Van ili yonca üretim alanlarındaki bazı virüslerin Multipleks RT-PCR Yöntemi ile araştırılması ve bazı virüs izolatlarının moleküler karakterizasyonu
Investigation of certain viruses in alfalfa production areas of van provi̇nce vi̇a Multiplex RT-PCR and molecular characteri̇zation of selected virus isolates
- Tez No: 1022215
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MUSTAFA USTA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Yonca (Medicago sativa L.) üretim alanlarında verim ve kaliteyi sınırlayan en önemli biyotik etmenlerden biri viral hastalıklardır. Bu kapsamda, 2024 yılı vejetasyon döneminde Van ili ve ilçelerinde yürütülen sürvey çalışmaları ile yonca bitkilerinde yaygın olarak görülen alfalfa mosaic virus (AMV), bean yellow mosaic virus (BYMV), cucumber mosaic virus (CMV) ve clover yellow vein virus (CYVV)'ün varlığı araştırılmıştır. Arazi çalışmaları sırasında toplam 370 adet taze yaprak örneği toplanmış ve bu örnekler multipleks RT-PCR yöntemi ile testlenmiştir. Moleküler analizler sonucunda incelenen örneklerin 21'inde AMV enfeksiyonu tespit edilmiş ve toplam enfeksiyon oranı %5.68 olarak belirlenmiştir. Buna karşın, toplanılan örneklerde BYMV, CMV ve CYVV varlığına rastlanmamıştır. Pozitif bulunan AMV izolatlarının genetik özelliklerinin ortaya konulması amacıyla, rastgele seçilen üç izolatın kılıf protein (CP) ve hareket protein (MP) gen bölgeleri klonlanmış ve yeni nesil dizileme (NGS) yöntemi ile nükleotit dizileri elde edilmiştir. Bu doğrultuda, AMV 56 (PX527390), AMV 92 (PX527389) ve AMV 140 (PX527391) izolatlarına ait CP gen bölgeleri ile AMV 56 (PX527393), AMV 92 (PX527392) ve AMV 140 (PX527394) izolatlarına ait MP gen bölgelerinin tam dizileri analiz edilmiştir. Elde edilen dizilerin karşılaştırmalı değerlendirilmesi sonucunda, CP gen bölgelerine ait nükleotit dizilerinin Türkiye'deki izolatlarla %95–100, dünya genelindeki izolatlarla ise %93–100 aralığında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. MP gen bölgelerine ait dizilerde ise Türkiye izolatları ile %93–100, dünya izolatları ile %90–100 arasında değişen nükleotit homolojisi saptanmıştır. Sonuç olarak, Van ili yonca üretim alanlarında AMV'nin varlığı moleküler yöntemlerle ortaya konmuş ve elde edilen izolatların hem ulusal hem de küresel düzeydeki izolatlarla genetik ilişkileri belirlenmiştir. Bu bulguların, bölgedeki viral hastalıkların izlenmesi ve etkin mücadele stratejilerinin geliştirilmesine katkı sağlayacağı değerlendirilmektedir.
Özet (Çeviri)
Viral diseases represent a major constraint to alfalfa (Medicago sativa L.) production by adversely affecting both yield and forage quality. To assess the occurrence of key viral agents, comprehensive surveys were carried out across alfalfa-growing areas of Van province during the 2024 growing season. A total of 370 leaf samples were collected and screened for Alfalfa mosaic virus (AMV), Bean yellow mosaic virus (BYMV), Cucumber mosaic virus (CMV), and Clover yellow vein virus (CYVV) using multiplex RT-PCR. Among the analyzed samples, AMV was detected in 21 cases, corresponding to an overall incidence of 5.68%, whereas no infections of BYMV, CMV, or CYVV were identified. To further investigate the genetic structure of the virus population, three AMV isolates were selected for detailed molecular characterization. The complete coat protein (CP) and movement protein (MP) gene regions were cloned and sequenced via next-generation sequencing (NGS). The obtained sequences included CP genes of isolates AMV 56 (PX527390), AMV 92 (PX527389), and AMV 140 (PX527391), and MP genes of isolates AMV 56 (PX527393), AMV 92 (PX527392), and AMV 140 (PX527394). Pairwise sequence comparisons indicated that CP gene sequences exhibited 95–100% nucleotide identity with Turkish isolates and 93–100% identity with global isolates. In parallel, MP gene sequences showed 93–100% identity with national isolates and 90–100% identity with international isolates. Overall, the findings confirm the presence of AMV in alfalfa production areas of Van and highlight the close genetic relatedness of local isolates to both regional and global AMV populations. These results contribute to a better understanding of AMV epidemiology and provide a basis for the development of effective disease management strategies.
Benzer Tezler
- Muş ili yonca üretim alanlarındaki bazı virüslerin multipleks RT-PCR yöntemi ile araştırılması ve bazı virüs izolatlarının moleküler karakterizasyonu
Investigation of some viruses in alfalfa production areas of Muş province using multiplex RT-PCR method and molecular characterization of some virus isolates
AZAT SÜME
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ZiraatVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA USTA
- Tarımsal peyzajın ürün tabanlı haritalanması ve verim tabanlı buğday tarımı uygunluğunun belirlenmesi; Van ili örneği
Mapping the agricultural landscape based on crop types and detecting the wheat cultivation suitability considering crop productivity Van case study
ÖZTÜRK ÇELEBİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Peyzaj MimarlığıVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiPeyzaj Mimarlığı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ONUR ŞATIR
- Van gölü havzasında üretilen kuru otların besin madde kompozisyonunun belirlenmesi
The Determination of composition of nutrient of hays produced in Van lake provience
AKİF ŞABAN GÜNDÜZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2000
Veteriner HekimliğiYüzüncü Yıl ÜniversitesiHayvan Besleme ve Beslenme Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. SUPHİ DENİZ
- Düzce ili fındık (Corylus avellana L.) bahçelerinde yabancı otsorununun ve bazı alternatif mücadele yöntemlerininaraştırılması
Investigation of weed problem and some alternative control methods in hazelnut (Corylus avellana L.) orchards in Duzce province, Türki̇ye
VEDAT SİZER
Doktora
Türkçe
2023
ZiraatVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. IŞIK TEPE
DOÇ. DR. ZÜBEYDE FİLİZ ARSLAN
- Erken Hristiyan ve ilk Bizans resim ve kabartma sanatında kaynak ve okullar (2 cilt)
Sources and school of painting and sculpture during the early Christian and first Byzantine period
AHMET MEHMET KİPMEN