Mitokondri DNA'sından in vitro koşullarda yaratılan oksidatif hasar ürünlerinin HPLC ve kapiller elektroforez ile ölçülmesi
The Measurement of in vitro oxidative injury products using HPLC and capillary electrophoresis in mitochondrial DNA
- Tez No: 107681
- Danışmanlar: DOÇ.DR. İZZET HAMDİ ÖĞÜŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Oksidatif stres, 8-hidroksideoksiguanozin, 8-okzoguanin, HPLC, kapiller elektroforez, lipid peroksit, malondialdehit, Oxidative stress, 8-hydroxydeoxyguanosine, 8-oxoguanine, HPLC, capillary electrophoresis, lipid peroxide, malondialdehyde
- Yıl: 2001
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 76
Özet
IV ÖZET Dalmızrak Ö., Mitokondri DNA'sında in vitro koşullarda yaratılan oksidatif hasar ürünlerinin HPLC ve kapiller elektroforez ile ölçülmesi, Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Biyokimya Programı Bilim Uzmanlığı Tezi, Ankara, 2001. Bu çalışma, in vitro koşullarda lökosit mitokondri DNA'sında oluşan hasarın göstergesi olan guanin baz türevlerinin HPLC ve kapiller elektroforez kullanılarak ölçülmesi amacıyla yapılmıştır. Çalışmada kolay bulunabilirliği açısından insan akyuvarları tercih edildi. Kan bankasından alman taze insan kanından Histopaque kullanılarak izole edilen lökositlerden mitokondrilerin izolasyonu için çeşitli yöntemler denendi. Mitokondrileri sonikasyon, cam-teflon homojenizasyonu, sükroz gradiyenti ve Triton X-100 ile parçalama yöntemlerinin nükleer DNA kontaminasyonunu önleyemediği gösterildi. Digitoninin uygun süre ve derişimi ile kontrollü parçalanan lökositlerden saf ve yeterli miktarda mitokondri ve bu mitokondri preparatlanndan fenol:kloroform:izoamil alkol ekstraksiyonu yöntemiyle saf mitokondri DNA' sı elde edildi. İn vitro koşullarda oksidatif hasar, mitokondrilerin N-etilmaleimid ile inkübasyonu yoluyla sağlandı. Hasara uğratılmış olan mitokondrilerde DNA miktarının azalması spektrofotometrik ölçümlerde gözlendi. İzole edilen mtDNA'lar asit hidrolizi ile baz, şeker ve fosfat gruplarına ayrıldıktan sonra, bazlar ve oluşan baz oksidasyon ürünleri, HPLC ve kapiller elektroforez ile ölçüldü. Kullanılan HPLC sisteminin detektörünün duyarsızlığı nedeniyle tekrarlanabilir sonuç alınamadı. Kapiller elektroforezle yapılan ölçümlerde, baz ve türevlerine ait peak alan değerleri kullanılarak guaninin, okside türevlerine dönüşüm oranlan hesaplandı. Mitokondri DNA'sının oksidatif yıkım ürünlerini ölçmek üzere tekrarlanabilir ve güvenilir bir analiz yöntemi geliştirildi.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT Dalmızrak, Ö., The Measurement of In Vitro Oxidative Injury Products Using HPLC and Capillary Electrophoresis in Mitochondrial DNA, Hacettepe University, Health Sciences Institute, MSc Thesis for Biochemistry Programme, Ankara, 2001. This thesis was performed to measure the guanine base derivative as a measure of oxidative injury in leukocyte mitochondrial DNA using HPLC and Capillary Electrophoresis. In this study human leukocyte used. The fresh blood from Blood Bank was used for leukocyte isolation. Several methods for the isolation of mitochondria such as sonication, glass tube-teflon pestle homogenization, sucrose gradient centrifugation, and Triton X-100 extraction methods were tried and found to be insufficient for prevention of nuclear DNA contamination. On the other hand, the controlled degradation of leukocytes using digitonin permitted us to obtain pure and sufficient mitochondria from which pure mitochondrial DNA was extracted using phenol:chloroform:isoamyl alcohol. In vitro oxidative injury was created by incubation of mitochondria with N-ethylmaleimide. The decrease of DNA yield in N-ethylmaleimide treated mitochondria was observed by spectrophotometric measurements. The isolated DNAs were hydrolyzed to base, sugar and inorganic phosphate using formic acid. The bases and their oxidative derivatives were measured using HPLC and capillary electrophoresis. Due to the insufficiency of HPLC detector it was not possible to obtain reproducible results. In measurements with capillary electrophoresis using peak areas of bases and their derivatives, the ratio of conversion of guanine to its derivatives were calculated. In this study to measure the oxidative derivatives a reproducible analytical method with high precision were developed.
Benzer Tezler
- Triple negatif meme kanserinde fotodinamik tedavi ve kemoterapinin kombin etkisinin belirlenmesi
Determination the effect of the combination treatment of photodynamic therapy and chemotherapy on triple negative breast cancer
BEYZANUR ERK
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Mühendislik BilimleriSakarya ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GAMZE GÜNEY ESKİLER
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALİ FURKAN KAMANLI
- Meme kanseri hücre kültürlerinde trabectedin (ET-743) molekülünün etkileştiği moleküler sistemlerin araştırılması
Investigation of molecular systems that trabectedin (ET-743) affects in breast cancer cell cultures
HARİKA ATMACA
- Türk toplumunda insan mitokondri DNA'sı dizi çeşitliliğinin araştırılması
An Investigation of the human mitochondrial DNA sequence variations in Turkish population
HATİCE BALKAN MERGEN
- Mitokondri genomundan evrimsel olarak nükleer genoma transfer olan genlerde kodon kullanım farkına bağlı mutasyon etkisi
The mutation effect of different codon usage on the genes evolutionarily transferred from mitochondrial genome to nuclear genome
ABDULLAH OLGUN
- İnsan mitokondri DNA'sı D-Loop bölgesinin PCR ve restreksiyon (PCR) ve endonükleaz analizi ile araştırılması
Başlık çevirisi yok
HATİCE BALKAN, MERGEN