DNA dizi analizinde hizalamasız karşılaştırma için yeni yaklaşımlar
Novel approaches to alignment-free comparison in DNA sequence analysis
- Tez No: 724891
- Danışmanlar: PROF. DR. AHMET ARSLAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Dizi analizi-DNA, Sequence analysis-DNA
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Konya Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Teknolojinin hızlı gelişiminin bir sonucu olarak ortaya çıkan büyük boyutlardaki biyolojik verinin işlenmesinde geleneksel biyolojik ve istatistik metotlarının yetersiz kalması, konuyu bilgisayar biliminin çalışma alanları arasında odak noktalarından biri haline getirmiştir. Benzerlik, hesaplamalı biyoloji ve biyoinformatikte DNA dizi analizinin anahtar süreçlerinden biridir. Evrimsel ilişkileri, gen fonksiyon analizini, protein yapı tahminini ve dizi eşleşmelerini araştıran neredeyse tüm araştırmalarda, benzerlik hesaplamaları yapmak gerekmektedir. Yüksek hesaplama maliyetiyle sonuçlanan hizalamaya dayalı dizi karşılaştırma yöntemlerine bir alternatif olarak, diziyi farklı bir uzayda sayısallaştırarak, tanımlanan yeni matematiksel tanımlayıcılarla benzerliği hesaplayan hizalamasız yöntemler ortaya çıkmıştır. Bu tez çalışmasında hizalamasız DNA dizi benzerlik analizinde yeni yaklaşımlar önerilmiştir. Önerilen metotlarla DNA dizileri arasındaki benzerliklerin tespitinde kullanılmak üzere özellik çıkarım süreçleri tasarlanmıştır. Uzunluktan bağımsız olarak çalışan metotların farklı uzunluktaki DNA dizileri üzerindeki etkisini test etmek üzere, literatürde kullanılmış üç farklı veri seti ele alınmıştır. Elde edilen özellik vektörlerinin benzerlik metrikleri ile ilişkileri tanımlanmış ve referans olarak kullanılan filogenetik ağaçlarla karşılaştırılmıştır. Testler neticesinde önerilen metotların elde ettiği sonuçların başarılı ve kabul edilebilir oldukları görülmüştür.
Özet (Çeviri)
The fact that traditional biological and statistical methods are insufficient in the processing of large-scale biological data, which has emerged as a result of the rapid development of technology, has made the subject one of the focal points of the field of computer science. Similarity is one of the key processes of DNA sequence analysis in computational biology and bioinformatics. In nearly all research that explores evolutionary relationships, gene function analysis, protein structure prediction, and sequence retrieving, it is necessary to perform similarity calculations. As an alternative to alignment-based sequence comparison methods that have high computational costs, alignment-free methods have emerged that by digitizing the sequence in a different space, calculate the similarity with the new mathematical identifiers utilized. In this thesis, novel approaches are proposed in alignment-free DNA sequence similarity analysis. With the proposed methods, feature extraction processes are designed to be used to determine similarities between DNA sequences. Three different datasets used in the literature are discussed to test the effect of methods analysing independently of length on different sequences of DNA. The relations of the feature vectors obtained with similarity metrics are defined and compared with phylogenetic trees used as reference. As a result of the tests, it is seen that the results obtained by the proposed methods are successful and acceptable.
Benzer Tezler
- Complete mitochondrial phylogeny of palaearctic serotine bats (Genus eptesicus, vespertilionidae, chiroptera)
Palaearktik geniş kanatlı yarasaların tüm mitokondriyal genom filogenisi (Cins eptesicus, vespertilionidae, chiroptera)
GAMZE ÖZBAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
İstanbul Teknik Üniversitesiİklim ve Deniz Bilimleri Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Nanotel tabanlı nanosensörlerin biyomedikal uygulamaları
Biomedical applications of nanowire-based nanosensors
ALPTEKİN CİNBAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Bolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- A cryptocurrency incentivized voluntary grid computing platform for DNA read alignment
DNA dizi hizalaması için kriptopara teşvikli gönüllü dağıtımlı hesaplama platformu
HALİL İBRAHİM ÖZERCAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
İhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Application of rule inductionalgorithms to DNA sequence analysis
Tümevarımla kural öğrenme algoritmalarının DNA dizi analizinde kullanımı
MAHMUT ULUDAĞ
Yüksek Lisans
İngilizce
1997
Orta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Katalaz (CAT) geni DNA tekrar dizi polimorfizmleri ile vitiligo'ya duyarlılığın araştırılması
Investigation of vitiligi sensitivity using DNA repeat polymorphisms on catalase (CAT) gene
HAYDAR BULUT