Gilaburu bitkisinde ın sılıco yaklaşımlarla mirna tanımlanması
Mirna identification in gilaburu plant using in silico approaches
- Tez No: 1011652
- Danışmanlar: PROF. DR. SEMİHA ERİŞEN, PROF. DR. SEVGİ MARAKLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Moleküler biyoloji, Molecular biology
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoteknoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Gilaburu (Viburnum opulus L.), Adoxaceae familyasına ait, çok yıllık bir çalı bitkisi olup meyvelerinde yüksek oranda flavonoidler, alkolik bileşikler ve polifenoller bulundurması nedeniyle antimikrobiyal ve antikanser özellikler göstermektedir. Ayrıca halk arasında üriner sistem hastalıklarının önlenmesinde ve taş düşürücü olarak yaygın şekilde kullanılmaktadır. MikroRNA'lar (miRNA'lar), yaklaşık 22 nükleotit uzunluğunda, hedef mRNA'lar ile etkileşime girerek gen anlatımının post-transkripsiyonel düzeyde düzenlenmesinde görev alan kodlanmayan RNA molekülleridir. Bitkilerde miRNA'lar; stres yanıtlarının düzenlenmesi, metabolit üretiminde rol alan sinyal yolaklarının kontrolü, hücre farklılaşması ve organ gelişimi gibi temel biyolojik süreçlerde önemli işlevlere sahiptir. Bitki metabolizmasındaki kritik rolleri göz önüne alınarak, bu çalışmada ilk kez V. opulus bitkisinde miRNA'ların in silico yöntemler kullanılarak tanımlanması amaçlanmıştır. Çalışmada miRBase veri tabanında yer alan bitkilere ait olgun miRNA dizileri referans olarak kullanılmış ve bu diziler V. opulus'a ait nükleotit dizileri ile BLASTN programı aracılığıyla hizalanmıştır. Aday pre-miRNA dizilerinin ikincil yapıları RNAfold Web Server kullanılarak oluşturulmuştur. Tanımlanan miRNA'ların hedef genleri ve bu genlerin metabolik yolaklardaki işlevleri; GO ve KEGG analizleri kapsamında OmicsBox BLAST2GO, PANNZER ve KAAS yazılımları kullanılarak belirlenmiştir. Ayrıca, miRNA'ların V. opulus'ta patojen olarak bilinen Diaporthe eres, Viburnum opulus virus 1 ve Pseudomonas syringae pv. viburni genomlarındaki potansiyel bağlanma bölgeleri RNAhybrid programı ile analiz edilmiştir. Çalışma sonucunda Vop-miR1151a, Vop-miR171a, Vop-miR171g ve Vop- miR398b olmak üzere toplam dört miRNA tanımlanmıştır. Bu miRNA'ların gilaburuda iki farklı hedef geni düzenlediği ve söz konusu genlerin hücresel solunumun düzenlenmesi, nişasta biyosentezi ve transglikozidaz aktivitesi gibi temel metabolik süreçlerde görev aldığı belirlenmiştir. Ayrıca, bu miRNA'ların D. eres patojeninin genler arası bölgesine, P. syringae pv. viburni'nin domain içeren protein kodlayan genine ve V. opulus virus 1'in RNA replikasyon poliproteinini kodlayan gen bölgesine potansiyel olarak bağlanabildiği saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
Viburnum opulus L., a perennial shrub belonging to the Adoxaceae family, possesses significant antimicrobial and anticancer properties, attributed to the high concentrations of flavonoids, polyphenols, and alcoholic compounds within its fruits. In ethnobotanical practices, it is traditionally utilized for the management of urological disorders and as a litholytic agent for urinary stones. MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNA species, approximately 22 nucleotides in length, that modulate gene expression post-transcriptionally through interactions with target mRNAs. Within plant systems, miRNAs orchestrate pivotal biological processes, including stress response regulation, metabolic pathway signaling, cellular differentiation, and organogenesis. Given their regulatory significance in plant metabolism, this study represents the first computational identification of miRNAs in V. opulus.The methodology leveraged mature plant miRNA sequences from the miRBase database as reference templates for alignment against V. opulus nucleotide sequences using the BLASTN program. Secondary structures of the candidate pre- miRNAs were predicted via the RNAfold Web Server. Functional annotation and metabolic pathway analysis of the identified tarete genes were conducted using OmicsBox BLAST2GO, PANNZER, and KAAS software, integrated with Gene Ontology (GO) and KEGG databases. Furthermore, potential miRNA binding sites within the genomes of known V. opulus pathogens—Diaporthe eres, Viburnum opulus virus 1, and Pseudomonas syringae pv. viburni—were analyzed using the RNAhybrid program. The study identified four distinct miRNAs: Vop-miR1151a, Vop-miR171a, Vop- miR171g, and Vop-miR398b. These miRNAs were found to regulate two primary target genes involved in critical metabolic processes, such as cellular respiration, starch biosynthesis, and transglucosidase activity. Additionally, cross-kingdom interaction analysis revealed potential binding affinities for the intergenic regions of D. eres, domain-containing protein-coding genes in P. syringae pv. viburni, and the RNA replication polyprotein-coding region of V. opulus virus 1.
Benzer Tezler
- Bitkisel kaynaklı doğal ürünlerin anti-biyofouling potansiyelleri yönünden değerlendirilmesi: Diş plağı örneği
Evaluation of anti-biofouling potential of plant-derived natural products: Example of dental plaque
TANJU DEMİRHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyoteknolojiErciyes ÜniversitesiEczacılık Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖKÇEN YUVALI ÇELİK
DOÇ. DR. HİKMET KATIRCIOĞLU
- Gilaburu (vıburnum opulus ) bitkisinin sindirilebilirliği ve anti-metanojenik özelliklerinin in vitro gaz üretim tekniği ile belirlenmesi
Determination of the digesibility and anti-methanigenic properties of gilaburu (viburnum opulus) plant by in vitro gas production technique
SERDAL ŞAHİN
- Farelerde deneysel olarak oluşturulan kanser üzerine gilaburu (Vİburnum opulus) meyve suyunun etkileri
The effects of gi̇laburu (Viburnum opulus) juice on experimentally induced cancer in mice
DİLEK CEYLAN
Doktora
Türkçe
2015
BiyolojiErciyes ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET AKSOY
PROF. DR. HARUN ÜLGER
- Çeşitli mikroorganizmalar üzerine gilaburunun antimikrobiyal etkilerinin incelenmesi
The investigation of antimicrobial effects of gilaburu against various microorganisms
HARUN HIZLISOY
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HATİCE ÖZBİLGE
- Sıçanlarda deneysel olarak oluşturulan böbrek taşı üzerine gilâburu (viburnum opulus) suyunun etkisi
The effect of gilaburu (viburnum opulus) juice on experimentally induced kidney stone in rat
AYŞE ÖMERLİ