Bafra ovası çeltik tarlalarının aktinobakteri biyoçeşitliliğinin belirlenmesi ve konumsal dağılım haritalanması
Determination of actinobacteria biodiversity and spatial distribution mapping of bafra plain rice fields
- Tez No: 1005901
- Danışmanlar: PROF. DR. KAMİL IŞIK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Biyoloji, Microbiology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Aktinomisetler, Bafra Ovası, Bakteriler, Biyoinformatik, Biyoloji, Biyolojik çeşitlilik, Biyoteknoloji, Coğrafi bilgi sistemleri, Çeltik, Actinomycetes, Bafra Plain, Bacteria, Bioinformatics, Biology, Biological diversity, Biotechnology, Geographical information systems, Paddy
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Toprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Toprak Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu doktora tez çalışmasıyla, Bafra Ovası çeltik tarlalarının aktinobakteri biyoçeşitliliğinin tespiti, yeni tür potansiyeline sahip izolatların genomik karakterizasyonu ve biyoteknolojik potansiyellerinin belirlenmesi amaçlanmaktadır. Bu kapsamda Bafra Ovası'ndaki 26 farklı lokaliteden alınan toprak örneklerinden dilüsyon plaka yöntemiyle aktinobakteri izolasyonu gerçekleştirildi. İzolasyon çalışmalarında 10 farklı besiyeri kullanıldı ve mikroorganizmaların gelişim özellikleri, spor renkleri, substrat renkleri ve pigment renklerine göre toplam 486 aktinobakteri izolatı seçilip stoklandı. Ayrıca petrilerden aktinobakteri koloni sayımları yapılarak dağılım haritaları oluşturuldu. 486 izolat arasından 84 izolatın DNA izolasyonları ve 16S rRNA geni sekans analizleri yapıldı. Filogenetik analizler sonucunda 13 farklı aktinobakteri cinsi belirlendi ve 26 izolatın yeni tür olma potansiyeline sahip olduğu tespit edildi. Yeni tür olma potansiyeli taşıyan izolatların cinslere göre dağılımı şu şekildedir: Actinopolymorpha cinsi üç izolat, Acrocarpospora cinsi bir izolat, Actinocorallia cinsi bir izolat, Actinomadura cinsi bir izolat, Nonomuraea cinsi altı izolat, Micromonospora cinsi dört izolat, Mycobacterium cinsi bir izolat, Plantactinospora cinsi üç izolat, Sphaerisporangium cinsi bir izolat ve Streptomyces cinsinden beş izolattır. Bu izolatlardan 24 tanesinin tüm genom analizi MicrobesNG firmasına yaptırıldı. Elde edilen tüm genom verileriyle; genom ağaçlarının oluşturulmasında TYGS, filogenetik ağaçların oluşturulmasında MEGA 12, sekonder metabolit taramalarında antiSMASH sunucusu, genom anotasyonu verilerine göre fonksiyonel gen dağılımlarının belirlenmesinde RAST platformu kullanıldı. Ayrıca bu izolatlarla, kemotaksonomik karakterizasyonlarının tespiti, morfolojik ve fizyolojik özelliklerinin belirlenmesi çalışmaları yapıldı. Cinslere ait yeni bir türü temsil etme potansiyeli taşıyan izolatlara ait tüm genom dizileri analiz edilerek izolatların dDDH değerleri, ANI değerleri, genom ağaçları, izolatların sahip oldukları biyosentetik gen kümeleri gibi veriler tespit edilerek değerlendirildi. Sekansı yapılan 84 izolat ile 10 farklı patojen organizmaya karşı geliştirdikleri antimikrobiyal aktiviteleri test edildi. Ayrıca, İAA üretimi, siderofor üretimi, azot fiksasyonu ve amonyak üretimi gibi analizler yapılarak izolatların bitki gelişim aktiviteleri test edildi. Polifazik taksonomik çalışmaları tamamlanan izolatlarının yeni tür oldukları kesinlik kazandırılarak literatüre kazandırılmaları planlanmaktadır.
