Geri Dön

Prostat kanserinde risk stratifikasyonu için transkriptomik temelli biyobelirteçlerin analizi

Analysis of transcriptomic-based biomarkers for risk stratification in prostate cancer

  1. Tez No: 1022739
  2. Yazar: ALİ UTKU TURHAN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. SEÇİL DEMİRKOL CANLI, DOÇ. DR. BEGÜM KOCATÜRK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Tümör Biyolojisi ve İmmünolojisi Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Prostat kanseri klinik seyri değişken olan bir hastalıktır ve risk değerlendirmesi büyük ölçüde PSA düzeyi, tümör evresi ve Gleason skoruna dayanmaktadır. Ancak tümör heterojenitesi ve iğne biyopsilerinin sınırlı temsil gücü, biyopsi temelli derecelendirmenin biyolojik agresifliği her zaman yansıtamamasına neden olabilir. Bu, biyopsi ve radikal prostatektomi arasında Gleason skoru uyumsuzluğu bulunan olgularda riskin düşük değerlendirilmesine yol açabilir. Klinikopatolojik değişkenler ve moleküler testler prognostik değerlendirmeye katkı sağlasa da, tahmin gücü, erişilebilirlik ve uygulanabilirlik açısından sınırlılıklar devam etmektedir. Bu nedenle tümör biyolojisini yansıtabilecek ve risk sınıflamasına ek bilgi sağlayabilecek biyobelirteçlere ihtiyaç vardır. Bu amaçla transkriptomik veri setlerinde genlerin prognoz ile ilişkileri biyoinformatik yaklaşımla incelendi. TCGA PRAD, GSE220095 ve GSE70769 keşif; DKFZ, GSE116918 ve GSE16560 doğrulama analizlerinde kullanıldı. CSRP1 ifadesinin tutarlı olarak daha iyi sağkalımla ilişkili olduğu ve çok değişkenli analizlerde karıştırıcı faktörlerden bağımsız kaldığı görüldü. CSRP1'in klinik modele katkısı özellikle Gleason 7 alt grubunda daha belirgindi. Decipher stratifikasyonunda, düşük ve orta risk gruplarında CSRP1'in anlamlı prognostik ayırıcı gücü olduğu görüldü. Transkriptomik, mutasyonel ve proteomik analizlerde düşük CSRP1 ifade eden tümörlerde TP53, TTN ve MUC17 mutasyonları daha sık; mTORC1, proliferasyon ve lipogenez ilişkili protein düzeyleri daha yüksekti. Tek hücreli RNA-seq analizlerinde CSRP1 ifadesinin ağırlıklı olarak tümör mikroçevresinde, düz kas hücreleri ve fibroblastlarda, daha düşük düzeyde epitelyal hücrelerde olduğu gözlendi. In vitro çalışmalarda DU 145 hücrelerinde siRNA ile CSRP1 baskılanması hücre büyümesini artırdı. Bulgular, CSRP1'in iyi prognozla ilişkili, çoklu kohortlarda tutarlı ve klinik risk modellerine katkı sunma potansiyeli olan aday biyobelirteç olduğunu göstermektedir.

Özet (Çeviri)

Prostate cancer has a variable clinical course, and current risk assessment is largely based on PSA level, tumor stage, and Gleason score. However, tumor heterogeneity and limited representation by needle biopsies may prevent biopsy-based grading from fully reflecting biological aggressiveness, particularly in biopsy-radical prostatectomy discordance. Although clinicopathological variables and molecular tests contribute to prognostic assessment, their predictive performance, accessibility, and routine applicability remain limited. Therefore, molecular biomarkers that reflect tumor biology and can be evaluated across independent cohorts are needed. In this study, prognostic associations of available genes were investigated in public transcriptomic datasets. TCGA PRAD, GSE220095, and GSE70769 were used for discovery, while DKFZ, GSE116918, and GSE16560 were used for validation. CSRP1 expression was consistently associated with better survival, and multivariable analyses showed that this association was independent of confounding factors. The contribution of CSRP1 to clinical prognostic models was more evident in the Gleason 7 subgroup. After stratification by Decipher risk groups, CSRP1 showed significant prognostic discrimination in low- and intermediate-risk groups. Transcriptomic, mutational, and proteomic analyses showed that low-CSRP1 tumors had more frequent TP53, TTN, and MUC17 mutations, with increased mTORC1-, proliferation-, and lipogenesis-related protein levels. Single-cell RNA-seq analyses showed that CSRP1 expression was mainly observed in the tumor microenvironment, predominantly in smooth muscle cells and fibroblasts, with lower levels in epithelial cells. In vitro, siRNA-mediated CSRP1 knockdown increased cell growth in DU 145 cells. These findings indicate that CSRP1 is a candidate biomarker associated with favorable prognosis in prostate cancer, with consistent performance across cohorts and potential to contribute to clinical risk models.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    955364

    Prostat kanserinde manyetik rezonans görüntüleme tabanlı risk hesaplayıcılarının kıyaslanması

    Comparison of magnetic resonance imaging-based risk calculators in prostate cancer

    BURAK TÜFEKCİ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    Ürolojiİstanbul Medeniyet Üniversitesi

    Üroloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ASIF YILDIRIM

    DR. ÖZGÜR ARIKAN

  2. Tez No

    802972

    Düşük risk prostat kanserinde yoğunluk ayarlı fraksiyone radyoterapi ile stereotaktik vücut radyoterapisinin dozimetrik karşılaştırılması

    Dosimetric comparison of intensity-modulated fractional radiotherapy and stereotactic body radiotherapy in low-risk prostate cancer

    ONUR SANCAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Radyasyon OnkolojisiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Sağlık Fiziği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EMEL HACIİSLAMOĞLU

  3. Tez No

    830871

    Düşük risk lokalize prostat kanserinde radikal prostatektomi sonrası üriner inkontinansta yaşam tarzı önerilerine ilave eksternal elektrik stimülasyonunun etkilerinin incelenmesi

    Investigation of the effects of external electrical stimulation in addition to lifestyle recommendations in urinary incontinence after radical prostatectomy in low-risk localized prostate cancer

    NEYZAR KILINÇ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Fizyoterapi ve RehabilitasyonAnkara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi

    Fizyoterapi ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ŞEYDA TOPRAK ÇELENAY

    PROF. DR. TÜRKAN AKBAYRAK

  4. Tez No

    165759

    Prostat kanserinde radyoterapinin yeri: Konformal radyoterapide normal doku komplikasyon olasılığının hesaplanması

    The role of radiotherapy in prostate cancer: Calculation of normal tissue complication probability in conformal radiotherapy

    BEYHAN CEYLANER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    Onkolojiİstanbul Üniversitesi

    Radyasyon Onkolojisi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FAZİLET ÖNER DİNÇBAŞ

  5. Tez No

    735058

    Lokalize prostat kanserinde hipofraksiyone yoğunluk ayarlı helikal tomoterapi

    Başlık çevirisi yok

    FATİH ÖZCAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Radyasyon OnkolojisiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Radyasyon Onkolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET MURAT BEYZADEOĞLU

Geri Dön