Domates bakteriyel kanseri etmeninin (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis) tanısında moleküler ve serolojik metotların kullanımı
Use of molecular and serological methods in identification of tomato bacterial cancer pathogen (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis)
- Tez No: 120968
- Danışmanlar: PROF.DR. SALİH MADEN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis, PCR, BIO-PCR, DAS- ELISA and selective media
- Yıl: 2002
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 69
Özet
ÖZET Doktora Tezi DOMATES BAKTERİYEL KANSERİ ETMENİNİN (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis) TANISINDA MOLEKÜLER VE SEROLOJİK METOTLARIN KULLANIMI Mohamed Abdalla ÖMER Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Bitki Koruma Anabilim Dalı Danışman: Prof. Dr. Salih MADEN Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm)*in 9 straini, Türkiye' deki çeşitli araştırıcılardan temin edilmiştir. Strainler, biyokimyasal, fizyolojik ve patojenite testlerine tabi tutulmuştur. Bu testler, tüm strainlerin michiganensis subsp.' i olduğunu ve domates bitkilerinde patojenik olduğunu doğrulamıştır. PCR, iki subsp.' e spesifik primer, CM 3 ve CM 4 kullanılarak protokolüne uygun olarak ve CMM 5 ve CMM 6 primerleri protokolde modifikasyonlar yapılarak uygulanmıştır. Amplifikasyon ürünleri, her iki metotta da 0.6 Kb lık DNA fragmenti olarak elde edilmiştir. Strainler, ayrıca serolojik olarak Agdia' dan elde edilen polikonal antibodi ve alkalin fosfatazla etiketli konjugat kullanılarak DAS-ELISA yöntemi ile test edilmiştir. Her iki tekniğin de patojeni tamlamadaki hassasiyeti, seçiciliği ve hızı test edilmiştir. PCR, patojeni tamlamada DAS-ELISA yöntemine göre daha hassas, spesifik ve hızlı bulunmuştur. PCR, patojeni 102 cfu/ml' de tespit edebilirken, DAS-ELISA tespit sının 107 cfu/ml' olmuştur. Bitki dokusundan patojeni tespit etmek için PCR, BIO-PCR, DAS-ELISA ve gövde baskı yöntemlerinin etkinliği ölçülmüştür. DNA extraksiyonu yapılmadan klasik PCR ile patojenin bitki homojenatından doğrudan tespiti yapılamamıştır. Diğer taraftan, BIO-PCR ile hastalık simptomu görülmeden bile patojen tespit edilebilmiştir. Bitki gövde ve yapraklarından elde edilen BIO-PCR ürünleri inokülasyondan 3 ve 6 günsonra test edilmiştir. Bitkinin erken gelişme devrelerinde özellikle bitki simptom göstermediğinde ve ürün tohum üretimine yönelik olduğunda patojenin tespit edilmesi için BIO-PCR uygun bulunmuştur. Gövde baskı tekniği yan seçici ortamda BIO-PCR'a benzer sonuçlar vermiştir. Bitki dokusundaki bakteri titresi teşhis edilebilir sınırlar içindeyse dokuz strain de DAS-ELISA ile tamlanabilmektedir. Patojen bu titreye gövde ve yaprakta sırasıyle 3 ve 6 günde ulaşabilmektedir. DYCA, KBT, CMS, mSCM ve CNS yan seçici ortamlarının Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis' in 9 straininin her birinin geri elde etme etkinlikleri değerlendirilmiştir. Strainler her ortamda farklı derecede geri elde edilmiştir. KBT ve CNS ortamlarında strainler bir birlerine çok benzemektedir. Ortamların geri eldeleri CMS, mSCM, KBT, DYCA ve CNS için sırasıyle % 96,84, % 84,6, % 74,5, % 69,2 ve % 63,68' tır. CMS ve KBT' in patojenin bitki dokusundan geri elde edilmesine olan etkileri araştırılmıştır. Saf kültüre göre daha düşük geri elde edilme oranlan görülmüştür (CMS % 43,1, KBT % 34,66). 2002, 69 sayfa ANAHTAR KELİMELER: Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis, PCR, BIO-PCR, DAS-ELISA ve Seçici ortamlar
Özet (Çeviri)
ABSTRACT Ph. D. Thesis USE OF MOLECULAR AND SEROLOGICAL METHODS IN IDENTIFICATION OF TOMATO BACTERIAL CANKER PATHOGEN (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis) Mohamad Abdalla Omer Ankara University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Plant Protection Supervisor: Prof. Dr. Salih MADEN Nine strains of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis were obtained from different research workers in Turkey. The strains were subjected to some biochemical, physiological and pathogenicity tests. These tests confirmed that all strains tested belong to the subsp. michiganensis and were pathogenic on tomato plants. The classical polymerase chain reaction (PCR) was carried out using two subspecies- specific primer pairs, CM3 and CM4 in one method with its own protocol and CMM5 and CMM6 in the second method with a different protocol. Amplification products were produced with both methods for each of the nine strains where amplification of 0.6 Kb fragment of DNA was obtained. The strains were also identified serologically by double antibody sandwich (DAS) enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) using a polyclonal antibody and antibody conjugate alkaline phosphatase from Agdia. Both techniques were found successful in the identification