Herediter kanser paneli çalışılan olgularda tespit edilen klinik önemi belirsiz varyantların (VUS) güncel literatür verileri ışığında yeniden analizi
Reanalysis of variants of uncertain significance (VUSS) identified in patients undergoing hereditary cancer panel testing in light of current evidence
- Tez No: 1016385
- Danışmanlar: PROF. DR. TAHA REŞİD ÖZDEMİR
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bakanlığı
- Enstitü: İzmir Bayraklı Şehir Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Bu çalışmanın amacı, herediter kanser paneli çalışılan olgularda saptanan klinik önemi belirsiz varyantların (VUS) güncel literatür verileri doğrultusunda yeniden değerlendirilmesinin sonuçlarını sunmaktır. Ayrıca literatürdeki belirsizlikleri gidermeye katkı sağlamak adına bir takip sıklığı önermek ve sınıflandırması değişen varyantların hastaların takipleri üzerindeki etkisini kapsamlı bir şekilde incelemek hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntemler: Retrospektif olarak tasarlanan bu çalışmaya, 2021 ile 2025 yılları arasında herediter kanser genlerine yönelik germline genetik testi çalışılmış 4000 olgu dahil edilmiştir. Hastalara ait daha önce raporlanmış VUS'lar; güncel literatür ve veri tabanları değerlendirmeleri dikkate alınarak yeniden analiz edilmiştir. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen olguların 1080' inde toplam 1320 adet VUS (1019 benzersiz varyant) saptanmıştır. Yeniden analiz sonucunda 1019 benzersiz varyantın 8'inin (%0,78) sınıflaması değişmiştir. Bu varyantların 1'i patojenik (BRCA2), 1'i olası patojenik (RAD51C), 5'i olası benign (ATM, CDH1, TP53, SLX4) ve 1'i benign (MSH6) olarak yeniden sınıflandırılmıştır. Varyantların yeniden sınıflandırıldığı tarihe kadar geçen ortalama süre 42,3 ay olarak hesaplanmıştır (en erken değişim 16 ayda gözlenmiştir). Varyantı olası benign veya benign olarak yeniden sınıflandırılan olgular için yakın varyant takibinin sonlandırılması öngörülmüştür. BRCA2 ve RAD51C varyantları sırasıyla patojenik ve olası patojenik olarak güncellenen iki olgu için ilgili genlere özgü yakın takip protokollerinin başlatılması gerekli görülmüştür ve gerekli durumlarda koruyucu cerrahiler için aday olabilecekleri öngörülmüştür. Sonuç: Sınıflaması değişen benzersiz varyantlar içinde 5 varyant (%62,5) olası benign ve 1 varyant (%12,5) benign kategorisine değişmiştir. Bununla birlikte 1 varyantın (%12,5) olası patojenik ve 1 varyantın patojenik kategorisine (%12,5) değiştiği olguların gerekli durumlarda cerrahi kararları için aday olabilecekleri ve ilgili genlere özgü takip protokolleri başlatılması gerekliliği ortaya çıkmış olup ayrıca bu sonucun olguların aile bireylerinin yönetimi üzerinde de etkili olacağı değerlendirilmiştir. Varyant yeniden sınıflandırmasının tek seferlik bir durum olmadığı gerçeği göz önüne alındığında tıbbi genetik uzmanlarının VUS'ları en az yılda 1 kez rutin olarak yeniden değerlendirmeyi içeren standart bir takip protokolü oluşturmaları önerilmektedir.
Özet (Çeviri)
Objective: This study aimed to present the results of the re-evaluation of variants of uncertain significance (VUS) identified in patients who underwent hereditary cancer panel testing based on current literature. It also aimed to propose an appropriate follow-up interval to reduce uncertainties in the literature and to evaluate the impact of variant reclassification on patient management. Materials and Methods: This retrospective study included 4,000 patients who underwent germline genetic testing for hereditary cancer genes between 2021 and 2025. Previously reported VUSs were re-analyzed using current literature and database information. Results: A total of 1,320 VUSs (1,019 unique variants) were identified in 1,080 patients. Re-analysis showed that 8 of the 1,019 unique variants (0.78%) were reclassified. In these variants, one variant was reclassified as pathogenic (BRCA2), one as likely pathogenic (RAD51C), five as likely benign (ATM, CDH1, TP53, SLX4), and one as benign (MSH6). The mean time to reclassification was 42.3 months, the earliest change observed after 16 months. For patients whose variants were reclassified as likely benign or benign, close variant follow-up was considered unnecessary. For the two patients whose BRCA2 and RAD51C variants were reclassified as pathogenic and likely pathogenic, respectively, initiation of gene- specific surveillance protocols was considered necessary, and they may become candidates for risk-reducing surgery when clinically indicated. Conclusion: Among the reclassified unique variants, five (62.5%) were reclassified as likely benign and one (12.5%) as benign. In addition, one (12.5%) was reclassified as likely pathogenic and one (12.5%) as pathogenic, indicating that these patients may become candidates for surgery when clinically indicated, require the initiation of gene- specific surveillance, and that the reclassification may also affect the clinical management of their family members. As variant reclassification is an ongoing process rather than a one-time event, we recommend that medical geneticists establish a standardized follow-up protocol that includes routine re-evaluation of VUSs at least annually.
Benzer Tezler
- BRCA1 ve BRCA2 genlerinde mutasyon saptanmayan meme kanseri tanısı almış olgularda ailesel kanser genlerinin incelenmesi
An association research for the hereditary cancer genes in breast cancer patients with no mutation in BRCA1 and BRCA2 genes
DUYGU ÇINAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
GenetikEskişehir Osmangazi ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ OĞUZ ÇİLİNGİR
- Mikrosatellit instabil kolorektal tümörlerde lenf nodu metastaz varlığı ve buna etki eden klinikopatolojik verilerin değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
BİLGE BAYRAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
PatolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARMAĞAN GÜNAL
- Meme ve over kanserli hastalarda yeni nesil dizileme analizlerinin retrospektif değerlendirilmesi
Retrospective evaluation of next generation sequencing analyses in patients with breast and ovarian cancer
SEYED HAMID HASSANI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
GenetikPamukkale ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TANER DURAK
- Prostat kanseri vakalarında germline kanser yatkınlık genlerinin araştırılması
Investigation of germline cancer predisposition genes in prostate cancer cases
ZEYNEP ÖZDEMİR PEHLİVAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
GenetikSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKTAN BAĞIŞ ERDEM
- Meme ve over kanseri olgularında yeni nesil dizileme yöntemi kullanılarak 27 farklı gendeki germline mutasyonların moleküler, fenotipik ve klinik özelliklerinin değerlendirilmesi
Assessment of molecular, phenotypic, and clinical features of germline mutations across 27 genes by nextgeneration sequencing in breast and ovarian cancer
MUHAMMER ÖZGÜR ÇEVİK