Hepatit B virus genotiplerinin S geninin nükleotid dizi analizi ve RFLP yöntemleri ile belirlenmesi
Analysis of S. gene nucleotide sequence of hepatitis B. virus cenotypes and determining them with RFLP methods
- Tez No: 118451
- Danışmanlar: PROF. DR. Y. HAKAN ABACIOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2002
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 91
Özet
1. ÖZET Hepatit B virus genotiplerinin S geninin nükleotid dizi analizi ve RFLP yöntemleri ile belirlenmesi Anahtar Sözcükler : HBV, Genotip, PZT, RFLP Hepatit B virus (HBV) infeksiyonları ülkemiz açısından önemli bir sağlık sorunu olmasına karşın, genotip dağılımına ilişkin yeterli veri yoktur. Bu tez çalışmasında, laboratuvarımızda HBV-DNA olumlu bulunan 23 örnekte DNA dizi analizi ve RFLP yöntemleri ile genotiplendirme yapılmıştır. Bu amaçla serum örneklerinden proteinaz - K / fenol- kloroform yöntemi ile ekstrakte edilen HBV-DNA dizileri“ S ”genine özgü öncüller kullanılarak PZT yöntemi ile çoğaltıldı. Toplam 541 nükleotidlik bir bölgenin (256-796) çoğaltıldığı bu tepkimenin analitik duyarlılığı 19 kopya /mL olarak belirlendi. Etanol çökeltme yöntemi ile saflaştırılan PZT ürünleri“Sequitherm Excel II DNA Sequencing”kiri ve LI-COR dizileme aygıtı kullanılarak dizilendi. Bu yolla 356 ile 775. pozisyonlar arasında kalan 420 bazlık diziler elde edildi. Bu diziler, Gen-Bank'ten elde edilen ve genotipleri belli diziler ile evrimsel uzaklıkları açısından karşılaştırılarak,“Neighbour- Joining”yöntemi ile filogenetik ağaç oluşturuldu. Bu analiz sonucu, incelenen 23 örneğin tamamının genotip D içinde kümelendiği görüldü. Bilgisayar yardımı ile diziler aminoasit koduna çevrilerek HBsAg subtipleri belirlendi. Yirmibir örnekte ayw2, iki örnekte ise ayw3'e uyan diziler saptandı. Diğer yandan, dizileme yaklaşımlarının zaman alıcı ve pahalı olması gözönüne alınarak epidemiyolojik çalışmalara uygun, hızlı ve kolay uygulanabilir bir RFLP yöntemi geliştirildi. Bu amaçla Gen-Bank'ten elde edilen ve genotipleri belli 68 HBV-DNA dizisinde 256-796. pozisyonlar arasındaki bölgenin restriksiyon haritalaması yapıldı. Elde edilen veriler ışığında Mva I, Rsa I ve Hinf I enzimlerinin tek ve birarada kullanılması ile oluşan restriksiyon kalıplan belirlendi. Çalışmaya alman 23 serum örneğinin tamamında genotip D'ye özgün kalıplar saptandı.
Özet (Çeviri)
2.SUMMARY Analysis of S gene nucleotide sequence of hepatitis B virus genotypes and determining them with RFLP methods Key Words : HBV, genotype, PCR, RFLP Although hepatitis B virus (HBV) infections are a major health problem in Turkey, there is a little information on the genotype distribution of the virus. In this study, DNA sequencing and RFLP methods were used to genotype 23 HBV-DNA positive samples originating from Turkey. HBV-DNA was extracted by proteinase k / phenol-chloroform method and 541 nucleotide fragment between positions 256 and 796 was amplified using 'S' gene specific primers by single-step PCR. The analytical sensivity of the procedure was 19 copy/mL. PCR products purified by ethanol precipitation were then used in sequencing reactions utilizing“Sequitherm Excel II DNA Sequencing”kit and a LI-COR sequencing apparatus. A 420 bp fragment of the S gene between nucleotide positions 356 and 775 was sequenced and aligned with a data set of 19 HBV S gene sequences available from Gen-Bank. Phylogenetic trees were reconstructed using a neighbour-joining method. All samples were clustered with genotype D sequences. A RFLP based genotyping assay using Mva I, Rsa I and Hinf I enzymes were developed as an easier and less expensive alternative to sequencing. The results of the RFLP analysis of the samples were consistent with the phylogenetic analysis.
Benzer Tezler
- Hepatit B virusu (HBV) ile kronik enfekte hastalarda HBV bazal kor promoter/prekor gen mutasyonları ve genotip değerlendirilmesi
Basal core promoter/precore gene mutations in chronically infected patients with hepatitis B virus and genotype evaluation
SEDA TEZCAN
Doktora
Türkçe
2009
MikrobiyolojiMersin ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜROL EMEKDAŞ
- Kronik hepatit B enfeksiyonunda TNF-α 308 promotor gen polimorfizmi
TNF-α 308 gene promotor polimorphism in chronic hepatitis B infection
AYFER ATAY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıGaziosmanpaşa ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜSEYİN ŞENER BARUT
- Hepatit B virüsü genotiplerinin DNA dizi analiz yöntemi ile belirlenmesi
Genotyping hepatitis B virus by DNA sequence analysis
CANAN KÜLAH
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2002
MikrobiyolojiGazi ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. MELTEM ÇIRAK
- Irak'ın Anbar kentinde Hepatit B virüsünün moleküler çalışması ve hepatit genotiplemesi ile interlökinler ve hepatit arasındaki ilişkinin tespiti
Molecular study of Hepatitis B virus and detection of hepatitis genotyping as well as the relationship between interleukins and hepatitis in Anbar, Iraq
MOHAMMED SHAKIR MHMOOD AL-INIZI
Doktora
Türkçe
2024
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SONGÜL ŞAHİN
DR. ÖĞR. ÜYESİ LAİTH MUSLEH NAJEEB
- Hepatit B virüsü ile enfekte hastalarda genotip belirlenmesi
Determination of hepatitis B genotypes in patients with HBV infection
FİLİZ TÜRE
Yüksek Lisans
Türkçe
2001
GastroenterolojiMarmara ÜniversitesiGastroenteroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURDAN TÖZÜN