Geri Dön

Samsun ilinde yayılış gösteren bazı orkide türlerinden izole edilen aktinomisetlerin moleküler karakterizasyonu, antimikrobiyal ve antioksidan aktiviteleri

Molecular characterization, antimicrobial and antioxidant activities of actinomycetes isolated from some orchid species distributed in Samsun province

PDF İndir

  1. Tez No: 1006055
  2. Yazar: SİMGE NUR ER
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. HAYRETTİN SAYGIN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Antimikrobiyal aktivite, Antioksidan aktivite, Endofitik bakteri, Moleküler karakterizasyon, Orchidaceae, Antimicrobial activity, Antioxidant activity, Endophytic bacteria, Molecular Characterisation, Orchidaceae
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Bu tez çalışmasında, Samsun ilinde doğal yayılış gösteren Anacamptis laxiflora, Serapias cordigera, Serapias vomeracea, Limodorum abortivum ve Ophrys apifera türlerinden izole edilen endofitik aktinomisetlerin biyolojik ve biyoteknolojik potansiyeli araştırılmıştır. Çalışmanın temel amacı, bu orkidelerle ilişkili endofitik aktinomisetlerin çeşitliliğini ortaya koymak, antimikrobiyal ve antioksidan aktivitelerini değerlendirmek ve yeni tür olma potansiyeli taşıyan izolatları genomik düzeyde karakterize etmektir. Çalışma kapsamında, orkide kök, gövde ve yaprak dokularından seçici izolasyon yöntemleri kullanılarak toplam 32 endofitik bakteri izolatı elde edilmiştir. 16S rRNA gen dizilerine dayalı filogenetik analizler sonucunda izolatların 23 tanesinin aktinomiset olduğu belirlenmiştir. Bu izolatların başta Streptomyces cinsi olmak üzere Micromonospora ve Microbacterium cinsleri üyesi oldukları tespit edilmiştir. Antimikrobiyal aktivite açısından özellikle Streptomyces izolatları ön plana çıkmış; Streptomyces sp. 4HG90, Klebsiella quasipneumoniae ATCC 700603'e karşı 42 mm zon çapı ile en yüksek inhibisyonu göstermiştir. Yakın filogenetik ilişki gösteren Streptomyces sp. 4HG68, Streptomyces sp. 4RK73, Streptomyces sp. 4SK76 ve Streptomyces sp. 4HG90 ile Streptomyces sp. 4HG88 test edilen patojen suşlara karşı daha etkili sonuçlar sergilemişlerdir. Bununla birlikte, Micromonospora sp. 2SG51 izolatı ise Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 gelişimini güçlü şekilde inhibe etmiştir. Antioksidan kapasite DPPH, FRAP, indirgeme gücü ve metal şelatlama testleriyle değerlendirilmiş; DPPH IC50 değerlerine göre en güçlü antioksidanlar Micromonospora sp. 1NG14 (127,47 µg/mL), Streptomyces sp. 4RG92 (230,73 µg/mL) ve Microbacterium sp. 5RG102 (279 µg/mL) olmuştur. FRAP sonuçları genel olarak 135,88-376,20 µg TE/mg aralığında değişmiştir. İndirgeyici güç açısından Micromonospora sp. 1NG14 (43,86 µg TE/mg) en yüksek aktiviteyi sergilemiştir. Metal şelatlama aktivitesi 2000 µg/mL'de test edilen izolatlar arasında en yüksek Streptomyces sp. 4RG92 (%70,07)'de belirlenmiştir. ANI ve dDDH temelli karşılaştırmalı genomik analizler, 2SG51, 1SG22, 2RG50 ve 4HG90 izolatlarının en yakın tip suşlardan anlamlı biçimde ayrıştığını ve yeni tür statüsünde değerlendirilmesi gerektiğini ortaya koymuştur. Sonuç olarak, bu çalışma orkide endofitik aktinomisetlerinin güçlü biyoaktif kaynak olduğunu ve yeni tür keşfi açısından yüksek potansiyele sahip adaylar barındırdığını göstermektedir.

