Karadeniz alabalığı (salmo labrax)'ında miyostatin (MSTN) genlerinin klonlanması, fonksiyonel karakterizasyonu ve mrna ekspresyonlarının açlık ve yüksek sıcaklık streslerine cevapları
Cloning, functional characterization of myostatin (MSTN) genes and responses of mrna expressions to starvation and high temperature stress in black sea trout (salmo labrax)
- Tez No: 1012009
- Danışmanlar: PROF. DR. ABDULKADİR BAYIR, DOÇ. MEHTAP BAYIR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Su Ürünleri, Aquatic Products
- Anahtar Kelimeler: Balıklar, Biyoinformatik, Stres faktörleri, Su ürünleri, Fishes, Bioinformatics, Stress factors, Aquatic products
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Atatürk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Su Ürünleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Su Ürünleri Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Biyoinformatik araçları kullanarak Karadeniz alabalığı (Salmo labrax)'ında miyostatin (mstn) genlerinin moleküler klonlama ile ORF'sini elde etmek çalışmanın ilk amacıdır. Ayrıca mstn gen transkriptlerinin, nükleotid dizilimlerinin ve genomik organizasyonunun belirlenmesi ve diğer canlılarla filogenetik ilişkilerinin saptanması diğer amaçtır. Son olarak, Karadeniz alabalığı mstn genlerinin doku-spesifik dağılımlarının belirlenmesi, açlık ve yüksek sıcaklık streslerinin mRNA ekspresyonlarına etkilerinin belirlenmesi çalışmanın diğer amacıdır. Yöntem: Bu çalışma üç aşamada gerçekleştirilmiş olup, birinci aşamasında karadeniz alabalığı miyostatin (mstn) geninin moleküler klonlaması yapılmıştır. İkinci aşamada ise mstna1, mstnb1 ve mstna2 genleri karakterize edilmiştir. Çalışmanın üçüncü aşamasında, karadeniz alabalığı Açlık ve yüksek sıcaklık olmak üzere iki farklı akut stres faktörüne maruz bırakılmış ve stres maruziyetinin hemen mRNA ekspresyon miktarları belirlenmiştir. Bulgular: Balıklarda sırasıyla mstn geni doku spesifik dağılım ekspresyon seviyeleri, mstna1; karaciğerde 49,66 ± 1,67; bağırsakta 18,83± 1,56; kasta 141,9 ± 2,81; beyinde 117,91 ± 2,6; kalpte 48,88 ± 1,48; gözde 74,20 ± 1,96; dalakta 20,56 ± 0,79; solungaçta 19,99 ± 0,77 böbrekte 12,71 ± 0,15; midede 14,67 ± 0,74; adipoz 104,61 ± 2,15, mstna2; karaciğerde 33,41 ± 1,19; bağırsakta 2,86 ± 0,35; kasta 61,30 ± 1,83; beyinde 13,58 ± 0,97; kalpte 13,28 ± 0,94; gözde 31,53 ± 1,11; dalakta 2,14 ± 0,29; solungaçta 7,64 ± 0,69 böbrekte 2,27 ± 0,15; midede 1,71 ± 0,19; adipoz 13,39 ± 0,96, mstnb1; karaciğerde 29,27 ± 1,15; bağırsakta 21,93 ± 0,97; kasta 50,58 ± 1,83; beyinde 452,57± 3,12; kalpte 41,45 ± 1,41; gözde 174,78± 2,11; dalakta 20,12 ± 0,79; solungaçta 46,41 ± 1,77 böbrekte 72,58 ± 1,85; midede 16,52 ± 0,61; adipoz 145,52 ± 2,05 olduğu ve dokular arasında transkripsiyonel farklılıkların istatistiksel olarak önemli (P<0.05) olduğu tespit edilmiştir. Açlık nedeniyle beyinde Sl-mstna1 mRNA ekspresyon seviyeleri 3 kat, kasta ise 1,5 kat artarken, Sl-mstna2 beyinde 1,9 kat, kasta ise 4,6 kat arttı. Buna karşılık, açlık beyinde Sl-mstnb1 transkripsiyonunu 1,8 kat, kasta ise 1,7 kat azalttı. Su sıcaklığı, Sl-mstna1, Sl-mstna2 ve Sl-mstnb1 gen transkripsiyonunu düzenledi. Su sıcaklığındaki artış, beyinde mstna1 transkripsiyonunu 2,20 kat, kasta ise 1,83 kat artırdı. mstna2 transkripsiyonu da beyinde 2,83 kat, kasta ise 4,20 kat arttı. Bu dokularda mstnb1 mRNA ekspresyonu sırasıyla 1,34 kat ve 1,23 kat azaldı Sonuç: Salmo labrax genomunda Sl-mstnb2'nin işlevsizleşme nedeniyle kaybolduğunu belirledik. Bununla birlikte, Sl-mstna1, Sl-mstna2 ve Sl-mstnb1, kısmi işlevlenme nedeniyle korunmuştur. Sl-mstna1, Sl-mstna2 ve Sl-mstnb1 genlerinin, in silico analizlere, dokuya özgü transkripsiyona ve Sl-mstn genlerinin stres tepkisine dayanarak farklı düzenleyici mekanizmalara sahip olduğu belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Purpose: The first objective of this study is to obtain the ORF of myostatin (mstn) genes in Black Sea trout (Salmo labrax) through molecular cloning using bioinformatics tools. Another objective is to determine the nucleotide sequences and genomic organization of mstn gene transcripts and to identify their phylogenetic relationships with other organisms. Finally, determining the tissue-specific distribution of Black Sea trout mstn genes and the effects of starvation and high-temperature stress on mRNA expression is another objective of the study. Method: This study was conducted