Investigation of the characteristics of melanoma cells after crispr/cas9-mediated manipulation of gene expression
Gen ekspresyonunun crispr/cas9 aracılı manipülasyonu sonrasında melanom hücrelerinin özelliklerinin araştırılması
- Tez No: 1025366
- Danışmanlar: PROF. DR. HATİCE GÜNEŞ ÖZHAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Rejenerasyon ve kanser birbirinden farklı iki kavramdır; ancak proliferasyon ve migrasyon gibi belirli karakteristik mekanizmaları her ikisinde de paralel biçimde ilerler. Rejenerasyonu ayıran özellik, geç evrelerinde hücrelerin farklılaşması ve sürecin kontrollü bir şekilde sonlandırılmasıdır. Kanserde bu kontrollü sonlanma yoktur; bu nedenle Dvorak kanseri“iyileşmeyen bir yara”olarak tanımlamıştır. Bu bağlantıyı araştırmak için, zebra balığı modelinde melanosit rejenerasyonu ve melanom transkriptomlarını karşılaştırdık. Bu analiz, Protocadherin 20 (PCDH20) genini geç evre rejenerasyon ile melanom arasında en güçlü biçimde farklı ifade edilen gen (DEG) olarak belirledi. PCDH20 geni, nazofaringeal ve karaciğer kanseri gibi birçok kanser türünde tümör baskılayıcı özellikleri nedeniyle literatürde incelenmekte ve genellikle epitel-mezenkimal geçişi baskılayarak bu rolde tanımlanmaktadır. PCDH20 geni bu kanserlerde epigenetik olarak susturulmuştur. TCGA verilerine göre, melanom örneklerinde PCDH20 ifadesi normal deri dokusuna kıyasla önemli ölçüde daha düşüktür, ancak melanomdaki tanımlanmış rolü bilinmemektedir. Bu boşluğu doldurmak için, PCDH20 gen aktivasyonunun MeWo melanom hücre hattı üzerindeki etkileri CRISPR aktivasyonu (CRISPRa) kullanılarak araştırıldı. PCDH20 aktivasyonunun, yara iyileşmesi ve zebra balığı ksenogreft deneylerinde hücrelerin göç özelliklerini etkilediği gösterildi. Ayrıca, sitoskeletal proteinlerin yeniden düzenlenmesi nedeniyle hücrelerin morfolojisinin kohezif bir yapıya doğru kaydığı da anlaşıldı. Bu bulgular ışığında, PCDH20 geninin melanomda fonksiyonel bir tümör baskılayıcı gen olabileceği ve metastatik davranışı baskılayan terapötik bir hedef olma potansiyeline sahip olabileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Regeneration and cancer are two different concepts, but certain signature mechanisms, such as proliferation and migration, and progress in parallel. What sets regeneration apart is that, in its later stages, cells undergo differentiation and the process is terminated in a controlled manner. Cancer lacks this controlled termination; because of this, Dvorak described cancer as a“wound that does not heal.”To investigate this link, we compared the transcriptomes of melanocyte regeneration and melanoma in a zebrafish model. This analysis identified Protocadherin 20 (PCDH20) as the most strongly differentially expressed gene (DEG) between late-stage regeneration and melanoma The PCDH20 gene is studied in the literature for tumor suppressor properties in many cancer types such as nasopharyngeal and liver cancer and is generally defined in this role by suppressing the epithelial-mesenchymal transition. The PCDH20 gene is epigenetically silenced in these cancers. According to TCGA data, PCDH20 expression in melanoma samples is significantly lower compared to normal skin tissue, but its defined role in melanoma is unknown. To bridge this gap, the effects of PCDH20 gene activation on the MeWo melanoma line were investigated using CRISPR activation (CRISPRa). The activation of PCDH20 was shown to affect the migration properties of cells in wound healing and zebrafish xenograft experiments. It was also understood that the morphology of the cells shifted to a cohesive structure due to the reorganization of cytoskeletal proteins. In light of these findings, it is thought that the PCDH20 gene may be a functional tumor suppressor gene in melanoma and may have the potential to be a therapeutic target suppressing metastatic behavior.
Benzer Tezler
- Çinko fitalosiyanin'in deri kanserinde in vitro fotodinamik tedavi etkinliğinin incelenmesi
In vitro investigation of zinc phthalocyanine effect in skin cancer photodynamic therapy
SEVDA ZEINALI
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiBiyomedikal Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA YURT ONARAN
- Akdeniz bölgesinde melanoma dışı deri kanseri olan 100 hastanın dermografik özellikleri cerrahi tedavileri ve patoloji sonuçlarının prospektif olarak incelenmesi
Dermographic characteristics, surgical treatments, pathology results of 100 patients with non-melanoma skin cancer in the mediterranean region as A prospective investigation
ALTAN TEKİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Plastik ve Rekonstrüktif CerrahiSağlık Bilimleri ÜniversitesiPlastik ve Rekonstrüktif Cerrahi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASIM USLU
- Kliniğimizde yapılan parotis tümörü cerrahilerinin retrospektif analizi
Retrospective analysis of parotid tumors surgeries performed in our clinic
HÜSEYİN GÜNİZİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
Kulak Burun ve BoğazAkdeniz ÜniversitesiKulak Burun Boğaz Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KENAN GÜNEY
- Melanoma hücrelerinin mekanik özelliklerinde niasinamid ve kojik asitin etkisinin akusto holografik yöntemle incelenmesi
Investigation of the effect of niacinamide and kojic lanoma cells by acoustoacid on the mechanical properties of me holographic method
HATİCE SENA TEMİZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜSEYİN ÜVET
- Investigation of IRF4-MEF2D protein-protein interaction inmelanoma cells
Melanoma hücrelerinde IRF4-MEF2D protein-protein etkileşiminin incelenmesi
LAILA SAMIR ABED HEDAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEŞET CEVDET TOLGA EMRE