Kumarin 6 ve 7 bileşikleri ile α-kimotripsin arasındaki moleküler etkileşimlerin spektroskopik tekniklerle incelenmesi
Spectroscopic investigation to molecular interaction of coumarin 6 and 7 derivatives on chymotrypsin
- Tez No: 1005057
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TUĞBA BAYRAKTUTAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Iğdır Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kimotripsinler, hayvanlar ve insanlarda sindirim süreci sırasında proteinlerdeki belirli peptit bağlarının hidrolizini katalize etmekten sorumlu bir enzim grubudur. Geniş bir substrat özgüllüğü göstermelerine rağmen, özellikle aromatik yan zincirli amino asitlerin (fenilalanin, tirozin ve triptofan gibi) ve belirli alifatik yan zincirlerin (lösin, metiyonin ve diğerleri dahil) açil grupları tarafından oluşturulan peptit bağlarına karşı etkilidirler. Enzim özelliklerinin tanımlanmasında kaçınılmaz bir parametre olarak, enzim-ligand etkileşimlerinin incelenmesi büyük ilgi görmektedir. Alfa-Kimotripsin (α-Chy), protein sindirimi için esastır ve insan sağlığında önemli bir rol oynar. Pankreatik enzimler, özellikle α-Chy, proteinlerin metabolik süreçleri için esastır ve birçok terapötik ve farmakolojik araştırmalar, inaktif kimotripsinojeninden elde edilen α-Chy'i hedeflemektedir. Aynı zamanda α-Chy, bir dizi fizyolojik süreç ve bozuklukta yer alır ve pankreas fonksiyonunun bir biyobelirteci olarak bilinir. Bu nedenle, farklı canlı hücrelerdeki göreli α-Chy seviyelerini değerlendirmek ve yaptığı etkileşimleri anlamak önemli bir gereklilik olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu tez çalışmasında, güçlü floresans özelliklere sahip bir seri kumarin boyası olan Kumarin 6 (C6) ve Kumarin 7 (C7) bileşiklerinin α-Chy ile arasındaki etkileşimler, floresans spektroskopisi tekniği kullanılarak karakterize edilmiştir. Bu tez çalışmasında elde edilen bulgulara göre, kumarin türevi probların (C6 ve C7) ve α-Chy'nin bir arada bulunduklarında floresans özelliklerinde değişiklikler meydana gelmiş ve bu değişiklikler α-Chy'yi takip etme olanağı sunmuştur. Kumarin boyaları ile α-Chy arasında dinamik bir kuençleşme meydana geldiği ve 105 M-1 mertebesinde bir bağlanma tespit edilmiştir. Aynı zamanda enzimin ikincil yapısında konformasyonel değişimlerin meydana geldiği, senkronize ve üç boyutlu floresans ölçümleriyle belirlenmiştir. Enzimin problar varlığında inhibisyon aktivitesi de belirlenmiştir. Bu tez çalışması, kullanılan biyouyumlu kumarin türevleri, endojen kimotripsine bağlanma dinamiklerini belirlemek ve endojen kimotripsini tespit olanağı sunabilmesi açısından önemlidir. Bu durum α-Chy'nin bağlanma dinamiklerinin belirlenmesine ve kimotripsin ilaçlarının tespit edilmesine olanak sunabilecek diğer çalışmaların önünü açacaktır.
Özet (Çeviri)
Chymotrypsins are a group of enzymes responsible for catalyzing the hydrolysis of specific peptide bonds in proteins during the digestive process in animals and humans. Although they exhibit broad substrate specificity, they are particularly effective against peptide bonds formed by acyl groups of aromatic side-chain amino acids (such as phenylalanine, tyrosine, and tryptophan) and certain aliphatic side chains (including leucine, methionine, and others). The study of enzyme-ligand interactions is of great interest as an inevitable parameter in defining enzyme properties. Alpha-chymotrypsin (α-Chy) is essential for protein digestion and plays a significant role in human health. Pancreatic enzymes, particularly α-Chy, are essential for protein metabolic processes, and many therapeutic and pharmacological studies target α-Chy derived from inactive chymotrypsin. At the same time, α-Chy is involved in a range of physiological processes and disorders and is known as a biomarker of pancreatic function. Therefore, evaluating the relative levels of α-Chy in different living cells and understanding its interactions is an important requirement. Therefore, in this thesis study, the interactions between the α-Chy and the coumarin 6 (C6) and coumarin 7 (C7) compounds, which are a series of coumarin dyes with strong fluorescence properties, were characterized using fluorescence spectroscopy. According to the findings of this thesis study, the fluorescence properties of coumarin derivative probes (C6 and C7) and α-Chy changed when they were present together, and these changes offered the possibility of tracking α-Chy. Dynamic quenching occurred between the dyes of coumarin and α-Chy, and a binding constant of the order of 105 M-1 was determined. It was also determined by synchronized and three-dimensional fluorescence measurements that conformational changes occurred in the enzyme's secondary structure. Inhibition activity was also determined in the presence of enzyme probes. This thesis study is important because it determines the binding dynamics of the biocompatible coumarin derivatives used to endogenous chymotrypsin and offers the possibility of detecting endogenous chymotrypsin. This situation will pave the way for other studies that could enable the determination of α-Chy's binding dynamics and the identification of chymotrypsin drugs.
Benzer Tezler
- Scorzonera ketzkhovelii grossh. taksonunun kimyasal bileşimi ve bazı biyolojik aktiviteleri üzerinde araştırmalar
Research on chemical composition and some biological activities of scorzonera ketzkhovelii grossh. taxon
FATMA GÖÇ
- Anthriscus nemorosa (M. BİEB.) spreng. ve Zosima absinthifolia link türleri üzerinde araştırmalar
Investigation on anthriscus nemorosa (M BİEB.) spreng. and zosima absinthifolia link species
SERDAR VOLKAN YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Eczacılık ve FarmakolojiAtatürk ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SONGÜL KARAKAYA
- Bazı Salvia türlerinin sekonder metabolitlerinin analizi, genomik karakterizasyonu ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Analysis, genomic characteristics and biological activities of secondary metabolites of some Salvia species
SEDA DAMLA HATIPOĞLU
Doktora
Türkçe
2017
Botanikİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TURAN ÖZTÜRK
PROF. DR. GÜLAÇTI TOPÇU
- Bazı ferula L. türleri üzerinde farmakognozik araştırmalar
Pharmacognostical studies on some ferula L. species
ÇİĞDEM KAHRAMAN
Doktora
Türkçe
2016
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZELİHA ŞÜKRAN AKDEMİR
- Bazı Scrophularıaceae bitkilerindeki sekonder metabolitlerin aktivite kontrollü izolasyonu, yapılarının aydınlatılması ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Bio-guided isolation and characterization of secondery metabolites in Scrophulariaea and investigation of their some biological activities
YAKUP ULUTAŞ
Doktora
Türkçe
2022
KimyaErzincan Binali Yıldırım ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EKREM KÖKSAL
DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜSEYİN AKŞİT