Özet (Çeviri)

In this thesis, the biological and biotechnological potential of endophytic actinomycetes isolated from Anacamptis laxiflora, Serapias cordigera, Serapias vomeracea, Limodorum abortivum and Ophrys apifera species naturally distributed in Samsun Province was investigated. The main objectives of the study were to reveal the diversity of endophytic actinomycetes associated with these orchid species, to evaluate their antimicrobial and antioxidant activities, and to characterize isolates with potential novel species status at the genomic level. Within the scope of the study, a total of 32 endophytic bacterial isolates were obtained from orchid root, stem and leaf tissues using selective isolation methods. Based on 16S rRNA gene sequence analyses, 23 of these isolates were identified as actinomycetes, belonging mainly to the genera Streptomyces, Micromonospora and Microbacterium. In terms of antimicrobial activity, Streptomyces isolates were particularly prominent. Streptomyces sp. 4HG90 exhibited the highest inhibition against Klebsiella quasipneumoniae ATCC 700603 with a 42 mm inhibition zone. Phylogenetically related isolates including Streptomyces sp. 4HG68, 4RK73, 4SK76, 4HG90 and 4HG88 showed stronger inhibitory effects against the tested pathogenic strains. In addition, Micromonospora sp. 2SG51 strongly inhibited the growth of Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853. Antioxidant capacity was evaluated using DPPH, FRAP, reducing power and metal chelation assays. According to DPPH IC50 values, the strongest antioxidant activities were observed in Micromonospora sp. 1NG14 (127.47 µg/mL), Streptomyces sp. 4RG92 (230.73 µg/mL) and Microbacterium sp. 5RG102 (279 µg/mL). FRAP values ranged between 135.88 and 376.20 µg TE/mg, while Micromonospora sp. 1NG14 exhibited the highest reducing power (43.86 µg TE/mg). In the metal chelation assay (2000 µg/mL), the highest activity was observed in Streptomyces sp. 4RG92 (70.07%). Whole-genome comparisons based on ANI and dDDH analyses revealed that isolates 2SG51, 1SG22, 2RG50 and 4HG90 were genomically distinct from their closest type strains and should be considered as novel species. Overall, this study demonstrates that orchid-associated endophytic actinomycetes represent a strong source of bioactive potential and constitute promising candidates for novel species discovery.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    343639

    Türkiye'nin bazı tatlı su göllerinde yayılış gösteren ponto-caspien kökenli Potamothrix hammoniensis'in (Clitellata) filocoğrafyası ve coğrafik genetik analizi

    Phylogeography and geographic genetic analysis of Potamothrix hammoniensis (Clitellata) which is a ponto-caspian origin having distribution in some fresh water lakes of Turkey

    DENİZ KARA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    BiyolojiEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NAİME ARSLAN

    YRD. DOÇ. DR. ERTAN MAHİR KORKMAZ

  2. Tez No

    915912

    Orta Karadeniz (Samsun, Tokat, Çorum ve Amasya) bölgesinde farklı yüksekliklerden toplanan ısırgan (Urtica dioica L.) ekotiplerinin bazı karakteristik özelliklerinin belirlenmesi

    Determination of some characteristic features of nettle (Urtica dioica L.) ecotypes collected from different heights in the central black sea (Samsun, Tokat, Çorum and Amasya) region

    HATİCE ŞAHİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    ZiraatOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SELİM AYTAÇ

  3. Tez No

    882836

    Akkavak (Populus alba L.) popülasyonlarında genetik çeşitliliğin moleküler belirteçler ile tespiti

    Detection of genetic diversity in white poplar (Populus alba L.) populations by molecular markers

    BURCU UZAN EKEN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyoteknolojiGebze Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YELDA ÖZDEN ÇİFTÇİ

  4. Tez No

    5836

    Samsun ilinde mısırlarda görülen fungal hastalıklar ve yayılışları

    Fungal diseases of corn and their incidence in Samsun

    GÜRSEL HATAT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1988

    ZiraatAnkara Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SALİH MADEN

  5. Tez No

    389591

    Samsun ilindeki Mus musculus (Linnaeus,1758)? un karyolojik özellikleri (Mammalıa: Rodentıa)

    Karyogical characteristics of Mus musculus (Linnaeus,1758) in Samsun province (Mammalia: Rodentia)

    AYŞE MERVE KARÖZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    ZoolojiKırıkkale Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NURSEL AŞAN BAYDEMİR

Geri Dön