Geri Dön

İnsan SLC6A4 ve Caenorhabditis elegans Ortolog Geni Mod-5'in Karşılaştırılması

Comparison of Human SLC6A4 and Caenorhabditis elegans Orthologous Gene Mod-5

  1. Tez No: 1008491
  2. Yazar: GÜLSÜM SARITAŞ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. SÜMEYYE AYDOĞAN TÜRKOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Balıkesir Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Serotonin (5-hidroksitriptamin, 5-HT), merkezi sinir sistemi ve periferik dokularda çok sayıda fizyolojik sürecin düzenlenmesinde rol oynayan önemli bir monoamindir. Serotonin sinyalinin düzenlenmesinde kritik öneme sahip olan serotonin geri alım taşıyıcı proteini (SERT), insanlarda SLC6A4 geni tarafından kodlanmaktadır. Serotonerjik sistemin evrimsel olarak korunmuş olması bu sistemin farklı organizmalarda karşılaştırmalı olarak incelenmesine olanak sağlamaktadır. Bu bağlamda, Caenorhabditis elegans'ta serotoninin geri alımından sorumlu olan MOD-5 geni, insan SLC6A4 geninin fonksiyonel homologu olarak kabul edilmektedir. Bu çalışmanın amacı, insan SLC6A4 geni ile C. elegans MOD-5 geni arasındaki genetik ve promotör düzeyindeki benzerliklerin biyoinformatik araçlar kullanılarak belirlenmesi ve serotonerjik sistemin kanserle olan ilişkilerinin değerlendirilmesidir. Çalışmada NCBI, BLAST, BioEdit, Primer3, EPD ve KEGG Pathways gibi biyoinformatik veri tabanları ve analiz araçları kullanılmıştır. Yapılan dizisel hizalama analizlerinde, SLC6A4 ve MOD-5 genleri arasında 250 bç ile 2840 bç arasında değişen bölgelerde anlamlı benzerlikler tespit edilmiştir. Protein dizileri üzerinden gerçekleştirilen BLAST analizlerinde ise iki gen arasında yaklaşık %85 oranında amino asit benzerliği olduğu belirlenmiştir. SLC6A4 ve MOD-5 genlerine özgü olarak tasarlanan primerlerin hedef genlerle %100 benzerlik gösterdiği saptanmıştır. Ayrıca SLC6A4 geninin promotör bölgesi NCBI ve EPD veri tabanları kullanılarak belirlenmiş ve gen ekspresyonunun düzenlenmesinde rol oynayan düzenleyici bölgeler tanımlanmıştır. KEGG Pathways analizleri, serotoninin MAPK ve PI3K/Akt gibi kanserle ilişkili sinyal yolaklarında etkili olduğunu göstermiştir. Ayrıca farklı kanser ve sağlıklı hücre hatlarında SLC6A4 mRNA seviyesi araştırılmıştır. Du145, PC-3, Ln-Cap, Saos-2, HT-29 ve HUVEC hücre hatlarında gözlenen ifade seviyesi UALCAN platformunda sağlıklı ve tümör dokularında da analiz edilmiştir. Genin bu dokulardaki metilasyon seviyeside incelenmiştir. Elde edilen bulgular, MOD-5 geninin insan SLC6A4 geninin fonksiyonel bir homologu olduğunu desteklemekte ve serotonerjik sistemin kanser biyolojisinde önemli bir rol oynadığını ortaya koymaktadır. Bu çalışma, serotonerjik sistemin moleküler mekanizmalarının anlaşılmasına katkı sağlamakta ve gelecekte yapılacak deneysel ve terapötik çalışmalara altyapı oluşturabilecek niteliktedir.

Özet (Çeviri)

Serotonin (5-hydroxytryptamine, 5-HT) is an important monoamine that plays a key role in the regulation of numerous physiological processes in both the central nervous system and peripheral tissues. The serotonin reuptake transporter protein (SERT), which is essential for the regulation of serotonergic signaling, is encoded by the SLC6A4 gene in humans. The evolutionary conservation of the serotonergic system allows comparative studies across different organisms. In this context, the MOD-5 gene in Caenorhabditis elegans, responsible for serotonin reuptake, is considered a functional homolog of the human SLC6A4 gene. The aim of this study was to determine the genetic and promoter-level similarities between the human SLC6A4 gene and the C. elegans MOD-5 gene using bioinformatic tools, and to evaluate the relationship between the serotonergic system and cancer. Bioinformatic databases and analysis tools including NCBI, BLAST, BioEdit, Primer3, EPD, and KEGG Pathways were used in this study. Sequence alignment analyses revealed significant similarities between the SLC6A4 and MOD-5 genes in regions ranging from 250 bp to 2840 bp. Protein-based BLAST analyses demonstrated approximately 85% amino acid sequence similarity between the two genes. The primers designed specifically for SLC6A4 and MOD5 showed 100% similarity with their target genes. In addition, the promoter region of the SLC6A4 gene was identified using the NCBI and EPD databases, and regulatory regions involved in gene expression were characterized. KEGG Pathways analysis indicated that serotonin is involved in cancer-related signaling pathways, including MAPK and PI3K/Akt. In addition, SLC6A4 mRNA levels were investigated in different cancer and healthy cell lines. Expression levels observed in Du145, PC-3, Ln-Cap, Saos-2, HT-29, and HUVEC cell lines were also analyzed in healthy and tumor tissues using the UALCAN platform. The methylation level of the gene in these tissues was also examined. The findings of this study support that the MOD-5 gene is a functional homolog of the human SLC6A4 gene and demonstrate that the serotonergic system plays a significant role in cancer biology. This study contributes to the understanding of the molecular mechanisms of the serotonergic system and provides a foundation for future experimental and therapeutic studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    803453

    SLC6A4 ve monoamin oksidaz a genlerinin obsesif kompulsif bozuklukta incelenmesi

    Investigation of SLC6A4 and monoamine oxidase a genes in obsessive compulsive disorder

    JANSED BERFİN YILDIZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Genetikİstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MÜJGAN CENGİZ

  2. Tez No

    477233

    Finansal yatırım kararlarında genetik etkiler: Duygusal ön yargılar analizi

    Genetic effects on financial investment decisions: Emotional biases analysis

    SEZEN GÜNGÖR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    İşletmeTrakya Üniversitesi

    İşletme Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ENGİN DEMİREL

  3. Tez No

    837993

    Alkole bağlı olmayan yağlı karaciğer hastalığı hücre kültürü modelinde punikalajinin sirkadiyen ritim mekanizmaları üzerine etkisinin incelenmesi

    Investigation of the effect of punicalagin on non-alcoholic fatty liver disease in cell culture model within the frame of circadian rhythm mechanisms

    ECE ÖZTÜRK AYDIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Beslenme ve DiyetetikSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Beslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ BANU BAYRAM

  4. Tez No

    817791

    Dishormonogenezli konjenital hipotirodi hastalarında yeni nesil dizi analizi ile genetik etiyoloji değerlendirilmesi

    Evaluation of genetic etiology with a new generation sequence analysis in congenital hypothrody patients with dishormonogenesis

    ÜMRAN POTA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıPamukkale Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SELDA AYÇA ALTINCIK

    PROF. DR. GÖKHAN OZAN ÇETİN

  5. Tez No

    306263

    Türk toplumunda ailesel nonsendromik işitme kaybının genetik temelinin araştırılması

    The investigation of the genetic base of the familial nonsyndromic hearing loss in turkish population

    ASLI SUBAŞIOĞLU UZAK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    GenetikErciyes Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUNİS DÜNDAR

Geri Dön