DNA dizinleri karşılaştırma ve hizalama algoritmaları
Algorithms for DNA sequence comparison and alignment
- Tez No: 114032
- Danışmanlar: PROF.DR. KAYHAN ERCİYEŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Dizin hizalama, dinamik programlama, sonek ağaçları, en büyük artan altdizin, paralel programlama, Algoritmalar, DNA, Hizalama, Sequence alignment, dynamic programming, suffix trees, longest increasing subsequence, parallel programming, Algorithms, DNA, Alignment
- Yıl: 2001
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Uluslararası Bilgisayar Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
V ÖZET DNA DİZİNLERİNİ KARŞILAŞTIRMA VE HİZALAMA ALGORİTMALARI OĞUL, Hasan Yüksek Lisans Tezi, Uluslararası Bilgisayar Enstitüsü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Kayhan ERCİYEŞ Ağustos, 2001, 112 sayfa Geçen yirmi yılda Genetik biliminde meydana gelen hızlı gelişmelerle birlikte, farklı organizmalardan elde edilen gen verilerinin boyutları da artış göstermiştir. Büyük boyutlardaki bu verilerin işlenmesi ihtiyacı, Bilgisayar Bilimlerinin bu alana girmesine neden olmuştur. Bu tez çalışmasında Moleküler Biolojinin temel problemlerinden biri olan dizin hizalama problemi araştırılmıştır. Dizin hizalama işlemi, farklı DNA veya protein dizinlerin karşılaştırılması ve bu dizinleri birbirine dönüştürmek için gerekli olan en az mutasyon işleminin belirlenmesidir. Dizin hizalama için bir çok yöntem mevcuttur. En yaygın olarak kullanılan yöntemler; dinamik programlama algoritmaları ve sezgisel metotlardır. Bu tezde, özellikle DNA dizinleri için kullanılan hizalama algoritmaları araştırılmış ve sonek ağaçları denilen etkili veri yapılarının kullanımına dayanan yeni bir sezgisel yöntem geliştirilip uygulanmıştır.VI Ayrıca, bilinen bir dinamik programlama algoritması paralel hale getirilmiş ve bir iş istasyonları grubu kullanılarak uygulaması yapılmıştır. Uygulama sonuçları yeni geliştirilen yöntemin normal bir iş istasyonu üzerinde kullanılmak için uygun olduğunu göstermiştir. Ayrıca, paralel çalışma sonuçları, dizin hizalama için kullanılan dinamik programlama algoritmalarının paralelleştirilmek için oldukça uygun olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
VII ABSTRACT ALGORITHMS FOR DNA SEQUENCE COMPARISON AND ALIGNMENT O?UL, Hasan MSc in International Computing Institute Supervisor: Prof. Dr. Kayhan ERCİYEŞ August 2001, 112 pages With great advances in the area of Genetics in the previous two decades, the amount of the data obtained from the genomes of different organisms has also increased. The need for processing this huge data leads to the Computer Sciences enter to this field. In this thesis, sequence alignment problem, one of the basic problem of Molecular Biology, is investigated. Sequence alignment is the problem of comparing different DNA or protein sequences to identify the minimum mutation operation to convert them to each other. There are variety of methods for sequence alignment. The two common methods are dynamic programming algorithms and heuristic methods. In this thesis, a literature search for the available algorithms for sequence alignment, especially applicable to DNA sequences, is carried out and a new heuristic method based on the use of an efficient data structure called suffix tree is developed and implemented. Additionaly, aVIII well-known dynamic programming algorithm is parallelized and implemented using a cluster of workstations. The implementation results have shown that the newly developed method is efficient enough to be used on a conventional workstation. In addition, parallel works have clearly stated that the dynamic programming algorithm for sequence alignment is efficiently parallelizable.
Benzer Tezler
- Molecular description of medicinal leech (Hirudo verbana carena, 1820) based on DNA sequences
DNA dizilerine dayalı olarak tıbbi sülük (Hirudo verbana carena, 1820)'ün moleküler tanımlaması
AL-HUSSEIN HAMEED HUSSEIN OKBI
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Afyon Kocatepe ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Logic synthesis and power-delay-area modeling of nano-crossbar arrays
Nano-dizinlerin güç-gecikme-alan başarım modellemesi ve mantık sentezi
MUHAMMED CEYLAN MORGÜL
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
İstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- DNA dizi analizinde hizalamasız karşılaştırma için yeni yaklaşımlar
Novel approaches to alignment-free comparison in DNA sequence analysis
EMRE DELİBAŞ
- Malatya bölgesi önemli biber ekiliş alanlarında görülen virüs hastalıklarının belirlenmesi ve moleküler olarak tanılanması
Molecular detection of virus diseases in the important pepper cultivation areas in Malatya region
TAHİR UĞUR
- Darevskia valentini (Boettger, 1892) türünün Türkiye popülasyonlarının taksonomik durumunun morfolojik ve moleküler yöntemlere göre değerlendirilmesi
Reconstruction of the taxonomic status of Darevskia valentini (Boettger, 1892) inferring from morphological and molecular methods
KAMİL CANDAN