Özet (Çeviri)
This doctoral dissertation aims to determine the actinobacterial biodiversity of rice fields in the Bafra Plain, conduct genomic characterization of isolates with novel species potential, and assess their biotechnological potential. Within this scope, actinobacterial isolation was performed from soil samples collected from 26 different localities in the Bafra Plain using the dilution plate method. Ten different culture media were employed in the isolation studies, and a total of 486 actinobacterial isolates were selected and stored based on their growth characteristics, spore colors, substrate colors, and pigment colors. Additionally, distribution maps were generated by enumerating actinobacterial colonies from the petri dishes. DNA isolation and 16S rRNA gene sequence analyses were conducted for 84 isolates among the 486 isolates. Phylogenetic analyses revealed 13 different actinobacterial genera, and 26 isolates were identified as having novel species potential. The distribution of isolates with novel species potential according to genera is as follows: three isolates of the genus Actinopolymorpha, one isolate of Acrocarpospora, one isolate of Actinocorallia, one isolate of Actinomadura, six isolates of Nonomuraea, four isolates of Micromonospora, one isolate of Mycobacterium, three isolates of Plantactinospora, one isolate of Sphaerisporangium, and five isolates of Streptomyces. Whole genome analysis was performed for 24 of these isolates by MicrobesNG. Using the obtained whole genome data, TYGS was utilized for constructing genome trees, MEGA 12 for phylogenetic tree construction, the antiSMASH server for secondary metabolite screening, and the RAST platform for determining functional gene distributions based on genome annotation data. Furthermore, chemotaxonomic characterization and determination of morphological and physiological properties were conducted with these isolates. Whole genome sequences of isolates with the potential to represent novel species of their respective genera were analyzed, and data such as dDDH values, ANI values, genome trees, and biosynthetic gene clusters possessed by the isolates were determined and evaluated. Antimicrobial activities of the 84 sequenced isolates against 10 different pathogenic organisms were tested. Moreover, plant growth-promoting activities of the isolates were assessed by conducting analyses including IAA production, siderophore production, nitrogen fixation, and ammonia production. Upon completion of polyphasic taxonomic studies, isolates confirmed as novel species are planned to be contributed to the literature.
Benzer Tezler
- Bafra Ovası sağ sahil topraklarının sulama açısından bazı fiziksel ve kimyasal özelliklerindeki değişimin modeller ile tahmini
Estimation of variations in some physical and chemical properties in terms of irrigation of the right coastal soils of Bafra Plain by models
SEVDA TAŞAN
Doktora
Türkçe
2018
ZiraatOndokuz Mayıs ÜniversitesiTarımsal Yapılar ve Sulama Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YUSUF DEMİR
- Farklı arazi hazırlama ile farklı sulama suyu derinliklerinin çeltik (Oryza sativa L.) verimine ve su kullanım randımanına etkisi
Effect of different land preparation practices and different irrigation water depth on rice (Oryza sativa L.) and water use efficiency
MAHAMEDOU DRAME
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
ZiraatOndokuz Mayıs ÜniversitesiTarımsal Yapılar ve Sulama Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KADİR ERSİN TEMİZEL
- Cografi bilgi sistem modellemesi ile çeltik arazi uygunluk sınıflarının belirlenmesi
Determination of land suitability classification for rice cultivation using geographic information system
FİKRET SAYGIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
ZiraatOndokuz Mayıs ÜniversitesiToprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ORHAN DENGİZ
- Bafra Ovası'nda yer altı suyundan yararlanma ve doğal çevre ilişkisi
Utilization of underground water Bafra Plain and natural environment relationship
HÜSEYİN MERTOL
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
CoğrafyaOndokuz Mayıs ÜniversitesiCoğrafya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMALETTİN ŞAHİN
- An experimental study of shock wave/boundary layer interactions in supersonic inlets
Sesüstü hava alıklarında şok dalgası sınır tabakası etkileşiminin deneysel incelenmesi
SERDAR SEÇKİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Uçak Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiUçak ve Uzay Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KEMAL BÜLENT YÜCEİL