of the C. m. michiganensis strains of Turkish origin. The sensitivity, specificity and rapidity of both techniques to detect and identify the pathogen were tested. The polymerase chain reaction (PCR) was foundmore sensitive, rapid and specific for the detection and identification of the pathogen than DAS-ELISA with polyclonal antibody. The polymerase chain reaction was able to detect the pathogen down to concentration less than 102 cfu/ml whereas the DAS- ELISA detection limit was found 107 cfu/ml. The abilities of PCR, BIO-PCR, DAS-ELISA, and stem printing to detect the pathogen in plant tissue were investigated. The classical PCR was unable to detect the pathogen in the plant homogenate without prior DNA extraction where no amplification products were obtained. On the other hand the BIO-PCR proved to be successful for detection of the pathogen even when the plant showed no disease symptoms. Amplification products were obtained with BIO-PCR from plant stems and leaves assayed three and six days after inoculation respectively. The BIO-PCR could be useful for the detection of the pathogen at early stages of the plant growth especially when the plants showing no symptoms and the crop was directed towards the production of seeds. The stem printing technique on the semi selective media produced results similar to the BIO-PCR. The nine strains were detected in plant tissue by DAS-ELISA when the bacterial titer in the plant tissue within the detectable limits. The pathogen could reach this titer in three and six days in the stem and the leaf respectively. The effectiveness of five semi-selective media DYCA, KBT, CMS, mSCM and CNS for the recovery of each of the nine strains of C. m. michiganensis was evaluated. The strains were varied in the degree with which were recovered on each medium. In case of KBT and CNS the strains were more or less similar to each other. Average recovery percentages were 96.84%, 84.6%, 74.5%, 69.2% and 63.68% for CMS, mSCM, KBT, DYCA, and CNS respectively. The effectiveness of CMS and KBT to recover the pathogen from plant tissue was investigated. Lower recovery percentages (CMS, 43.1% and KBT, 34.66%) compared to those obtained in case of pure culture were obtained. 2002, 69 pages
Benzer Tezler
- Bazı uçucu yağların domates bakteriyel kanser ve solgunluk (Clavibacter michiganensis subsp. Michiganensis) etmeninin kontrolündeki etkinliğinin belirlenmesi ve bu yağların film kaplamada kullanımı
Determination of efectiveness of some essential oils in controlling of tomato bacterial cancer and wilt (Clavibacter michiganensis subsp. Michiganensis) and its use for seed film coating
MERAL YILMAZ
Doktora
Türkçe
2014
ZiraatAkdeniz ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURGÜL ERCAN
PROF. DR. ÖMÜR BAYSAL
- Akdeniz bölgesi' nde örtüaltı domates üretiminde kullanılan yaygın domates çeşitlerinin domates bakteriyel solgunluk ve kanser hastalık etmeni Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis' e karşı dayanıklılık reaksiyonlarının belirlenmesi
The resistance reactions of common tomato varieties used in the production of greenhouse tomatoes in Aediterranean Region of Turkey aganist Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis causal agent of bacterial canker and wilting disease of tomato
SERKAN UYAR
- Görüntü işleme yöntemi ile domateste görülenbakteriyel kanser ve solgunluk hastalığı (Clavibacter Michiganensis Subsp. Michiganensis (Smith) Davis Et All) gelişiminin izlenmesi
Monitorization of the development of bacterial and paleness disease seen in the growth of tomatoes (Clavibacter Michiganensis Subsp. Michiganensis (Smith) Davis Et All) through the method of image processing
ERKAN ATALAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
ZiraatGaziosmanpaşa ÜniversitesiBiyosistem Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ KASAP
- Tokat ilinden elde edilen rizobakterilerin domates bakteriyel kanser ve solgunluk hastalığı üzerine etkisinin belirlenmesi
Determination of the efficacy of rhizobacteria obtained from Tokat province on tomato bacterial cancer and wilt disease
İBRAHİM CİNER
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatTokat Gaziosmanpaşa ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SABRİYE BELGÜZAR
- Tokat domates üretim alanlarında bakteriyel kanser (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Smith) Davis et al.) hastalığının rastlanma sıklığı ve bu hastalığa karşı domates EBR3 mutantlarının reaksiyonlarının belirlenmesi
Prevalence of tomato bacterial cancer diseases in production field of Tokat and determination of tomatoes EBR3 mutants reaction against this diseases
SEVİLAY SAYGI
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
ZiraatGaziosmanpaşa ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖZER ÇALIŞ