Geri Dön

DNA dizinleri karşılaştırma ve hizalama algoritmaları

Algorithms for DNA sequence comparison and alignment

  1. Tez No: 114032
  2. Yazar: HASAN OĞUL
  3. Danışmanlar: PROF.DR. KAYHAN ERCİYEŞ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Dizin hizalama, dinamik programlama, sonek ağaçları, en büyük artan altdizin, paralel programlama, Sequence alignment, dynamic programming, suffix trees, longest increasing subsequence, parallel programming
  7. Yıl: 2001
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Uluslararası Bilgisayar Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 111

Özet

V ÖZET DNA DİZİNLERİNİ KARŞILAŞTIRMA VE HİZALAMA ALGORİTMALARI OĞUL, Hasan Yüksek Lisans Tezi, Uluslararası Bilgisayar Enstitüsü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Kayhan ERCİYEŞ Ağustos, 2001, 112 sayfa Geçen yirmi yılda Genetik biliminde meydana gelen hızlı gelişmelerle birlikte, farklı organizmalardan elde edilen gen verilerinin boyutları da artış göstermiştir. Büyük boyutlardaki bu verilerin işlenmesi ihtiyacı, Bilgisayar Bilimlerinin bu alana girmesine neden olmuştur. Bu tez çalışmasında Moleküler Biolojinin temel problemlerinden biri olan dizin hizalama problemi araştırılmıştır. Dizin hizalama işlemi, farklı DNA veya protein dizinlerin karşılaştırılması ve bu dizinleri birbirine dönüştürmek için gerekli olan en az mutasyon işleminin belirlenmesidir. Dizin hizalama için bir çok yöntem mevcuttur. En yaygın olarak kullanılan yöntemler; dinamik programlama algoritmaları ve sezgisel metotlardır. Bu tezde, özellikle DNA dizinleri için kullanılan hizalama algoritmaları araştırılmış ve sonek ağaçları denilen etkili veri yapılarının kullanımına dayanan yeni bir sezgisel yöntem geliştirilip uygulanmıştır.VI Ayrıca, bilinen bir dinamik programlama algoritması paralel hale getirilmiş ve bir iş istasyonları grubu kullanılarak uygulaması yapılmıştır. Uygulama sonuçları yeni geliştirilen yöntemin normal bir iş istasyonu üzerinde kullanılmak için uygun olduğunu göstermiştir. Ayrıca, paralel çalışma sonuçları, dizin hizalama için kullanılan dinamik programlama algoritmalarının paralelleştirilmek için oldukça uygun olduğunu göstermiştir.

Özet (Çeviri)

VII ABSTRACT ALGORITHMS FOR DNA SEQUENCE COMPARISON AND ALIGNMENT O?UL, Hasan MSc in International Computing Institute Supervisor: Prof. Dr. Kayhan ERCİYEŞ August 2001, 112 pages With great advances in the area of Genetics in the previous two decades, the amount of the data obtained from the genomes of different organisms has also increased. The need for processing this huge data leads to the Computer Sciences enter to this field. In this thesis, sequence alignment problem, one of the basic problem of Molecular Biology, is investigated. Sequence alignment is the problem of comparing different DNA or protein sequences to identify the minimum mutation operation to convert them to each other. There are variety of methods for sequence alignment. The two common methods are dynamic programming algorithms and heuristic methods. In this thesis, a literature search for the available algorithms for sequence alignment, especially applicable to DNA sequences, is carried out and a new heuristic method based on the use of an efficient data structure called suffix tree is developed and implemented. Additionaly, aVIII well-known dynamic programming algorithm is parallelized and implemented using a cluster of workstations. The implementation results have shown that the newly developed method is efficient enough to be used on a conventional workstation. In addition, parallel works have clearly stated that the dynamic programming algorithm for sequence alignment is efficiently parallelizable.

Benzer Tezler

  1. Molecular description of medicinal leech (Hirudo verbana carena, 1820) based on DNA sequences

    DNA dizilerine dayalı olarak tıbbi sülük (Hirudo verbana carena, 1820)'ün moleküler tanımlaması

    AL-HUSSEIN HAMEED HUSSEIN OKBI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyolojiAfyon Kocatepe Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET OĞUZ ÖZTÜRK

  2. Logic synthesis and power-delay-area modeling of nano-crossbar arrays

    Nano-dizinlerin güç-gecikme-alan başarım modellemesi ve mantık sentezi

    MUHAMMED CEYLAN MORGÜL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA ALTUN

  3. DNA dizi analizinde hizalamasız karşılaştırma için yeni yaklaşımlar

    Novel approaches to alignment-free comparison in DNA sequence analysis

    EMRE DELİBAŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKonya Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET ARSLAN

  4. X kromozomunda yer alan 5 farklı lokustaki tek nükleotid polimorfizmlerinin minisekanslama yöntemi ile araştırılması

    Single nucleotide polymorphisms investigation 5 different locus on the X chromosome with minisekans method

    SELİN YEŞİL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Adli Tıpİstanbul Üniversitesi

    Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MELEK ÖZTÜRK SEZGİN

    DOÇ. DR. ZUHAL EROĞLU

  5. Malatya bölgesi önemli biber ekiliş alanlarında görülen virüs hastalıklarının belirlenmesi ve moleküler olarak tanılanması

    Molecular detection of virus diseases in the important pepper cultivation areas in Malatya region

    TAHİR UĞUR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatMalatya Turgut Özal Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HATİCE DİĞDEM OKSAL