Elma bakteriyel mikrobiyatasının belirlenmesi ve metagenom analizleri ile karakterizasyonu
Determination of apple bacterial microbiota and characterization by metagenome analysis
- Tez No: 1010347
- Danışmanlar: PROF. DR. KUBİLAY KURTULUŞ BAŞTAŞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, Türkiye'de ve dünyada en önemli yumuşak çekirdekli meyve türlerinden biri olan elma ağaçlarının (Malus domestica L.) filosferik ve rizosferik mikrobiyotası incelenmiştir. Ülkemizde elma yetiştiriciliğinin yoğun olarak yapıldığı Isparta ve Niğde illerinde, pestisit kullanılan ve kullanılmayan bahçelerden alınan yaprak ve toprak örneklerinden genomik DNA, F-Spin Bacterial Fecal/Soil DNA İzolasyon Kiti kullanılarak elde edilmiştir. Moleküler tanılama kapsamında, 16S rRNA geninin V3-V4 bölgesi 341F–805R primer dizileri ile amplifiye edilmiştir. 16S rRNA gen amplikon analizi ile organik ve kimyasal tarım yönetim sistemlerinin, bitki kompartmanlarının ve coğrafi konumun elma mikrobiyomu üzerindeki etkileri belirlenmiştir. Toprak ve yaprak örnekleri aynı zamanda Selçuk Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü Moleküler Bitki Bakteriyolojisi Laboratuvarı'nda kültüre alınmıştır. Elde edilen bulgulara göre, farklı bahçelerde Proteobacteria (Pseudomonadota), Bacteroidetes, Actinobacteria ve Firmicutes (Bacillota) filumlarının farklı oranlarda baskın olduğu belirlenmiş; bakteri cinsleri ve taksonlarının lokasyon ve yetiştirme koşullarına bağlı olarak değişim gösterdiği tespit edilmiştir. Değerlendirmeler sonucunda, mikrobiyal yapıyı en güçlü şekilde coğrafi faktörlerin etkilediği, bunu bitki kompartmanlarının izlediği ve tarımsal yönetim tipinin ise daha sınırlı bir etkiye sahip olduğu görülmüştür. Organik yönetim sistemlerinin daha dengeli ancak daha düşük yoğunluklu mikrobiyal toplulukları desteklediği belirlenmiştir. Bu çalışma ile biyolojik mücadele olanaklarının araştırılmasına temel oluşturabilecek önemli sonuçlara ulaşıldığı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
In this study, the phyllospheric and rhizospheric microbiota of apple trees (Malus domestica L.), one of the most important pome fruit crops in Türkiye and worldwide, were investigated. Leaf and soil samples were collected from pesticide-treated and untreated apple orchards located in Isparta and Niğde provinces, where apple cultivation is widely practiced. Genomic DNA was extracted using the F-Spin Bacterial Fecal/Soil DNA Isolation Kit, and molecular identification was performed by amplifying theV3- V4 region of the 16S rRNA gene using the 341F–805R primer set. The apple microbiome was analyzed through 16S rRNA gene amplicon sequencing to determine the effects of agricultural management practices (organic and conventional), plant compartments, and geographical location. In addition, soil and leaf samples were cultured at the Molecular Plant Bacteriology Laboratory, Department of Plant Protection, Faculty of Agriculture, Selçuk University. The results revealed that bacterial communities were predominantly composed of the phyla Proteobacteria (Pseudomonadota), Bacteroidetes, Actinobacteria, and Firmicutes (Bacillota), with varying relative abundances among different orchards. Bacterial genera and taxa exhibited significant variation depending on geographical location and cultivation practices. Overall, microbial community structure was most strongly influenced by geographical factors, followed by plant compartment, while agricultural management type had a comparatively weaker effect. Organic management systems were found to support more balanced but lower-density microbial communities. The findings of this study provide a valuable foundation for future research on microbiome-based biological control strategies in apple production systems .
Benzer Tezler
- EV yapımı sirkelerden ve taze kayısılardan asetik asit bakterilerinin izolasyonu, moleküler identifikasyonu ve teknolojik özelliklerinin belirlenmesi
Isolation, molecular identification and determination of technological properties of acetic acid bacteria from home-made vinegar and fresh apricot
EDA BÜYÜKDUMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Gıda Mühendisliğiİstanbul Sabahattin Zaim ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BANU METİN
- Elma, nar ve üzüm sirkesinin Flavobacterium psychrophilum bakteriyel balık patojenine karşı in vitro antibakteriyel aktivite ve biyofilm oluşumuna etkisinin incelenmesi
Investigation the effect of apple, pomegranate and grape vinegar on the in vitro antibacterial activity and biofilm formation against Flavobacterium psychrophilum bacterial fish pathogen
AHMET DURU
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Su ÜrünleriSüleyman Demirel ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞEGÜL KUBİLAY
- Doğu Anadolu bölgesinde yetiştirilen yumuşak çekirdekli meyve ağaçlarından izole edilen patojenik ve saprofitik bakteriyel organizmaların klasik ve moleküler metodlar ile tanısı ve biyolojik mücadele imkanlarının araştırılması
Isolation and identification of pathogenic and saprophytic bacterial organisms from pome fruits grown in Eastern Anatolia region of Turkey by commercial and molecular techniques, and researches on the biological control strategies
RECEP KOTAN
- Elma ve kara havuç suyu konsantresi katı atıklarından biyogaz üretim şartlarının araştırılması
Investigation of biogas production conditions from solid waste of apple and black carrot juice concentrate
HABİBE ELİF GÜLŞEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Çevre MühendisliğiMersin ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALİL KUMBUR
- Ordu İlinde elma ağaçlarında ateş yanıklığı hastalığına neden olan erwinia amylovora etmeninin izolasyonu, tanısı ve yaygınlığının belirlenmesi
Isolation, identification and determination of the prevalence of erwinia amylovora causing fire blight in apple trees in Ordu Province
SÜREYYA UZER
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
ZiraatOndokuz Mayıs ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASAN MURAT AKSOY