Triple-negatif meme kanserinde integrin ve ekstraselüler matriks genlerinin diferansiyel ekspresyonu ve ko-ekspresyon analizi
Differential expression and co-expression analysis of integrin and extracellular matrix genes in triple-negative breast cancer
- Tez No: 1022152
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ EDİZ SARIIŞIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Giresun Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Triple-negatif meme kanseri (TNBC), hormonal reseptörler ve HER2 ekspresyonunun bulunmaması nedeniyle heterojen, agresif ve tedaviye dirençli bir tümör alt tipidir. TNBC'nin biyolojik doğasını anlamak için tümör mikroçevresinde rol oynayan integrinler ve matriks metalloproteinazlar (MMP) kritik öneme sahiptir. Bu çalışmada, TCGA veri tabanından elde edilen RNA-seq verileri kullanılarak TNBC ve normal meme dokusu örnekleri karşılaştırılmış, diferansiyel gen ekspresyonu ve koekspresyon analizleri gerçekleştirilmiştir. Analizler sonucunda MMP1, MMP9, MMP11, MMP13 gibi genlerin TNBC'de anlamlı şekilde up-regüle olduğu, ECM yıkım kapasitesini artırarak invazyon ve metastaz potansiyelini güçlendirdiği görülmüştür. Buna karşılık MMP19, MMP27, MMP28 gibi genler down-regüle bulunmuştur. Integrin ailesinde ise ITGA11, ITGA4, ITGA5, ITGAL, ITGAX, ITGB2, ITGB7 gibi genler up-regüle olurken; ITGA7, ITGA1, ITGA9, ITGB1, ITGA6, ITGA8, ITGA10, ITGB3, ITGB4, ITGA2, ITGB8, ITGA3 gibi genler down-regüle bulunmuştur. Korelasyon analizleri, özellikle ITGA4 ve ITGA5'in fibronectin (FN1) ile güçlü ilişkisini ortaya koymuş, bu durum TNBC'de hücre göçü ve metastaz mekanizmalarının ECM etkileşimleri üzerinden şekillendiğini göstermiştir. Ayrıca pathway analizlerinde MAPK sinyal yolunun TNBC'de zenginleştirilmiş olduğu belirlenmiştir. Bu çalışma, TNBC'de MMP aşırı aktivasyonu ile ECM yıkımının arttığını, integrin profilindeki yeniden şekillenmenin ise stromal yeniden yapılanmayı desteklediğini göstermektedir. Bulgular, TNBC'nin agresif ve invaziv doğasını açıklayan moleküler mekanizmaları ortaya koymakta ve literatüre özgün bir katkı sağlamaktadır. Klinik açıdan MMP9, ITGA11, ITGA4 ve ITGA5 gibi genler hem prognostik belirteçler hem de potansiyel terapötik hedefler olarak öne çıkmaktadır. Bu sonuçlar, TNBC'nin biyolojik heterojenliğini daha iyi anlamaya yönelik translasyonel araştırmalara güçlü bir temel sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
Triple-negative breast cancer (TNBC) represents an aggressive subtype of breast carcinoma characterized by the absence of ER, PR, and HER2 expression. Understanding the molecular mechanisms underlying TNBC progression requires detailed analysis of extracellular matrix (ECM) remodeling and cell adhesion pathways, particularly those involving integrins and matrix metalloproteinases (MMPs). In this study, RNA-seq data obtained from the TCGA database were used to compare TNBC and normal breast tissue samples, and differential gene expression and co-expression analyses were performed. Several MMPs, including MMP1, MMP9, MMP11, and MMP13, were significantly upregulated in TNBC, indicating enhanced ECM degradation and metastatic potential. Conversely, MMP19, MMP27, and MMP28 were downregulated. Integrins showed a heterogeneous regulation pattern: ITGA11, ITGA4, ITGA5, ITGAL, ITGAX, ITGB2, and ITGB7 were upregulated, while ITGA7, ITGA1, ITGA9, and ITGB1 were downregulated. Co-expression analysis revealed strong correlations between ITGA4/ITGA5 and fibronectin (FN1), highlighting their role in ECM-mediated cell migration. Pathway enrichment confirmed the activation of the MAPK signaling axis in TNBC. This study demonstrates that increased MMP activity leads to enhanced ECM degradation in TNBC, while the remodeling of the integrin profile supports stromal remodeling. The findings reveal the molecular mechanisms underlying the aggressive and invasive nature of TNBC and provide a unique contribution to the literature. From a clinical perspective, genes such as MMP9, ITGA11, ITGA4, and ITGA5 emerge as both prognostic markers and potential therapeutic targets. These results provide a strong foundation for translational research aimed at better understanding the biological heterogeneity of TNBC.
Benzer Tezler
- Regresyon analizi ve Türkiye üzerine bir deneme buğday üretiminin tahmini
Başlık çevirisi yok
MACİT MESUT ÖZMEN
- Sarayköy (Ankara) araştırma ve uygulama istasyonu alanı ve yakın civarının bitki ekolojisi ve sosyolojisi yönünden araştırılması
A Plan ecological and sociological research of the area of station of research and application of Sarayköy (Ankara) and its near environs
AHMET SERTESER
- Anadolu karaçamı (Pinus nigra Arn.ssp.pallasiana Lamb.Holmboe)nın coğrafik varyasyonları
Variabilite geographique de Pinus nigra Arn.ssp.pallasiana Lamb. Holmboe
C. ÜNAL ALPTEKİN
Doktora
Türkçe
1986
Ormancılık ve Orman Mühendisliğiİstanbul ÜniversitesiSilvikültür Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SUAD ÜRGENÇ
- Kademesiz çapraz akımla çalışan bir difüzörde şeker pancarından şeker ekstraksiyonu
Başlık çevirisi yok
ALİ ALTINER
- The Dirichlet problem for the biharmonic equation in a C1 domain in the plane
Başlık çevirisi yok
TAHAMTANİ FARAMARZ