in three stages. In the first stage, molecular cloning of the myostatin (mstn) gene of Black Sea trout was performed. In the second stage, the mstna1, mstnb1, and mstna2 genes were characterized. In the third stage of the study, Black Sea trout were exposed to two different acute stress factors, starvation and high temperature, and the immediate mRNA expression levels were determined in response to stress exposure. Findings: Tissue-specific distribution expression levels of the mstn gene in fish were as follows: mstna1; liver 49.66 ± 1.67; intestine 18.83 ± 1.56; muscle 141.9 ± 2.81; brain 117.91 ± 2.6; heart 48.88 ± 1.48; eye 74.20 ± 1.96; spleen 20.56 ± 0.79; gill 19.99 ± 0.77; kidney 12.71 ± 0.15; stomach 14.67 ± 0.74; adipose tissue 104.61 ± 2.15; mstna2; liver 33.41 ± 1.19; intestine 2.86 ± 0.35; muscle 61.30 ± 1.83; brain 13.58 ± 0.97; heart 13.28 ± 0.94; eye 31.53 ± 1.11; spleen 2.14 ± 0.29; gill 7.64 ± 0.69; kidney 2.27 ± 0.15; stomach 1.71 ± 0.19; adipose tissue 13.39 ± 0.96, mstnb1; liver 29.27 ± 1.15; intestine 21.93 ± 0.97; muscle 50.58 ± 1.83; brain 452.57 ± 3.12; heart 41.45 ± 1.41; eye 174.78 ± 2.11; spleen 20.12 ± 0.79; It was determined that the transcriptional values were 46.41 ± 1.77 in the gill, 72.58 ± 1.85 in the kidney, 16.52 ± 0.61 in the stomach, and 145.52 ± 2.05 in adipose tissue, and that the transcriptional differences between tissues were statistically significant (P<0.05). Due to fasting, Sl-mstna1 mRNA expression levels increased 3-fold in the brain and 1.5-fold in muscle, while Sl-mstna2 increased 1.9-fold in the brain and 4.6-fold in muscle. In contrast, fasting decreased Sl-mstnb1 transcription by 1.8-fold in the brain and 1.7-fold in muscle. Water temperature regulated Sl-mstna1, Sl-mstna2, and Sl-mstnb1 gene transcription similarly to the effect of fasting. In particular, the increase in water temperature increased mstna1 transcription by 2.20-fold in the brain and 1.83-fold in muscle. mstna2 transcription also increased 2.83-fold in the brain and 4.20-fold in muscle. In contrast, mstnb1 mRNA expression decreased 1.34-fold and 1.23-fold in these tissues, respectively. Results: We determined that Sl-mstnb2 is lost due to non-functionalization in the Salmo labrax genome. However, Sl-mstna1, Sl-mstna2, and Sl-mstnb1 are conserved due to partial non-functionalization. Sl-mstna1, Sl-mstna2, and Sl-mstnb1 genes were found to have different regulatory mechanisms based on in silico analyses, tissue-specific transcription, and the stress response of the Sl-mstn genes.
Benzer Tezler
- Karadeniz alabalığında (Salmo trutta Labrax) bazı kromozom manipülasyon çalışmaları
Some chromosomal manipulation studies on Black Sea trout (Salmo trutta Labrax)
RAHMİ CAN ÖZDEMİR
Doktora
Türkçe
2018
Su Ürünleriİstanbul ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYGÜL EKİCİ
- Kültür deniz balıklarında stafilokok enfeksiyonlarının çeşitli diyagnostik metotlarla tespiti üzerine bir çalışma
A study on the detection of staphylococcal infections in cultured marine fish using various diagnostic methods
ÖZGÜR ÇANAK
Doktora
Türkçe
2017
Su Ürünleriİstanbul ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLŞEN TİMUR
- Türkiye alabalık (Salmo trutta Linnaeus, 1758 ve Salmo platycephalus behnke, 1968) populasyonlarının genetik yapısının mtDNA-RFLP analiz yöntemiyle belirlenmesi
Study of genetic structure of trout (Salmo trutta Linnaeus, 1758 and salmo platycephalus behnke, 1968) populations in turkey using mtDNA-RFLP analysis
YILMAZ ÇİFTCİ
Doktora
Türkçe
2006
Su ÜrünleriKaradeniz Teknik ÜniversitesiBalıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM OKUMUŞ
- Ilgaz Çayı havzası alabalıklarının (Salmo trutta Labrax, Pallas, 1811) biyoekolojileri üzerine araştırmalar
Investigations on bioecology of Ilgaz river basin trouts (Salmo trutta Labrax, Pallas, 1811)
ADNAN TOT
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Su ÜrünleriKastamonu ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SITKI ARAS
- Karadeniz alabalığı (Salmo trutta labrax pallas, 1811)'nda ebeveynlerin döllenme oranı, kuluçka randımanı, larva ve yavru gelişimi üzerine etkileri
Parental effects on fertilization rate, incubation efficiency, larvae and fry development in Black Sea trout (Salmo trutta labrax)
FATMA DELİHASAN SONAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
Su ÜrünleriRize ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM OKUMUŞ