Purification of Pst I endonuclease from providencia stuartii 164
Pst I endonükleazının providencia stuartii 164'den saflaştırılması
- Tez No: 112091
- Danışmanlar: DOÇ. DR. KUTLU ÜLGEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2001
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 164
Özet
ÖZET PST I ENDONUKLEAZININ PROVIDENCIA STUARTII 164'DEN SAFLAŞTIRILMASI Pst I endonükleazı, Providencia stuartii 164'ün restriksiyon enzimi olup genellikle rekombinant DNA teknolojisinde kullanılır. DNA üzerindeki spesifik dizileri tanıyarak çift sıralı kesimler meydana getirme özelliğine sahiptir. Pst I restriksiyon enzimi üzerindeki çalışmalar, dializ, sonikasyon, amonyum sülfat çöktürmesi, iyon değişimi kromatografısi ve hidroksiapatit kromatografısi aşamalarından oluşan klasik yöntemlerin kullanılarak saflaştırılmasından ibarettir. Bu beş aşamalı klasik prosedür ile elde edilen Pst Fin aktivitesi birim yaş hücrede 990 ünite, spesifik aktivitesi ise miligram proteinde 64 100 ünite olarak belirlenmiştir. Bu çalışmada ise Pst I endonükleazı için yüksek performanslı iyon değişimi kromatografık yöntemi kuallanılarak kısa bir saflaştırma prosedürü geliştirilmeye çalışılmıştır. Waters Katyon Değiştirici Protein Pak SP 8HR-Apl ve Anyon Değiştirici Protein Pak DEAE 15HR-AP1 kolonları kullanılarak, kromatografik ortamın Pst Fin ayrıştırılması ve geri kazanılması üzerindeki etkileri incelenmiştir. Bu yüksek performanslı iyon değişimi kromatografık yöntemi kolonlarına uygun olan ve aktif Pst I endonükleaz fraksiyonlarının geri kazanılmasında kullanılan çeşitli mobil faz sistemleri test ve optimize edilmiştir. Bunlardan L-Histidine mobil fazı, fraksiyonlarda aktif Pst I endonüzkleazıyla sonuç vermiştir. Geri kazanılan enzimin aktifliği ve saflığı ise sırasıyla agaroz jel elektroforez ve SDS-poliakrilamid jel elektroforez yöntemleri ile kontrol edilmişlerdir. SDS-poliakrilamid jel elektroforez yöntemi, yüksek performanslı iyon değişimi kromatografık yöntemi deneylerinin 74 ve 78inci dakikalarında Pst I'm ve diğer proteinlerin varlığını göstermektedir.
Özet (Çeviri)
IV ABSTRACT PURIFICATION OF PST I ENDONUCLEASE FROM PROVIDENCIA STUARTII 164 Pst I endonuclease is the restriction enzyme of Providencia stuartii 164 and mostly used in recombinant DNA technology. It cleaves the symmetrical hexanucleotide sequence; 5'-C-T-G-C-A^ G-3' and 3'-Gf A-C-G-T-C-5'. Studies on the purification of Pst I restriction enzyme were so far accomplished by following the classical procedure; dialysis, sonication, ammonium sulphate precipitation, ion exchange chromatography and hydroxyapatite batch chromatography. The five step classical procedure resulted in a recovery of 990 units of Pst I activity per gram wet cells and a specific activity of 64 100 units per miligram proteins. A short purification procedure for Pst I endonuclease is then developed using high- performance ion exchange liquid chromatography. A parametric study is conducted to determine the factors affecting the separation behaviour of Pst I endonuclease from the cell extracts. The effects of the types of the chromatographic media on the separation and recovery of Pst I endonuclease are investigated using Waters Cation Exchange Protein Pak SP 8HR-AP1 and Anion Exchange Protein Pak DEAE 15HR-AP1 columns. Several buffer systems suitable for these cation and anion exchange materials in these HPLC columns are tested and optimised for the recovery of active Pst I endonuclease fractions. Among these, L-Histidine buffer (pH:6.0) resulted in active Pst I endonuclease in eluted fractions. The activity and purity of the recovered enzyme are checked by electrophoretic techniques of agarose gel electrophoresis and SDS-polyacrylamide gel electrophoresis, respectively. SDS-PAGE analyses of active fractions collected between 74th and 78th minutes of HPLC experiments show the presence of Pst I endonuclease and other proteins.
Benzer Tezler
- Development of a smal-scale purification procedure for the restriction enzyme PstI
PstI restriksiyon enziminin saflaştırılması için küçük ölçekli yöntem geliştirilmesi
DİDEM RANA TÜRKKAN
- Optimisation of stationary and mobile phases for the purification of Pst I endonuclease by ion exchange chromatography
Pst I endonükleazının iyon değişimi kromatografisi yöntemiyle saflaştırılmasında durgun ve hareketli fazların uygunluğunun incelenmesi
CÜNEYT MEHMET KATIEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2004
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KUTLU ÜLGEN
- Polietilenglikol esaslı bazı yeni oligoazoperoksiester başlatıcıların sentezi ve karekterizasyonu
Synthesis and characterization of some new oligoazoperoxyester initiators based on polyethyleneglycolos
ALİPAŞA AYAS
Yüksek Lisans
Türkçe
1988
Kimya MühendisliğiKaradeniz Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BAKİ HAZER
- Production of recombinant amylopullulanase enzyme from Thermoanaerobium brockii brockii
Thermoanaerobium brockii brockii kaynaklı amilopullulanaz enziminin rekombinant üretimi
HANDE MUMCU
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL-KARAGÜLER
- Elektrooksidasyon prosesinde plaka ve ağ yapılı Ir-Ru elektrotların parasetamol giderimine etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of Ir-Ru electrodes with plate and mesh structure on paracetamol removal in the electrooxidation process
BEYZANUR GÜZEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Çevre MühendisliğiGebze Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDURRAHMAN AKYOL