is known to transcriptionally activate stress response genes. Overall, our data suggests that colorectal cancer cells survive under limited nutrients by ensuring the synthesis of key proteins via the MAPK and ATF4 signaling pathways.
Benzer Tezler
- Madencilikte bilgisayar uygulamaları ve SURPAC 2000 yazılımı ile bir saha çalışması
Başlık çevirisi yok
TANER ERDOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Maden Mühendisliği ve Madencilikİstanbul Teknik ÜniversitesiKazı Mekanizasyonu Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HASAN ERGİN
- Analysis of motifs in microRNA-transcription factor gene regulatory networks
MikroRNA-transkripsiyon faktörü gen regülasyon ağlarında motif analizi
BİLGE SÜRÜN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
İstatistikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AYBAR CAN ACAR
DOÇ. DR. VİLDA PURUTÇUOĞLU GAZİ
- Havacılık jeopolitiği, potansiyel bölgenin tespiti ve tespit edilen bölgedeki bir uçak bakım merkezinin ekonomik modellemesinin yapılması
Identification of potential investment region by the aviation geopolitics and economical modelling of maintenance repair and overhaul facility at this region
AHMET UMUR ÇAKMAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Uçak Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiUçak ve Uzay Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM ÖZKOL
- The effects of passive familiarization on neural and behavioral discrimination of acoustic signals
Başlık çevirisi yok
EFE SOYMAN
Doktora
İngilizce
2018
PsikolojiRutgers, The State Unıversıty Of New Jersey-New Brunswıck CampusDR. DAVID S. VICARIO
- Parça yerleştirme algoritmalarının postal oluşturma problemine uygulanması
Başlık çevirisi yok
FİLİZ BUNYAK
Yüksek Lisans
Türkçe
1996
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiDOÇ.DR. FÜSUN TUNALI (SEÇUK)