Molecular monitoring of antibiotic resistance in clinical and environmental pseudomonas aeruginosa isolates from baghdad
Bağdat'tan klinik ve çevresel pseudomonas aeruginosa izolatlarında antibiyotik direncinin moleküler izlenmesi
- Tez No: 1009068
- Danışmanlar: PROF. DR. ABDURRAHMAN AYVAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: P. aeruginosa, PCR, MALT, P. aeruginosa, PCR, MALT
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) is one of the most common opportunistic gram negative bacteria, posing a significant threat to humans and the environment due to its ability to adapt and evolve resistance mechanisms, this facilitates its easy transmission in hospitals and the environment. This study aimed to compare the phenotypic and genotypic characteristics of clinical and environmental P. aeruginosa isolates. This study collected 160 samples, including 95 from hospitalized patients and 65 from the environment, specifically water sources near hospitals in Baghdad, Iraq. Some procedures were carried out on these isolates to further identify them and confirm them using standard microbiological methods, selective culture media, biochemical tests, and the VITEK 2 Compact System. Then, a process was carried out to determine the resistance parameters using Multi Locus Sequence typing (MLST) technology. Antimicrobial susceptibility testing revealed high resistance rates to several clinically important antibiotics, including cephalosporins, carbapenems, fluoroquinolones, and aminoglycosides. Colistin and polymyxin B showed partial activity, though reduced susceptibility was observed. The environmental sample contained several genes, including beta-lactamase genes and OXA and ESBL genes. The isolate developed broad spectrum drug resistance due to the blaNDM-1 carbapenemase gene. Fluoroquinolone resistance genes were detected exclusively in the environmental samples. The two isolates also shared resistance genes to chloramphenicol, fosfomycin, sulfonamides, tetracyclines, and antiseptics.MLST analysis identified the clinical sample is considered to be of a high risk sequential pattern ST235, The environmental sample may belong to the ST773 sequence type. Therefore, attention must be paid to environmental water sources as they are important reservoirs for resistance genes.
Özet (Çeviri)
Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa), adaptasyon ve direnç mekanizmaları geliştirme yeteneği nedeniyle insanlar ve çevre için önemli bir tehdit oluşturan en yaygın fırsatçı gram-negatif bakterilerden biridir; bu da hastanelerde ve çevrede kolay bulaşmasını kolaylaştırır. Bu çalışma, klinik ve çevresel P. aeruginosa izolatlarının fenotipik ve genotipik özelliklerini karşılaştırmayı amaçlamıştır. Bu çalışmada, 95'i hastanede yatan hastalardan ve 65'i çevreden, özellikle Bağdat, Irak'taki hastanelerin yakınındaki su kaynaklarından olmak üzere toplam 160 örnek toplanmıştır. Bu izolatlar üzerinde, standart mikrobiyolojik yöntemler, seçici kültür ortamları, biyokimyasal testler ve VITEK 2 Kompakt Sistemi kullanılarak daha ayrıntılı tanımlama ve doğrulama işlemleri gerçekleştirilmiştir. Daha sonra, Çoklu Lokus Dizileme (MLST) teknolojisi kullanılarak direnç parametrelerinin belirlenmesi işlemi yapılmıştır. Antimikrobiyal duyarlılık testleri, sefalosporinler, karbapenemler, florokinolonlar ve aminoglikozitler de dahil olmak üzere klinik açıdan önemli birçok antibiyotiğe karşı yüksek direnç oranları ortaya koymuştur. Kolistin ve polimiksin B kısmi aktivite göstermiş, ancak duyarlılıkta azalma gözlemlenmiştir. Çevresel örnek, beta-laktamaz genleri ve OXA ve ESBL genleri de dahil olmak üzere çeşitli genler içermiştir. İzolat, blaNDM-1 karbapenemaz geni nedeniyle geniş spektrumlu ilaç direnci geliştirmiştir. Florokinolon direnç genleri yalnızca çevresel örneklerde tespit edilmiştir. İki izolat ayrıca kloramfenikol, fosfomisin, sülfonamidler, tetrasiklinler ve antiseptiklere karşı direnç genlerini paylaşmaktadır. MLST analizi, klinik örneğin yüksek riskli bir sekans tipi olan ST235'e ait olduğunu, çevresel örneğin ise ST773 sekans tipine ait olabileceğini belirlemiştir. Bu nedenle, direnç genleri için önemli rezervuarlar oldukları için çevresel su kaynaklarına dikkat edilmelidir.
Benzer Tezler
- Yoğun bakım ünitesi hastalarında ve çevresinde Candida auris suşlarının araştırılması
Investigation of Candida auris strains in patients hospitalized in intensive care units and in their surrounding environment
EBRU BAŞALAN SAKALLI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE NEDRET KOÇ
- Klinik örneklerden izole edilen escherichia coli suşlarında bazı ß-laktam direnç genlerinin araştırılması
Investgation of some β-lactam resistance genes in escherichia coli strains isolated from clinical samples
AHMET EJDER
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
MikrobiyolojiKarabük ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DİLEK DÜLGER
- Klinik klebsiella pneumoniae izolatlarında virülans genlerin belirlenmesi
Determination of virulance genes in clinical klebsiella pneumoniae isolates
SAHIB ABBAS WAHHAB AL-KUBAISI
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiKırşehir Ahi Evran ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ELİF SEVİM
- Yabani kuşlardan izole edilen esherichia coli izolatlarının antibiyotik direnç patternlerinin ve genotiplerinin belirlenmesi
Determination of antibiotic resistance patterns and genotypes of escherichia coli isolates isolated from wild birds
NEJASH ABDELA AHMED
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiVeterinerlik Mikrobiyolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TİMUR GÜLHAN
- Klinik örneklerden izole edilen haemophilus türlerinin antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu
Determination of antibiotic resistance profiles and molecular characterization of haemophilus species isolated from clinical samples
HATİCE HANIM YURTTAKAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. PINAR SAĞIROĞLU