Geri Dön

Kolorektal kanserde notch sinyal yolu genleri ile mikrobiyota-ilişkili metabolit genleri arasnıdaki etkileşimlerin fonksiyonel snp analizleri ile in siliko değerlendirilmesi

In silico evaluation of interactions between notch signaling pathway genes and microbiota associated metabolite genes in colorectal cancer through functional snp analysis

PDF İndir

  1. Tez No: 1022773
  2. Yazar: SEFA ALİOĞLU
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ KÜBRA TELLİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Kolorektal kanser, NOTCH sinyal yolağı, ADAM10, NOTCH1, NOTCH3, bağırsak mikrobiyotası, gen varyasyonları, SNP, Colorectal cancer, Notch signaling pathway, ADAM10, NOTCH1, NOTCH3, gut microbiota, gene variations, SNP
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Kültür Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Son yıllarda bağırsak mikrobiyotası kaynaklı metabolitlerin tümör mikroçevresini hücresel sinyal yolakları üzerinden düzenleyebildiği gösterilmiştir. Bu çalışmada, kolorektal kanserde mikrobiyal metabolitlerin NOTCH sinyal yolağını gen düzeyinde nasıl etkilediği in siliko yaklaşımlar ile incelenmiştir. Ağ ve ısı haritası analizleri; hidrojen sülfür (H₂S), indol, laktik asit, süksinik asit, asetat, bütirik asit ve etanol gibi metabolitlerin NOTCH signaling pathway bileşenleriyle seçici etkileşimler sergilediğini göstermiştir. Özellikle Porphyromonas gingivalis, Porphyromonas asaccharolytica, Bacteroides fragilis ve Anaerococcus putredinis türlerinin; ADAM10 ve NOTCH1 üzerinden güçlü etkileşimler gösterdiği belirlenmiştir. Ayrıca TYR, TYRP1 ve NOTCH3 genlerinin bazı metabolitlere duyarlı olabileceği saptanmıştır. SNP analizleri, NOTCH ve metabolik genlerde yüksek varyasyon ve geniş standart sapma bulunduğunu göstermiştir. Bu durum, genetik düzeyde biyolojik heterojeniteyi ve bireysel farklılıkları yansıtabilir. Bununla birlikte, her istatistiksel değişimin doğrudan fonksiyonel etki anlamına gelmediği değerlendirilmiştir. Fonksiyonel biyoinformatik analizler sonucunda, özellikle NOTCH3, CBS, SLC25A1 ve TYR genlerindeki bazı varyantların protein stabilitesini azaltabileceği ve protein-protein etkileşimlerini etkileyebileceği öngörülmüştür. Bu bulgular, SNP'lerin NOTCH- xiii metabolizma eksenini moleküler düzeyde modüle edebileceğini düşündürmektedir. Elde edilen veriler, mikrobiyota-metabolit-NOTCH ekseninin KRK biyolojisinde önemli bir düzenleyici role sahip olabileceğini göstermektedir. Ancak bu etkilerin doğrulanabilmesi için in vitro, in vivo ve klinik örnek temelli deneysel çalışmalar gereklidir.

Özet (Çeviri)

In recent years, microbiota-derived metabolites have been shown to regulate the tumor microenvironment through cellular signaling pathways. In this study, the effects of microbial metabolites on the NOTCH signaling pathway at the genetic level in colorectal cancer were investigated using in silico approaches. Network and heatmap analyses demonstrated that metabolites such as hydrogen sulfide (H₂S), indole, lactic acid, succinic acid, acetate, butyrate, and ethanol exhibited selective interactions with components of the NOTCH signaling pathway. In particular, Porphyromonas gingivalis, Porphyromonas asaccharolytica, Bacteroides fragilis, and Anaerococcus putredinis were found to display strong interactions through ADAM10 and NOTCH1. Additionally, TYR, TYRP1, and NOTCH3 genes were identified as potentially sensitive to certain metabolites. SNP analyses revealed high variation and broad standard deviation in NOTCH and metabolic genes. This may reflect biological heterogeneity and individual genetic differences. However, it was also determined that not every statistical alteration directly corresponds to a functional effect. Functional bioinformatics analyses predicted that certain variants in NOTCH3, CBS, SLC25A1, and TYR genes may reduce protein stability and alter protein-protein interactions. xv These findings suggest that SNPs may modulate the NOTCH-metabolism axis at the molecular level. Overall, the obtained data indicate that the microbiota-metabolite NOTCH axis may play an important regulatory role in colorectal cancer biology. Nevertheless, further validation through in vitro, in vivo, and clinical sample-based experimental studies is required.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    939225

    Targeting circulating breast cancer stem cells via mTOR and WNT inhibitors after bone metastasis

    Sirküle meme kanseri kök hücrelerinin kemik metastazı sonrası mTOR ve WNT inhibitörleri ile hedeflenmesi̇

    ÖZLEM ALTUNDAĞ ERDOĞAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    BiyokimyaHacettepe Üniversitesi

    Kök Hücre Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BETÜL ÇELEBİ SALTIK

  2. Tez No

    644293

    Karaciğer iskemi reperfüzyon hasarında NILCO yolağının rolünün araştırılması

    Başlık çevirisi yok

    ERHAN ASLANER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Genel CerrahiEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ADNAN ŞAHİN

  3. Tez No

    607862

    Ksenograft kolorektal kanserde notch, IL-1 ve leptin (NILCO) inhibisyonunun etkisi

    Başlık çevirisi yok

    RUMEYSA ÖZYURT

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    FizyolojiEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Fizyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NİLÜFER ERKASAP

  4. Tez No

    361439

    Kolorektal adenom ve karsinomlarda kök hücre faktörleri olan notch, numb, ıtch ve sıah-1'in birbirleri ve klinikopatolojik parametreler ile ilişkilerinin gösterilmesi

    Demonstration of associations among notch, numb, itch and siah-1 (stem cell factors) expression and their relations with clinicopathological parameters in colorectal adenomas and carcinomas

    SİNEM ÇİL GÖNÜLCÜ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    PatolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLSÜM ÖZLEM ELPEK

  5. Tez No

    835792

    HT-29 hücre hattında epigallokateşin gallat ve 5- florouracil (5-FU)'nun notch sinyal yolağı reseptörleri, transkripsiyon faktörleri, kaspaz3/7 üzerine etkisi

    Effect of epigallocatechin gallate and 5-fluorouracil (5-FU) on notch signaling pathway receptors, transcription factors, caspase3/7 in HT-29 cell line

    IŞILSU ÇAĞLAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    GenetikBaşkent Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YUNUS KASIM TERZİ

    DOÇ. ÖZGE KAHRAMAN ILIKKAN

Geri Dön