A Multiplex-SSCP assay for ataxia-telangiectasia and gene localization in three disorders
Ataksi-telanjektezi için çoklu polimerazla zincirleme sentez-SSCP yöntemi ve üç hastalığın gen bölgelerinin belirlenmesi
- Tez No: 112092
- Danışmanlar: PROF. DR. ASLIHAN TOLUN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2001
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 94
Özet
ÖZET ATAKSİ-TELANJEKTEZİ İÇİN ÇOKLU POLİMERAZLA ZİNCİRLEME SENTEZ-SSCP YÖNTEMİ VE ÜÇ HASTALIĞIN GEN BÖLGELERİNİN BELİRLENMESİ Ataksi-Telanjektezi (A-T) çok çeşitli semptomları bulunan nadir bir otozomal çekinik hastalıktır. Hastalar bazı kanser tipleri için yüksek risk altındadır. Taşıyıcıların kanser olma riskinin normal topluma göre dört kat fazla olduğu tahmin edilmektedir. Hastalıktan 150 kb uzunluğunda ve 66 eksondan oluşan ataksi-telanjektezi-mutasyonlu (ATM) geninin sorunlu olduğu bulunmuştur. Genin büyük oluşu, geniş kapsamlı toplum taramasına engel olmuştur. Genin büyüklüğü A-T hastalarıdan yalnızca DNA örneklerinin bulunduğu vakalarda da sorun yaratmaktadır. Bu çalışmada genomik DNA örneklerindeki mutasyonların hızlı ve hassas bir şekilde taranabilmesi için bir çoklu polimerazla zincirleme sentez-SSCP sistemi geliştirilmiştir. Geliştirilen yöntem A-T hastalarındaki mutasyonların saptanması, toplumdaki gen mutasyonlarının taranması ve A-T taşıyıcılarında mutasyonların kansere yatkınlığa yol açıp açmadığının anlaşılmasında çok yararlı olacaktır. İncelenen 42 allelde hastalığa yol açan 29 mutasyon ve 7 farklı polimorfızm belirlendi. Mutasyonların altısı yeni mutasyondur. Tek-ata etkisini saptamak, akraba evliliklerinin hastalığa katkısını belirlemek ve buna bağlı olarak taşıyıcı sıklığını hesaplamak amacı ile haplotip analizi yapıldı. Nadir hastalıklara yol açan genlerin yerlerinin belirlenmesi ve tanımlanması genlerin görevleri için çok değerli bilgi sağlar. Akraba evliliği sonucunda hastalığın ortaya çıktığı ailelerde, homozigotluk haritalaması nadir otozomal çekinik hastalık genlerinin yerlerinin saptanması için güçlü bir araçtır. Bu çalışmada bu yöntem ile 3 nadir otozomal çekinik hastalığın (A-T benzeri hastalık, hyalin kütle miyopatisi ve otozomal çekinik Larsen sendromu) genlerinin yerleri belirlenmiştir. HAYL2 geni hyalin kütle miyopatisi için aday gen olarak belirlenip hastalığa yol açan bir mutasyon bulunması amacıyla taranmıştır.
Özet (Çeviri)
IV ABSTRACT A MULTIPLEX-SSCP ASSAY FOR ATAXIA-TELANGIECTASIA AND GENE LOCALIZATION IN THREE DISORDERS Ataxia-telangiectasia (A-T) is an autosomal recessive disorder. It is a rare neurological disorder with several diverse symptoms. The patients are under high risk for certain cancer types. Heterozygotes are estimated to have a fourfold increased risk for cancer when compared with the general population. The gene responsible for A-T is ataxia-telangiectasia mutated (ATM). It is approximately 150 kb and composed of 66 exons. Massive population screening is hindered by the large size of the gene. It also poses a problem for cases where only DNA samples are available. To facilitate rapid and sensitive screening of genomic DNA for mutations, a multiplex-SSCP assay was designed in this study. Such an assay will be very useful in identifying mutations in A-T patients, in screening the population for mutations in the gene, and to understand whether such mutations predispose A-T heterozygotes to cancer. Turkish A-T patients were screened using this assay to determine the spectrum of mutations. In 42 alleles analysed 29 disease- causing mutations, as well as 7 different polymorphisms, were detected. Six of the mutations were novel. Haplotype analysis was performed to identify any founder effects, determine the contribution of consanguinity to A-T, and subsequently assess heterozygote frequency. Mapping and subsequent identification of genes responsible for rare disorders will provide unique information about the function of each gene. Homozygosity mapping has proven to be a powerful tool for localization of rare autosomal recessive disorders in consanguineous families with affected individuals. In this study mapping of three rare autosomal recessive disorders, namely AT-like disease, hyaline body myopathy and autosomal recessive Larsen syndrome, was accomplished by this approach. HYAL2 was assessed to be a candidate gene for hyaline body myopathy and was screened for disease causing mutations in the patients.
Benzer Tezler
- Locus and gene analyses in five inherited disorders
Beş kalıtsal hastalıkta lokus ve gen analizi
SİBEL AYLİN UĞUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2002
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ASLI TOLUN
- Identification of point mutations and improvement of carrier detection in Turkish DMD/BMD families
Türk DMD/BMD ailelerinde nokta mutasyonlarının saptanması ve taşıyıcılık tanısının geliştirilmesi
SERPİL ERASLAN
- Türk toplumunda GJB2 (gap junction beta 2 geni; connexin 26) mutasyonları
GJB2(gap junction beta 2 gene; conexin 26)mutations in the Turkish population
GÖNÜL BOĞOÇLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Moleküler TıpAnkara ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA TEKİN
- Konya bölgesinde tip 2 diabetes mellitus hastalarında TCF7l2 (Transcription factor 7 like-2) gen polimorfizmlerinin taranması ve hastalık ile ilişkilerinin ortaya konulması
Screening of TCF7l2 (transcription factor 7 like-2) gene polymorphisms and its association with disease among type 2 diabetes mellitus patients in konya region
DUDU ERKOÇ KAYA
Doktora
Türkçe
2012
Moleküler TıpSelçuk ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HİLAL ARIKOĞLU
- Hasta örneklerinden izole edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin moleküler yöntemlerle tanımlanması
Başlık çevirisi yok
ORHAN BEDİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2003
MikrobiyolojiGATAMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ ALBAY